发明创造名称：取代吲哚类衍生物及其制备方法与应用
外观设计名称：
决定号：199178
决定日：2019-12-30
委内编号：1F263499
优先权日：
申请（专利）号：201610495845.1
申请日：2016-06-28
复审请求人：山东大学
无效请求人：
授权公告日：
审定公告日：
专利权人：
主审员：李磊
合议组组长：彭晓琦
参审员：周付科
国际分类号：C07D209/08，C07D209/12，C07D209/10，C07D405/04，C07D409/14，A61K31/5377，A61P31/14
外观设计分类号：
法律依据：专利法第22条第3款
决定要点：在判断一项权利要求的创造性时，如果该权利要求请求保护的技术方案和最接近的现有技术相比存在区别特征，而现有技术中给出了将上述区别特征应用到该最接近的现有技术以解决其存在的技术问题的启示，则该权利要求请求保护的技术方案不具备创造性。
全文：
本复审请求案涉及申请号为201610495845.1，名称为“取代吲哚类衍生物及其制备方法与应用”的发明专利申请（下称本申请），申请人为山东大学，本申请的申请日为2016年06月28日，公开日为2016年10月12日。
经实质审查，国家知识产权局原审查部门以权利要求1-5不具备专利法第22条第3款规定的创造性为由，于2018年09月03日驳回了本申请。驳回决定所依据的文本为：2018年05月28日提交的权利要求第1-5项，申请日2016年06月28日提交的说明书第1-24页、说明书摘要（下称驳回文本）。
驳回文本的权利要求书如下：
“1. 一种取代吲哚类衍生物，其特征在于，具有通式I所示的结构：
其特征在于，通式I中，R1、R2各自独立的选自苯基、对甲基苯基、对甲氧基苯基、2-呋喃基、3-噻吩基、间甲基苯基、间氟苯基或对三氟甲基苯基；R3为羧基或甲酯基。
2. 一种取代吲哚类衍生物，其特征在于，为如下具体化合物之一：
3. 如权利要求1所述的取代吲哚类衍生物的制备方法，包括步骤：
以吲哚-6-甲酸甲酯1为初始原料，首先在N,N-二甲基甲酰胺溶液中与氯乙酰吗啉发生亲和取代反应生成中间体化合物2；然后中间体化合物2在二氯甲烷溶液中与N-溴代丁二酰亚胺反应生成中间体化合物3；然后中间体化合物3在二氧六环溶液中与各种取代硼酸反应生成目标产物a，随后不同的目标产物a在甲醇溶液中与氢氧化钠溶液反应得到目标产物b；
合成路线一如下：
其中，R1、R2同上述通式I所示；
试剂及条件：(i)氯乙酰吗啉，氢化钠，N,N-二甲基甲酰胺，室温；(ii)二氯甲烷，N-溴代丁二酰亚胺；(iii)1.取代硼酸，四(三苯基膦)钯，磷酸钾，二氧六环，90℃，2.第1步反应完成后不进行后处理纯化，直接加入与1相同的取代硼酸或另一种与1不同的取代硼酸，四(三苯基膦)钯，磷酸钾，二氧六环，90℃；(iv)甲醇，氢氧化钠水溶液，回流。
所述的取代硼酸为苯硼酸、对甲氧基苯硼酸、间氟苯硼酸、3-呋喃硼酸、对甲基苯硼酸、间甲基苯硼酸、2,4-二甲基苯硼酸、2-噻吩硼酸、2,3-二甲基苯硼酸或2-氟-3-甲氧基苯硼酸。
4. 如权利要求1-2任一所述的取代吲哚类衍生物作为HCV抑制剂用于制备抗丙型肝炎药物。
5. 一种抗HCV药物组合物，包括权利要求1-2任一所述的取代吲哚类衍生物和一种或多种药学上可接受载体或赋形剂。”
驳回决定指出：（1）对比文件1（CN1764641A，公开日为2006年04月26日）公开了具有抗丙肝的化合物。权利要求1与对比文件1相比，区别特征在于：权利要求1中定义的R1取代基与对比文件1相应位置上的取代基R3不同。权利要求1实际解决的技术问题为如何获得具有抗丙肝的HCV抑制剂。然而，对比文件1给出了R3（即本申请权利要求1所述的R1）可以为含有杂原子的芳环的技术启示，而苯基为本领域中常见的芳环，同时“苯环中-CH=CH-可用二价的-S-替换变成噻吩环是常见的等排现象”（“药物分子设计”，郭宗儒，第306页，北京：科学出版社，2005年4月，下称文献1），因此本领域技术人员有动机将环己烷替换为上述基团以得到权利要求1要求保护的化合物。另外，具有羧基化合物的药物通常会对肠胃产生刺激，本领域技术人员为了改善药物的生物利用度通常会将羧基变为酯类作为前药。因此，权利要求1不具备专利法第22条第3款规定的创造性。权利要求2对通式的取代基进行了进一步的选择，而简单官能团的选择对于本领域技术人员是惯用手段；对于R1=H的化合物a07、b07来说，对比文件1公开了R3（即本申请权利要求1所述的R1）可为C1-6烷基，同时在先导物优化中，常常用甲基替代氢原子（参见文献1第282页）。因此，权利要求2不具备专利法第22条第3款规定的创造性。（2）权利要求3请求保护一种权利要求1所述的取代吲哚衍生物的制备方法，与对比文件1相比，区别特征在于：原料不同、N1取代时机不同、引入R1的反应不同、具体的反应条件有所不同。权利要求3实际解决的技术问题是如何采用简便的方法制备上述吲哚化合物。然而在对比文件1公开内容的基础上，本领域技术人员有动机选择具有酯基的吲哚化合物作为原料；N1取代时机、引入R1的反应是在对比文件1、对比文件10（“Novel synthesis of 5-methyl-5,10-dihydroindolo-[3,2-b]indoles by Pd-catalyzed C-C and two-fold C-N coupling reactions”，Tran Quang Hung et al.，Organic & Biomolecular Chemistry，第13期，第583-591页，公开日为2014年10月22日）基础上容易想到的；具体反应条件都已被对比文件9（CN1665809A，公开日为2005年09月07日）、对比文件10所公开或是本领域的惯用手段。因此，权利要求3不具备专利法第22条第3款规定的创造性。（3）在权利要求1-2不具备创造性的基础上，权利要求4、5同样不具备专利法第22条第3款规定的创造性。（4）对于申请人的如下意见陈述：对比文件1中R3为饱和五元或六元环，与本申请中R1为苯环等芳香环具有明显不同，氢原子与C1-6烷基明显不同，吲哚环C2取代基不同导致化合物整体差异巨大，R3取代基不同导致化合物与蛋白结合模式明显不同；权利要求4在最后1步采用铃木反应同时引入C2和C3取代基，精简了合成路线；步骤iv的水解仅针对甲酯水解，对N1位酰胺没有影响。驳回决定指出：对于本申请中R1、R2、R3取代基的选择，现有技术已经给出了相应的技术启示，而且本申请无证据证明本申请化合物的亲和力优于现有技术中化合物，本申请的技术方案优于对比文件1的技术方案；对于采用铃木反应进行取代，当R1和R2相同时，在对比文件1、10的基础上本领域技术人员有动机同时在吲哚环的C2和C3位进行取代，当R1和R2不同时，本申请实施例记载的这种操作方式虽然简化步骤，但是收率偏低，采用牺牲收率的方式以达到简化反应步骤的方式是本领域技术人员可以预期的；对比文件1给出了采用强碱的技术方案，不会影响N1位酰胺。
申请人山东大学（下称复审请求人）对上述驳回决定不服，于2018年10月22日向国家知识产权局提出了复审请求，未提交修改文本。复审请求人认为：（1）对比文件1中的活性检测方式与本申请不同，故而其活性结果的表现形式不一。（2）药物设计中芳香环/杂环与脂肪环/杂环与药物作用靶点的相互作用模式是完全不同的，芳环为平面刚性结构，与周围的氨基酸形成π-π堆积的相互作用以及一定的疏水作用力，而脂环具有一定的柔性，本申请将吲哚C-3位环己烷替换为苯环等芳香环是重大改进。苯环不能作为氢键受体，相反芳香杂环常作为氢键受体参与药物小分子和受体靶点周围氨基酸的相互作用，故而苯环和芳香杂环也是有一定区别的。（3）药物设计中甲基与氢原子的结构和性质是完全不同的，且该处为芳香环上的取代基，甲基需要占据较大空间，无法与周围氨基酸产生π-π堆积以及离子-芳环相互作用，H原子可能产生上述两种作用。（4）对比文件1先在吲哚母核上引入环己基，而后引入C2取代，最后引入N1取代；本申请权利要求3先引入N1取代基，而后一锅法在C2位与C3位选择性的引入不同的取代基，省去了分离纯化步骤，精简了步骤，尽管产率下降，整体来看有利于合成路线优化。（5）权利要求3步骤iv的水解反应仅针对甲酯水解，而对N1位的酰胺没有影响，相比直接水解有一定的进步和提高。对比文件1中直接加入强碱，然后反应，采用10%HCl和二氯甲烷萃取干燥，权利要求3中则是将强碱滴加到反应体系中，TLC检测反应完全后加HCl直接将产物析出，省去了萃取的步骤，相比对比文件1的技术方案有所改进。综上，本申请具备创造性。
经形式审查合格，国家知识产权局于2018年10月26日依法受理了该复审请求，并将其转送至国家知识产权局原审查部门进行前置审查。
国家知识产权局原审查部门在前置审查意见书中认为：（1）首先对比文件1给出了本申请中相应的C3位取代基可以为噻吩基、呋喃基等芳香杂环基团的技术启示，其次文献1中公开了“苯环中-CH=CH-可用-S-替换变为噻吩是常见的等排现象”，因此本领域技术人员为了获得抗丙肝药物有动机将环己烷替换为苯环、噻吩环等芳香环。本申请原始申请文件并未对芳香杂环是否与受体形成氢键或者氢键的形成对于活性是否具有影响进行说明，从本申请实施例所提交的活性测试中，也未发现芳香杂环与苯环之间对于活性影响的明显差别。（2）现有技术中给出了常常采用甲基替代氢原子的技术启示，且虽然复审请求人强调甲基可能引起无法与周围氨基酸产生π-π堆积以及离子-芳环相互作用的理由，但仅为复审请求人的猜测，并未给出相应的证据证明其观点，且现有技术中也没有相关的证据。（3）对比文件1和本申请采用不同的方式进行活性测试，无法得出本申请的技术方案优于对比文件1的结论。（4）首先在对比文件1以及对比文件10中均给出了可以采用铃木反应取代吲哚环上取代基的技术启示，且当本申请中的R1和R2取代基不同时，得到的产物收率仅为30% 左右，即本申请是采用了牺牲收率的方式以达到简化反应的目的，而该效果是本领域技术人员可以预期的。（5）对于步骤iv中的水解反应，对比文件1中公开了采用强碱进行反应时，可以仅水解酯基而不水解酰胺。首先，在本申请的权利要求书中并没有涉及水解的后处理步骤，其次，即使加入了该步骤，将析出的固体直接过滤而不再经过萃取也是显而易见的。因而坚持驳回决定。
随后，国家知识产权局成立合议组对本案进行审理。
合议组于2019年10月09日向复审请求人发出复审通知书，指出：（1）权利要求1与对比文件1的区别特征在于：权利要求1中R1选自苯基、2-呋喃基、3-噻吩基等，对比文件1中相应位置为环己基。权利要求1实际解决的技术问题是提供更多具有NS5B抑制活性的取代吲哚类抗HCV先导化合物。对于上述区别特征，在对比文件1和公知常识性证据（参见《新药设计原理与方法》，徐文方主编，中国医药科技出版社，1997年7月第1次印刷，下称证据1，第99页）的基础上，为了获得更多抗HCV先导化合物，选择R3（对应本申请权利要求1中的R1）为苯基、呋喃基为本领域的常规技术手段，其在吲哚环上的连接方式以及取代基都是常规选择。对于其他基团的选择，对比文件1也给出了相应的技术教导。因此，权利要求1不具备专利法第22条第3款规定的创造性。（2）权利要求2中的具体化合物与对比文件1相比，区别特征均在于吲哚环上取代基的不同，权利要求2实际解决的技术问题是提供更多具有NS5B抑制活性的取代吲哚类抗HCV先导化合物。对于R1取代基，参照前述对于权利要求1的评述，对于R1为H的技术方案，对比文件1公开了R3可为（C1-6）烷基，而在先导物优化中，常常用甲基代替氢原子（参见《药物分子设计》，郭宗儒 著，科学出版社，2005年4月第一次印刷，下称证据2，第282页第2段）。R2、R3取代基都是在对比文件1和证据1公开内容基础上的常规选择。因此权利要求2不具备专利法第22条第3款规定的创造性。（3）权利要求3与对比文件1的区别特征在于：①目标产物取代基不同，②反应原料及反应顺序不同，③具体的反应条件不同。权利要求3实际解决的技术问题是提供一种更简便的方法以制备更多的吲哚类似物。对于区别特征①，参照前述对于权利要求1的评述。对于区别特征②，对比文件10给出了在铃木反应中，吲哚环C2位与C3位相比，反应活性更强的技术启示，本领域技术人员容易想到分两步使用铃木反应先后在C2、C3位引入相同或不同取代基；为了操作方便，本领域技术人员有动机直接使用吲哚-6-甲酸甲酯为原料，从而省去酯化步骤；对比文件9公开了在NaH/THF下室温反应在吲哚环N1位引入吗啉甲酰基甲基的反应，本领域技术人员容易想到调换反应顺序。对于区别特征③，对比文件10公开了使用NBS，磷酸钾也是铃木反应常用碱（参见《金属有机化学》，何仁等 编著，华东理工大学出版社，2007年9月第1次，下称证据3，第298页第1段），其他都是常规技术手段。因此，权利要求3不具备专利法第22条第3款规定的创造性。（4）在权利要求1-2不具备创造性的基础上，权利要求4、5同样不具备专利法第22条第3款规定的创造性。（5）对于复审请求人的意见陈述，复审通知书指出：复审请求人不能证明本申请公开的取代吲哚类衍生物相对于对比文件1在抑制HCV NS5B方面具有更好的技术效果。在对比文件1和证据1的教导下，本领域技术人员有动机将对比文件1中C3位的环己基替换为噻吩、呋喃、苯基，以便获得更多取代吲哚类抗HCV先导化合物；虽然苯基与杂芳基、脂环基存在区别，但都是本领域常规取代基，且无证据表明将环己基替换为苯基、噻吩、呋喃基之后取得了更优异的HCV NS5B抑制活性。虽然甲基与H在空间位阻上存在差异，可能会影响药物分子与周围氨基酸的相互作用，但是现有技术在先导物的优化中，存在用甲基代替氢原子的技术启示（参见证据2），而本申请也不能证明a07、b07取得了更优异的HCV NS5B抑制活性。对比文件10给出了C2位相比C3位反应活性更强的技术启示，本领域技术人员容易想到分两步反应先后在C2、C3位引入相同取代基或不同取代基，而前后两步反应均为铃木反应，反应条件相同，因此采用一锅法反应，不对中间产物分离纯化直接进行第二步铃木反应也是常规技术手段，而精简步骤，操作简便也是完全可以预期的技术效果。对于步骤iv中的水解反应，首先，权利要求3中并未限定滴加氢氧化钠，也未限定后处理步骤；其次，对比文件1中同样是滴加氢氧化钠进行反应，仅水解酯基而不水解酰胺；最后，本申请和对比文件1反应后都调节了pH，并使用另外一种溶剂进行溶解，加酸调节pH是为了中和反应体系中的氢氧化钠，使产物呈游离酸形式，便于溶解在有机溶剂中，而先蒸干溶剂再加酸或先加酸再旋干溶剂都是本领域的常规选择。
针对上述复审通知书，复审请求人于2019年10月15日提交了意见陈述书，未修改申请文件。复审请求人认为：1）该类化合物主要是作用于丙型肝炎NS5B的特定作用位点thumb site I，只要有化合物结合到该位点就可以阻碍NS5B形成催化活性构象，进而导致NS5B无法催化RNA的聚合形成RNA子链；化合物与蛋白质的结合即意味着其能够抑制RNA聚合，进而抑制丙型肝炎病毒的整个复制过程，因此其与NS5B的KD值对于NS5B抑制活性具有重大的参考意义。2）生物电子等排体作为药物化学的经典理论，指导了很多新分子新药物的研究，但是同样也出现了很多的反例。本申请顺利发现了该类化合物的新结构，但符合理论的结构在生物活性检测实验中并未显现出与理论符合的效果，大部分化合物失去了应有的活性，但仍有部分化合物a02、a03、a10、a11符合理论预期。先导化合物及其他文献中多提及羧基作为R3取代基，本申请将羧基衍生为甲酯，使得整个分子的性质发生了极大的改变。3）对比权利要求3中的路线，先引入N1位取代基，而后一锅法同时引入C2和C3位取代基，其与对比文件1中的合成路线相比精简了步骤，而且引入C3位取代基时采用铃木反应，且可用一锅法在C2位与C3位选择性地引入不同的取代基，相比对比文件中的合成路线具有极大的改进。4）步骤iv的水解反应仅针对甲酯水解，而对N1位的酰胺没有影响。相比直接水解带来的可能水解掉N1位酰胺的副反应，有了一定的进步和提高。综上，本申请具备创造性。
在上述程序的基础上，合议组认为本案事实已经清楚，可以做出审查决定。
二、决定的理由
1、审查文本的认定
在复审阶段，复审请求人未修改申请文件，故本复审请求审查决定依据的文本仍是驳回文本，即复审请求人于2018年05月28日提交的权利要求第1-5项，于申请日2016年06月28日提交的说明书第1-24页、说明书摘要。
2、关于专利法第22条第3款
专利法第22条第3款规定：创造性，是指与现有技术相比，该发明具有突出的实质性特点和显著的进步，该实用新型具有实质性特点和进步。
在判断一项权利要求的创造性时，如果该权利要求请求保护的技术方案和最接近的现有技术相比存在区别特征，而现有技术中给出了将上述区别特征应用到该最接近的现有技术以解决其存在的技术问题的启示，则该权利要求请求保护的技术方案不具备创造性。
1）就本申请而言，权利要求1请求保护一种取代吲哚类衍生物（具体参见案由部分）。
对比文件1公开了作为HCV NS5B聚合酶抑制剂的式（I）所代表的化合物（参见摘要，权利要求1、5）；进一步公开了以及具体化合物1023、1027、1030、1033、1097，其中R3（对应本申请权利要求1中的R1）为环己基，L为，R2（对应本申请权利要求1中的R2）分别为苯基、3-噻吩基、2-呋喃基、2-噻吩基、3-呋喃基（参见权利要求51、表1）；并测试了上述化合物对丙型肝炎病毒RNA依赖性聚合酶（NS5B）的抑制活性，其IC50均小于200nM（参见说明书第128-141页）。
权利要求1与对比文件1公开的上述5个化合物相比，区别特征均在于：权利要求1中R1选自苯基、2-呋喃基、3-噻吩基等，对比文件1中对应位置为环己基。
根据说明书的记载，本申请提供了结构全新的取代吲哚类衍生物及其制备方法、其作为HCV抑制剂用于制备抗丙型肝炎药物的用途（参见说明书第6页第6-8段）。在具体实施方式部分，提供了a01-a13，b01-02、04-07、09-11、13共23个化合物的合成实施例，使用Anti-histidine antibody采用光学表面等离子共振方法，测定了化合物与NS5B的平衡解离常数KD，该常数的含义为使一半的总蛋白与配体结合时所需的配体浓度，该数值越小，则说明化合物与蛋白质的结合能力越强；表1中记载了具体化合物的结构以及平衡解离常数KD，具体如下：
。
其中不同结构的化合物与NS5B具有不同的亲和力，a02、a03、a10、a11、b05和b13为活性化合物。说明书中还记载了“化合物a02、a03、a11和b05均具有与阳性对照化合物相当甚至略好于阳性对照的亲和力。特别是化合物a10(KD＝2.8μM)和b13(KD＝2.3μM)，其与NS5B的亲和力分别是阳性对照化合物121(KD＝90.8μM)的32倍和39倍，远远超过阳性对照化合物”（参见说明书第7-24页）。
对比文件1记载了：根据WO03/010141所述的方式，测试本发明化合物与NS5B的抑制活性，化合物1023、1027、1030、1033、1097的IC50均小于200nM（参见说明书第128-141页）。根据WO03/010141中实施例23的记载，其测试抑制NS5B活性时，使用在其游离5’C位置用生物素修饰的12核苷酸RNA寡-尿苷酸引物为底物，测试、分析确定化合物的IC50值。
基于上述内容，合议组认为：首先，对于化合物a05、b05来说，根据申请日提交的权利要求3、说明书第2页第3段至第4页第1段记载的结构以及说明书实施例22、24的制备方法，其R1应为3-呋喃基，表1中记载的相应取代基却为2-呋喃基，前后记载不一致，本领域技术人员不能确定其相应的KD=104μM是否对应化合物的真实结构，因此，表1中记载的化合物a05、b05的平衡解离常数数据无法予以采信；其次，KD值与IC50值等常用的表达方式间不存在明确的对应和/或换算关系，本申请说明书也未给出相应的明确说明，因此，本领域技术人员不明了该值处于何种范围内可以表明测试化合物具有优异的HCV NS5B抑制活性，而且，本申请原说明书和权利要求书中并未记载阳性对照化合物121的化学名称以及结构，因此，基于本申请说明书记载的对照实验也不能得知本申请的化合物其HCV NS5B抑制活性的优劣；第三，如前所述，对比文件1与本申请测试的参数不同，本申请的KD与对比文件1中的IC50值并没有直接的对应关系，不能证明本申请公开的取代吲哚类衍生物相对于对比文件1在抑制HCV NS5B方面具有更好的技术效果。
由此可见，根据上述区别特征可以确定本申请权利要求1实际解决的技术问题是提供更多具有NS5B抑制活性的取代吲哚类抗HCV先导化合物。
对于上述区别特征，对比文件1公开了通式化合物中，R3（对应本申请权利要求1中的R1）可以选择(C1-6)烷基、(C3-7)环烷基、HCy等，其中HCy为含有1至3个选自O、S及N的杂原子的饱和或不饱和4至7-元杂环基，HCy任选被1至4个选自下列的取代基取代：a）卤素，b）任选被下列取代基取代的(C1-6)烷基：1至3个选自卤素的取代基等，c）OR33，其中R33为H、(C1-6)烷基等（参见权利要求1）；杂环实例包括但不限于噻吩、吡啶等（参见说明书第15页第7段）。另外，Hinsberg首先提出了电子等排体-CH2=CH2-被-S-取代，并开始注意到各种芳杂环的相互交换，如噻吩、苯、吡啶、吡咯和呋喃作为电子等排基团的相互取代；如果要对一个具有生物学活性的化合物进行分子结构修饰，以便产生理想的活性，那么这种分子修饰不宜太剧烈，因此电子等排取代自然就适合这种药物设计和分子修饰的策略（参见证据1）。因此为了获得更多抗HCV先导化合物，在对比文件1公开了R3（对应本申请权利要求1中的R1）可以为不饱和杂环如噻吩、吡啶的基础上，选择R3为苯基、呋喃基为本领域的常规技术手段。R3在吲哚环上的具体连接方式（如2-呋喃基、3-噻吩基），以及取代基的具体选择则是本领域技术人员结合对比文件1公开内容所进行的常规选择。
此外，对比文件1还公开了Y1可以为O，Z可以为ORO，RO可以为(C1-6)烷基、H；R2（对应本申请权利要求1的R2）可选自R21，R21为芳基或Het，并任选被R150取代，每个R150定义为1至4个独立的选自下列的取代基：1至3个选自卤素的取代基，1至3个可选自任选被R160取代的(C1-6)烷基、ORO的取代基，每个R160可以为1、2或3个氟；Het可以为含1至4个选自O、N及S的杂原子的4-、5-、6-或7-元杂环（参见权利要求1）；优选的芳基为苯基，杂环实例包括但不限于噻吩、吡啶等（参见说明书第15页第5、7段）。可见，对比文件1给出了-C(=Y1)-Z（对应本申请权利要求1中的R3）可为羧基、甲酯基，R2（对应本申请权利要求1中的R2）可为苯基、噻吩、呋喃的技术启示，对于R2上的取代基甲氧基、甲基、氟、三氟甲基，对比文件1也给出了相应的技术教导。
因此，在对比文件1的基础上结合本领域的公知常识获得该权利要求1的技术方案对本领域技术人员来说是显而易见的，权利要求1不具有突出的实质性特点和显著的进步，不具备专利法第22条第3款规定的创造性。
2）权利要求2请求保护一种取代吲哚类衍生物，具体为a01-a13，b01-02、04-07、09-11、13共23个化合物。
对于化合物a01、02、05、07来说，其与对比文件1公开的化合物1023相比，区别特征在于：本申请中R1为苯基、3-呋喃基、H，R3为甲酯基，对比文件1中对应位置分别为环己基，羧基。
对于化合物b01、02、05、07来说，其与对比文件1公开的化合物1023相比，区别特征在于：本申请中R1为苯基、4-甲氧基苯基、3-呋喃基、H，对比文件1中相应位置为环己基。
对于化合物a03、04、06、09、10-13来说，其与对比文件1公开的化合物1023相比，区别特征在于：本申请中R1为取代苯基、R3为甲酯基、R2为取代苯基，对比文件1中对应位置分别为环己基、羧基、苯基。
对于化合物b04、06、09、10、11、13来说，其与对比文件1公开的化合物1023相比，区别特征在于：本申请中R1、R2为取代苯基，对比文件1中对应位置分别是环己基、苯基。
对于化合物a08来说，其与对比文件1公开了化合物1033相比，区别特征在于：本申请中R1为2-噻吩基、R3为甲酯基，对比文件1中对应位置分别是环己基、羧基。
参照上述对于权利要求1的评述，根据上述区别特征确定权利要求2实际解决的技术问题是提供更多具有NS5B抑制活性的取代吲哚类抗HCV先导化合物。
对于R1取代基，参照上述对于权利要求1的评述，对比文件1公开了R3（即为本申请中的R1）可为噻吩基，选择R3为苯基、呋喃基是本领域的常规技术手段；对于R3上的取代基，对比文件1已经给出了相应的技术启示，具体的R3在吲哚环上的连接方式（如3-呋喃基、2-噻吩基）以及取代基的具体选择都是本领域技术人员在对比文件1公开内容基础上的常规选择。对于权利要求2中涉及R1为H的技术方案来说，对比文件1公开了R3（对应本申请中的R1）可为(C1-6)烷基；而在先导物的优化中，常常用甲基代替氢原子（参见证据2），因此为了获得更多取代吲哚类似物，本领域技术人员容易想到选择R3为H以得到相应化合物。
对于R2、R3取代基，参照上述对于权利要求1的评述，都是在对比文件1和证据1公开内容的基础上，容易想到的常规选择。
因此在对比文件1的基础上结合本领域的公知常识获得该权利要求2的技术方案对本领域技术人员来说是显而易见的，权利要求2不具有突出的实质性特点和显著的进步，不具备专利法第22条第3款规定的创造性。
3）权利要求3请求保护权利要求1中取代吲哚类衍生物的制备方法。
对比文件1公开了作为HCV NS5B聚合酶抑制剂的式（I）所代表的化合物（参见摘要，权利要求1、5）；还公开了吲哚类衍生物的制备方法（参见说明书第86-91页的实施例2、4、6、9）：
在吲哚环上引入C3取代基（对应本申请中的R1）
在吲哚环上引入C2取代基（对应本申请中的R2）
将3-环己基-6-吲哚甲酸甲酯溶于THF及氯仿的混合物中，溶液于冰浴中冷却，并添加三溴化吡啶，在0℃搅拌1.5h，反应结束后后处理得到2-溴-3-环己基-6-吲哚甲酸甲酯（产率85%）；将2-溴-3-环己基-6-吲哚甲酸甲酯、3-呋喃硼酸及LiCl溶于乙醇及甲苯的混合物中，添加碳酸钠水溶液且将混合物以氩气除气45分钟，添加Pd(PPh3)4且混合物在75-85℃及氩气中搅拌过夜得3-环己基-2-呋喃-3-基-1H-吲哚-6-甲酸甲酯。
在吲哚环上引入N1取代基
甲酯基的水解反应
将3-环己基-2-呋喃-3-基-1-(2-吗啉-4-基-2-氧代-乙基)-1H-吲哚-6-甲酸甲酯溶于THF及MeOH的混合物中，且将溶液加热至50℃，于混合物中滴加4N NaOH接着在50℃再搅拌3.5h，通过TLC判断反应完全，反应混合物减压蒸发至干，并将残余物分配于10%HCl水溶液以及DCM之间，分离有机层，干燥浓缩快速色谱法纯化得到3-环己基-2-呋喃-3-基-1-(2-吗啉-4-基-2-氧代-乙基)-1H-吲哚-6-甲酸（74%）。
权利要求3与对比文件1相比，区别特征在于：①目标产物取代基不同；②反应原料以及反应顺序不同，权利要求3中以吲哚-6-甲酸甲酯为原料先一步反应引入吲哚N1位取代基，再经两步铃木反应引入C2、C3取代基，最后水解甲酯基得到取代吲哚类衍生物；对比文件1以吲哚-6-甲酸为原料先引入吲哚C3位取代基，将6-羧基酯化为6-甲酸甲酯后引入C2位取代基，再引入N1位取代基，最后水解甲酯基得到取代吲哚类衍生物；③具体的反应条件不同，权利要求3溴代中使用二氯甲烷、NBS，铃木反应中使用磷酸钾、二氧六环、90℃反应，酯水解使用甲醇、回流，对比文件1溴代中使用THF及氯仿、三溴化吡啶，铃木反应中使用碳酸钠、乙醇及甲苯、75-85℃反应，酯水解使用THF/MeOH、50℃反应。
参照前述对于权利要求1的评述，基于本申请说明书公开的内容，以及目前已掌握的现有技术证据，不能证明本申请公开的取代吲哚类衍生物相对于对比文件1在抑制HCV NS5B方面具有更好的技术效果。对于制备方法本身，权利要求3直接使用吲哚-6-甲酸甲酯为原料，省去了中间的酯化步骤，且一步反应引入N1取代基，而对比文件1通过三步反应引入N1取代基，可见权利要求3相比对比文件1方法更简便。因此，权利要求3实际解决的技术问题是提供一种更简便的方法以制备更多的取代吲哚类似物。
首先，对于区别特征①，参照前述对于权利要求1的评述，对于权利要求3制备的取代吲哚类似物本身，对比文件1和证据1已经对C3位取代基，以及C2位、N1取代基的选择给出了相应的技术启示。
对于区别特征②，对比文件1公开了采用铃木反应在吲哚C2位引入呋喃基的方法，另外对比文件10公开了由1-甲基-1H-吲哚参与的铃木反应（参见第587页第3-4段）：在-78℃下，向1-甲基-1H-吲哚的THF溶液中加入NBS，搅拌反应5h，经后处理得到2,3-二溴-1-甲基-1H-吲哚（产率86%），2,3-二溴-1-甲基-1H-吲哚（3.46mmol）、2-溴苯硼酸（4.15mmol）、Pd(PPh3)4和NaOH加入到Schelenk瓶中，氩气保护，加入THF和蒸馏水，加热至70℃反应4h，后处理得到3-溴-2-（2-溴苯基）-1-甲基-1H-吲哚（产率72%）。可见，在使用化学计量或略大于化学计量的取代硼酸原料时，会优先得到吲哚C2位取代产物，因此在铃木反应中，吲哚环C2位与C3位相比，反应活性更强；因而本领域技术人员容易想到分两步使用铃木反应先后在C2、C3位引入相同或不同取代基。
另外，对比文件1在铃木反应之前的溴代步骤中对羧基酯化进行保护，为了操作简便，本领域技术人员有动机直接使用吲哚-6-甲酸甲酯为原料，从而省去酯化步骤。最后，对比文件9公开了2-[5-甲氧基-3-(5H-吡咯并[2，3-b]吡嗪-6-基)-吲哚-1-基]-1-吗啉-4-基乙酮的制备（参见实施例12）：搅拌下的6-(5-甲氧基-1H-吲哚-3-基)-5H-吡咯并[2，3-b]吡嗪的无水二甲基甲酰胺溶液用氢化钠处理，在搅拌30分钟后，此混合物用4-(2-氯乙酰基)吗啉的二甲基甲酰胺溶液处理，再继续搅拌3h，后处理得到产物。可见，对比文件9公开了使用氯乙酰吗啉为原料，在NaH/DMF下室温反应在吲哚环N1位引入吗啉甲酰基甲基的反应；与C2、C3位参与的铃木反应的反应位点、反应条件均不相同，所以彼此之间的反应顺序对反应影响不大，因此本领域技术人员容易想到调换反应顺序，先引入N1取代基再引入C2、C3取代基。
对于区别特征③，对比文件10公开了使用NBS进行溴代反应；磷酸钾也是铃木反应中的常用碱（参见证据3）。另外，本领域技术人员容易想到根据反应原料的溶解性质，反应体系的组成选择适当的反应溶剂，反应温度是根据反应效果通过有限的试验可以调整和确定的。
综上，权利要求3请求保护的技术方案对本领域技术人员来说是显而易见的，不具有突出的实质性特点和显著的进步，不具备专利法第22条第3款规定的创造性。
4）权利要求4请求保护“如权利要求1-2任一所述的取代吲哚类衍生物作为HCV抑制剂用于制备抗丙型肝炎药物。”对比文件1公开了作为HCV NS5B聚合酶抑制剂的式（I）所代表的化合物（参见说明书摘要），即相当于公开了式（I）所代表的化合物作为HCV抑制剂用于制备抗丙型肝炎药物，因此在其引用的权利要求1-2任一所述的取代吲哚类衍生物不具备创造性的基础上，权利要求4也不具有突出的实质性特点和显著的进步，不具备专利法第22条第3款规定的创造性。
5）权利要求5请求保护“一种抗HCV药物组合物，包括权利要求1-2任一所述的取代吲哚类衍生物和一种或多种药学上可接受载体或赋形剂。”在权利要求1-2任一所述的取代吲哚类衍生物不具备创造性的基础上，将其与一种或多种药学上可接受载体或赋形剂制成药物组合物是本领域的常规技术手段，因此权利要求5不具有突出的实质性特点和显著的进步，不具备专利法第22条第3款规定的创造性。
3、关于复审请求人的意见
对于复审请求人答复复审通知书时的意见陈述，合议组认为：1）虽然这类化合物与NS5B的KD值对于NS5B的抑制活性具有重大的参考意义，但KD值与IC50值等常用的表达方式间不存在明确的对应和/或换算关系，本领域技术人员不确定该值处于何种范围内可以表明测试化合物具有优异的HCV NS5B抑制活性，而且，本申请原说明书和权利要求书中并未记载阳性对照化合物121的化学名称以及结构，因此，基于本申请说明书记载的对照实验也不能得知本申请的化合物其HCV NS5B抑制活性的优劣。进一步地，对比文件1与本申请测试的参数不同，本申请的KD与对比文件1中的IC50值并没有直接的对应关系，不能证明本申请公开的取代吲哚类衍生物相对于对比文件1在抑制HCV NS5B方面具有更好的技术效果；即使对于KD值较小的a02、a03、a10、b13，复审请求人也未提供任何证据证明其NS5B抑制效果优于对比文件1中化合物。2）虽然生物电子等排体理论用于新分子新药物研究时偶尔会出现反例，但是这并不会阻碍本领域技术人员应用生物电子等排理论以获得更多吲哚类NS5B抑制剂的动机。对于R3取代基，对比文件1已经公开了通式中相应位置的-C(=Y1)-Z可为甲酯基，复审请求人也未提供任何证据表明羧基变为酯基会导致分子溶解性、pKa等性质的极大改变，更不能证明羧基替换为甲酯基会导致NS5B抑制活性的提高。3）参照前述对于权利要求3的具体评述，权利要求3的合成路线是本领域技术人员容易想到的，而精简步骤，操作简便也是本领域技术人员能够合理预期的技术效果。4）对于步骤iv中的水解反应，对比文件1同样公开了仅水解酯基而不水解酰胺的反应。综上，复审请求人的意见陈述不具备说服力。
根据上述事实、理由和证据，合议组作出如下审查决定。
三、决定
维持国家知识产权局于2018年09月03日对201610495845.1号发明专利申请作出的驳回决定。
如对本复审请求审查决定不服，根据专利法第41条第2款的规定，复审请求人可以自收到本决定之日起三个月内向北京市知识产权法院起诉。
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