发明创造名称：ALK1受体和配体拮抗剂及其用途
外观设计名称：
决定号：199336
决定日：2019-12-12
委内编号：1F252482
优先权日：2006-11-02
申请（专利）号：200780044656.1
申请日：2007-11-02
复审请求人：阿塞勒隆制药公司
无效请求人：
授权公告日：
审定公告日：
专利权人：
主审员：唐慧
合议组组长：王金凤
参审员：杨振宇
国际分类号：C07K14/71
外观设计分类号：
法律依据：专利法第22条第3款
决定要点
：当要求保护的技术方案相对于最接近的现有技术存在区别特征时，如果现有技术给出了将上述区别特征应用到所述最接近的现有技术中以解决其技术问题的技术启示，则认为该技术方案是显而易见的，不具有突出的实质性特点，也就不具备创造性。
全文：
本复审请求涉及申请号为200780044656.1，名称为“ALK1受体和配体拮抗剂及其用途”的发明专利申请。申请人为阿塞勒隆制药公司。本申请的申请日为2007年11月02日，优先权日为2006年11月02日，公开日为2010年02月17日。
经实质审查，国家知识产权局原审查部门于2018年02月02日以权利要求1-6、38-49不符合专利法第22条第3款的规定为由驳回了本申请。驳回决定所依据的文本为：2009年06月02日本申请进入中国国家阶段时提交的、按专利合作条约第28条或者第41条修改的说明书核苷酸和氨基酸序列表，原始国际申请中文译文的说明书第1-177和184-221段（即第1-38、40-44页）、说明书附图图1-图10、说明书摘要、摘要附图，2013年11月18日提交的说明书第178-183段（即第39页），2016年09月23日提交的权利要求第1-58项 。
驳回决定所针对的权利要求书如下：
“1. ALK1-Fc融合蛋白，其包含ALK1 ECD多肽，所述多肽的氨基酸序列由SEQ ID NO：1之22-118位氨基酸所示序列组成，或者由SEQ ID NO：1之22-118位氨基酸所示序列的C端分别缺失或添加了SEQ ID NO：1的位于Q118上游或下游1～5个氨基酸的序列组成，
该多肽使用或不使用中间接头与免疫球蛋白的Fc部分融合，其中所述ALK1-Fc融合蛋白以小于1×10-7M的KD结合选自以下的一种或多种配体：GDF5、GDF7和BMP9，以大于1×10-6M的KD结合TGFβ-1。
2. 权利要求1的ALK1-Fc融合蛋白，其中所述Fc部分是人IgG1的Fc部分。
3. ALK1-Fc融合蛋白，其氨基酸序列由SEQ ID NO：3的氨基酸序列组成。
4. ALK1-Fc融合蛋白，其通过在哺乳动物细胞系中表达SEQ ID NO：4的核酸来产生。
5. 权利要求4的ALK1-Fc融合蛋白，其中所述哺乳动物细胞系是中国仓鼠卵巢(CHO)细胞系。
6. 基本上不含热原的药物制备物，其包含权利要求5的ALK1-Fc融合蛋白。
7. 人ALK1 ECD多肽或小鼠ALK1 ECD多肽或者编码其的核酸在制备用于抑制哺乳动物中血管发生之药物中的用途，
其中人ALK1 ECD多肽的氨基酸序列由SEQ ID NO：1之22-118位氨基酸所示序列组成，或者由SEQ ID NO：1之22-118位氨基酸所示序列的C端分别缺失或添加了SEQ ID NO：1的位于Q118上游或下游1～5个氨基酸的序列组成，
其中小鼠ALK1 ECD多肽的氨基酸序列由天然小鼠ALK1多肽的细胞外结构域的序列组成。
8. 权利要求7的用途，其中所述ALK1 ECD多肽使用或不使用中间接头与免疫球蛋白的Fc部分融合。
9. 权利要求8的用途，其中所述使用或不使用中间接头与免疫球蛋白的Fc部分融合的ALK1 ECD多肽以大于1×10-6M的KD结合TGFβ-1。
10. 权利要求7的用途，其中所述ALK1 ECD多肽结合一种或多种ALK1配体，所述ALK1配体选自GDF5、GDF7、BMP9和BMP10。
11. 权利要求7的用途，其中所述ALK1 ECD多肽包含其氨基酸序列由SEQ ID NO：1之34-95位氨基酸序列组成的多肽。
12. 权利要求7的用途，其中所述ALK1 ECD多肽包含其氨基酸序列由SEQ ID NO：2之100-285位核苷酸或者SEQ ID NO：2之100-285位核苷酸的具有相同编码序列的变体所编码的氨基酸序列组成的多肽。
13. 权利要求8的用途，其中所述使用或不使用中间接头与免疫球蛋白的Fc部分融合的ALK1 ECD多肽由序列为SEQ ID NO：3的多肽组成。
14. 权利要求7的用途，其中所述药物经静脉内或局部递送至眼。
15. 权利要求7的用途，其中所述药物还包含抑制血管发生的另一种药剂。
16. 权利要求7的用途，其中所述待抑制的血管发生是发生在哺乳动物眼中、肿瘤中或者骨或关节中的血管发生。
17. 人ALK1 ECD多肽或小鼠ALK1 ECD多肽在制备用于治疗患类风湿性关节炎的哺乳动物中类风湿性关节炎的药物中的用途，
其中人ALK1 ECD多肽的氨基酸序列由SEQ ID NO：1之22-118位氨基酸所示序列组成，或者由SEQ ID NO：1之22-118位氨基酸所示序列的C端分别缺失或添加了SEQ ID NO：1的位于Q118上游或下游1～5个氨基酸的序列组成，
其中小鼠ALK1 ECD多肽的氨基酸序列由天然小鼠ALK1多肽的细胞外结构域的序列组成。
18. 权利要求17的用途，其中所述ALK1 ECD多肽使用或不使用中间接头与免疫球蛋白的Fc部分融合。
19. 权利要求18的用途，其中所述使用或不使用中间接头与免疫球蛋白的Fc部分融合的ALK1 ECD多肽以大于1×10-6M的KD结合TGFβ-1。
20. 权利要求17的用途，其中所述ALK1 ECD多肽结合一种或多种ALK1配体，所述ALK1配体选自GDF5、GDF7、BMP9和BMP10。
21. 权利要求18的用途，其中所述使用或不使用中间接头与免疫球蛋白的Fc部分融合的ALK1 ECD多肽由序列为SEQ ID NO：3的多肽组成。
22. 权利要求17的用途，其中所述ALK1 ECD多肽包含其氨基酸序列由SEQ ID NO：1之34-95位氨基酸的氨基酸序列组成的多肽。
23. 权利要求17的用途，其中所述ALK1 ECD多肽包含由SEQ ID NO：2之100-285位核苷酸所编码的氨基酸序列。
24. 权利要求17的用途，其中所述药物经静脉内递送。
25. 权利要求17的用途，其中所述药物还包含抑制血管发生的另一种药剂。
26. 人ALK1 ECD多肽或小鼠ALK1 ECD多肽在制备用于治疗具有血管发生依赖性癌症的哺乳动物中血管发生依赖性癌症的药物中的用途，
其中人ALK1 ECD多肽的氨基酸序列由SEQ ID NO：1之22-118位氨基酸所示序列组成，或者由SEQ ID NO：1之22-118位氨基酸所示序列的C端分别缺失或添加了SEQ ID NO：1的位于Q118上游或下游1～5个氨基酸的序列组成，
其中小鼠ALK1 ECD多肽的氨基酸序列由天然小鼠ALK1多肽的细胞外结构域的序列组成。
27. 权利要求26的用途，其中所述ALK1 ECD多肽使用或不使用中间接头与免疫球蛋白的Fc部分融合。
28. 权利要求27的用途，其中所述使用或不使用中间接头与免疫球蛋白的Fc部分融合的ALK1 ECD多肽以大于1×10-6M的KD结合TGFβ-1。
29. 权利要求26的用途，其中所述ALK1 ECD多肽结合一种或多种ALK1配体，所述ALK1配体选自GDF5、GDF7、BMP9和BMP10。
30. 权利要求27的用途，其中所述使用或不使用中间接头与免疫球蛋白的Fc部分融合的ALK1 ECD多肽由氨基酸序列为SEQ ID NO：3的多肽组成。
31. 权利要求26的用途，其中所述ALK1 ECD多肽包含其氨基酸序列由SEQ ID NO：1之34-95位氨基酸序列组成的多肽。
32. 权利要求26的用途，其中所述ALK1 ECD多肽包含其氨基酸序列由SEQ ID NO：2之100-285位核苷酸或者SEQ ID NO：2之100-285位核苷酸的具有相同编码序列的变体所编码的氨基酸序列组成的多肽。
33. 权利要求26的用途，其中所述药物经静脉内递送。
34. 权利要求26的用途，其中所述药物还包含抑制血管发生的另一种药剂。
35. 权利要求26的用途，其中所述血管发生依赖性癌症是与骨有 关的肿瘤。
36. 权利要求26的用途，其中所述血管发生依赖性癌症是骨髓瘤或转移至骨的肿瘤。
37. 权利要求26的用途，其中所述血管发生依赖性癌症是对抗VEGF疗法具有抗性的肿瘤。
38. 眼科药物制剂，其包含人ALK1 ECD多肽或小鼠ALK1 ECD多肽，
其中人ALK1 ECD多肽的氨基酸序列由SEQ ID NO：1之22-118位氨基酸所示序列组成，或者由SEQ ID NO：1之22-118位氨基酸所示序列的C端分别缺失或添加了SEQ ID NO：1的位于Q118上游或下游1～5个氨基酸的序列组成，
其中小鼠ALK1 ECD多肽的氨基酸序列由天然小鼠ALK1多肽的细胞外结构域的序列组成。
39. 权利要求38的眼科药物制剂，其中所述ALK1 ECD多肽使用或不使用中间接头与免疫球蛋白的Fc部分融合。
40. 权利要求39的眼科药物制剂，其中所述Fc部分是人IgG1的Fc部分。
41. 权利要求39或40的眼科药物制剂，其中所述使用或不使用中间接头与免疫球蛋白的Fc部分融合的ALK1 ECD多肽以大于1×10-6M的KD结合TGFβ-1。
42. 权利要求38的眼科药物制剂，其中所述ALK1 ECD多肽结合一种或多种ALK1配体，所述ALK1配体选自GDF5、GDF7、BMP9和BMP10。
43. 权利要求38的眼科药物制剂，其中所述ALK1 ECD多肽包含其氨基酸序列由SEQ ID NO：2之100-285位核苷酸或者SEQ ID NO：2之100-285位核苷酸的具有相同编码序列的变体所编码的氨基酸序列组成的多肽。
44. 权利要求38的眼科药物制剂，其中所述制剂经静脉内递送。
45. 权利要求38的眼科药物制剂，其中所述制剂与抑制血管发生的另一种药剂一起施用。
46. 权利要求39的眼科药物制剂，其中所述使用或不使用中间接头与免疫球蛋白的Fc部分融合的ALK1 ECD多肽由氨基酸序列为SEQ ID NO：3的多肽组成。
47. 权利要求39的眼科药物制剂，其中所述使用或不使用中间接头与免疫球蛋白的Fc部分融合的ALK1 ECD多肽通过在哺乳动物细胞系中表达SEQ ID NO：4的核酸来产生。
48. 权利要求47的眼科药物制剂，其中所述哺乳动物细胞系是中国仓鼠卵巢(CHO)细胞系。
49. 权利要求38的眼科药物制剂，其中所述ALK1 ECD多肽包含其氨基酸序列由SEQ ID NO：1之34-95位氨基酸序列组成的多肽。
50. 人ALK1 ECD多肽或小鼠ALK1 ECD多肽在制备用于治疗眼中血管发生相关疾病的药物中的用途，所述眼中血管发生相关疾病选自：肿瘤、对于抗VEGF疗法具有抗性的肿瘤、多发性骨髓瘤、已转移至骨的肿瘤、类风湿性关节炎、糖尿病性视网膜病、早产儿视网膜病、黄斑变性、角膜移植排斥、新生血管性青光眼和晶状体后纤维增生症，
其中人ALK1 ECD多肽的氨基酸序列由SEQ ID NO：1之22-118位氨基酸所示序列组成，或者由SEQ ID NO：1之22-118位氨基酸所示序列的C端分别缺失或添加了SEQ ID NO：1的位于Q118上游或下游1～5个氨基酸的序列组成，
其中小鼠ALK1 ECD多肽的氨基酸序列由天然小鼠ALK1多肽的细胞外结构域的序列组成。
51. 权利要求50的用途，其中所述ALK1 ECD多肽使用或不使用中间接头与免疫球蛋白的Fc部分融合。
52. 权利要求51的用途，其中所述使用或不使用中间接头与免疫球蛋白的Fc部分融合的ALK1 ECD多肽以大于1×10-6M的KD结合TGFβ-1。
53. 权利要求50的用途，其中所述ALK1 ECD多肽结合一种或多种ALK1配体，所述ALK1配体选自GDF5、GDF7、BMP9和BMP10。
54. 权利要求50的用途，其中所述ALK1 ECD多肽包含其氨基酸序列由SEQ ID NO：1之34-95位氨基酸序列组成的多肽。
55. 权利要求50的用途，其中所述ALK1 ECD多肽包含其氨基酸序列由SEQ ID NO：2之100-285位核苷酸或者SEQ ID NO：2之100-285位核苷酸的具有相同编码序列的变体所编码的氨基酸序列组成的多肽。
56. 权利要求51的用途，其中所述使用或不使用中间接头与免疫球蛋白的Fc部分融合的ALK1 ECD多肽由氨基酸序列为SEQ ID NO：3的多肽组成。
57. 权利要求50或51的用途，其中所述药物全身给药或者对所述眼给药。
58. 权利要求50或51的用途，其中所述药物与抑制血管发生的另一种药剂一起施用。”
驳回决定指出：对比文件2（Identification of BMP9 and BMP10 as functional activators of the orphan activin receptor-like kinase 1 (ALK1) in endothelial cells，Laurent David等，BLOOD，第109卷第5期，第1953-1961页，在线公开日2006年10月26日）公开了购自R&D公司的（阿宾登，英国）、将ALK1胞外结构域与人IgG1的Fc区融合而得的重组人ALK1胞外结构域/Fc（ALK1ecd）和人ALK3胞外结构域/Fc（ALK3ecd），并测试了ALK1ecd或ALK3ecd干扰BMP9和BMP2反应的能力。权利要求1请求保护的ALK1-Fc融合蛋白与对比文件2公开的内容相比，区别在于：对比文件2没有公开所述融合蛋白中ALK1胞外结构域的氨基酸序列和该融合蛋白对GDF5、GDF7、BMP9和TGFβ-1的结合常数，也未述及是否使用中间接头。基于上述区别技术特征可以确定本发明实际解决的技术问题是：提供一种可供选择的ALK1-Fc融合蛋白。但对比文件2公开了来自R&D公司的ALK1-Fc融合蛋白，由该公司的产品手册即对比文件3（Recombinant human ALK-1 Fc Chimera，R&D公司，产品目录号370-AL，公开日：2001年04月25日）可知ALK1-Fc融合蛋白是由人ALK-1的第22-118位氨基酸通过中间接头连接于人IgG1的Fc区制备而成，所述ALK-1的序列公开于Genbank Accession number P37023.2，与本申请SEQ ID NO.1之22-118位氨基酸序列完全相同。同时，制备融合蛋白时使用或不使用中间接头均是本领域的常规选择。ALK1是GDF5、GDF7和BMP9的受体和TGFβ信号通路中的受体，其能够与GDF5、GDF7、BMP9和TGFβ-1结合是本领域的公知常识，并且，对比文件2公开了BMP9和BMP10是ALK1的特异性受体，因此，ALK1-Fc融合蛋白对GDF5、GDF7、BMP9的亲和性高于对TGFβ-1的亲和性是本领域技术人员能够合理预期的，容易筛选获得以小于1×10-7M的KD结合GDF5、GDF7和BMP9、以大于1×10-6的KD结合TGFβ-1的ALK1-Fc融合蛋白。且由于成熟多肽的序列有时受到细胞类型和培养条件等影响会有所变化，例如在末端缺少或多出几个氨基酸，因此生产获得由SEQ ID NO：1之22-118位氨基酸所示序列的C端分别缺失或添加了SEQ ID NO：1的位于Q118上游或下游1～5个氨基酸的序列组成的序列也是容易的。并且，本申请说明书中并未提供证据表明此类多肽较之由SEQ ID NO：1之22-118位氨基酸所示序列组成的多肽为本发明带来了预料不到的技术效果。因此，在对比文件2的基础上结合对比文件3以及本领域常用技术手段以获得权利要求1请求保护的技术方案，对于本领域技术人员而言是显而易见的，权利要求1不具备专利法第22条第3款规定的创造性。在权利要求1不具备创造性的基础上，本领域技术人员结合常规技术手段得到权利要求3、4要求保护的融合蛋白也是显而易见的，因此权利要求3-4不具备创造性。从属权利要求2、5的附加技术特征或被对比文件2公开，或是公知常识，因此权利要求2、5也不具备创造性。由于权利要求5不具备创造性，制备基本上不含有热源的药物是本领域常规技术选择，因此权利要求6也不具备创造性。由于对比文件2或3均公开了ALK1在血管发生和/或修复方面的作用，制备保护眼科药物制剂和选择小鼠ALK1的胞外域是常规技术手段，因此权利要求38也不具备创造性。从属权利要求39-49的附加技术特征或者已被对比文件2公开，或者进一步结合对比文件3和本领域常用技术手段容易获得。因此，权利要求39-49也不具备创造性。此外，本发明对现有技术的贡献体现在用途方面，用途权利要求的创造性已经得到认可。
申请人阿塞勒隆制药公司（下称复审请求人）对上述驳回决定不服，于2018年05月17日向专利复审委员会提出了复审请求，但未修改申请文件。复审请求人认为：既然涉及创造性问题，应当考察本领域技术人员是否有动机采用权利要求1的技术方案并预期实现相应的技术效果。权利要求1涉及的是与BMP9具有高亲和力(小于1×10-7M的KD)，但是基本上与TGFβ-1不结合(大于1×10-6M的KD)的ALK1-Fc融合蛋白；实施例2证明了TGFβ家族的多个成员与本发明ALK1-Fc融合蛋白的一个实施方案不显示显著结合，该结合特性是预料不到的，现有技术并没有公开或教导。另外，对比文件2中认为BMP9和BMP10是抗血管发生因子，并且活化ALK1具有抗血管发生的作用。而本发明是通过抑制ALK1来达到抗血管发生的作用。本领域技术人员不会预期到与BMP9和BMP10结合的本发明的ALK1-Fc融合蛋白会抑制血管发生，因此权利要求1、3、4、6和38具备创造性。SEQ ID NO：3与常规的人ALK1蛋白胞外结构域在C端第118位包含谷氨酰胺(Q118)不同，其向Q118之C端并入了两个残基（亮氨酸和丙氨酸），说明书中已证实避免以谷氨酰胺残基结尾的结构域是理想的。现有技术未教导或暗示使用Q118下游为2个氨基酸的ALK1衍生的序列。因此，权利要求3-4具备创造性。对比文件3描述的ALK1-Fc嵌合体蛋白不是作为药物组合物提供的，而是用于研究，本领域技术人员会认为对比文件3中的ALK1-Fc嵌合体不在药物制剂中使用，而权利要求38及其从属权利要求限定了一种药物制剂，因此具备创造性。
经形式审查合格，专利复审委员会于2018年05月29日依法受理了该复审请求，并将其转送至原审查部门进行前置审查。
原审查部门在前置审查意见书中坚持原驳回决定。
随后，专利复审委员会成立合议组对本案进行审理。
合议组于2019年03月11日向复审请求人发出复审通知书，指出：权利要求1涉及两组技术方案，“其包含了ALK1 ECD多肽，所述多肽的氨基酸序列由SEQ ID NO：1之22-118位氨基酸所示序列组成”的ALK1-Fc融合蛋白和“其包含ALK1 ECD多肽，所述多肽的氨基酸序列由SEQ ID NO：1之22-118位氨基酸所示序列的C端分别缺失或添加了SEQ ID NO：1的位于Q118上游或下游1～5个氨基酸的序列组成”的ALK1-Fc融合蛋白。当权利要求1要求保护第一组技术方案时，由于对比文件2及对比文件3公开了这样的AKL1-Fc融合蛋白，本领域技术人员很容易得到这样的多肽，而所述“以小于1×10-7M的KD结合选自以下的一种或多种配体：GDF5、GDF7和BMP9，以大于1×10-6M的KD结合TGFβ-1”则是融合蛋白固有的特性。因此，在对比文件2及对比文件3的基础上，本领域技术人员得到权利要求1要求保护的融合蛋白是显而易见的。当权利要求1要求保护第二组技术方案时，与对比文件2公开的内容相比，区别特征在于：对比文件2没有公开所述融合蛋白包含的ALK1胞外结构域的氨基酸序列和该融合蛋白对GDF5、GDF7、BMP9和TGFβ-1的结合常数，也未述及不使用中间接头。基于上述区别特征可以确定本发明实际解决的技术问题是提供可供选择的ALK1-Fc融合蛋白，而为了解决该技术问题，本领域技术人员有动机由对比文件2和3获得包含氨基酸序列由SEQ ID NO：1之22-118位氨基酸所示序列的ALK1-Fc融合蛋白，并且由于成熟多肽的序列有时受到细胞类型和培养条件等影响会产生C端分别缺失或添加了SEQ ID NO：1的位于Q118上游或下游1～5个氨基酸的序列的变化，且本申请也并未提供证据表明此类多肽的预料不到的技术效果。此外，制备融合蛋白时使用或不使用中间接头均是本领域的常规选择，基于公知的ALK1能够与GDF5、GDF7、BMP9和TGFβ-1结合，但TGFβ-1并不是ALK1的特异性受体，故可以预期ALK1-Fc融合蛋白对GDF5、GDF7、BMP9的亲和性高于对TGFβ-1的亲和性。因此，在对比文件2的基础上结合对比文件3以及本领域常用技术手段以获得权利要求1请求保护的第二组技术方案也是显而易见的，权利要求1不具备创造性。在此基础上，相对于对比文件1-2以及常规技术手段的结合，权利要求2-6、38-45也不具备创造性。
复审请求人于2019年06月26日提交了意见陈述书，并提交了权利要求全文替换页（共6页58项）。相对于驳回决定针对的文本，所做修改在于：权利要求1和38中增加了技术特征“并且其中所述ALK1 ECD多肽的C端氨基酸残基是SEQ ID NO：1的丙氨酸120(A120)、亮氨酸121(L121)、异亮氨酸122(I122)或亮氨酸123(L123)”。复审请求人认为：（1）根据说明书第2页第25行至第26行记载的：本公开证明了ALK1和上述配体介导的信号转导参与体内血管发生，以及抑制该调节系统具有有力的抗血管发生作用，确定本发明实际解决的技术问题至少在于如何抑制血管发生。根据对比文件2和3的记载可知，对比文件3并没有公开ALK1的C端部分在Q118之外存在任何另外的氨基酸残基，没有教导或暗示ALK1-ECD多肽的C端为丙氨酸120(A120)、亮氨酸121(L121)、异亮氨酸122(I122)或亮氨酸123(L123)，而本申请的实施例3-6证明了本发明这样的多肽具有有效的抗血管发生活性，实施例1也提到“避免以谷氨酰胺残基结尾的结构域是理想的”。（2）对比文件2中认为BMP9和BMP10是抗血管发生因子，活化ALK1具有抗血管发生的作用。而本申请则是通过抑制ALK1来达到抗血管发生的作用。因此，没有本发明的教导，本领域技术人员不会预期与BMP9和BMP10结合的本发明的ALK1-Fc融合蛋白会抑制血管发生。当面对本发明的技术问题时，现有技术中并不存在使用本发明技术方案的技术启示。
修改后的权利要求1和38如下：
“1. ALK1-Fc融合蛋白，其包含ALK1 ECD多肽，所述多肽的氨基酸序列由SEQ ID NO：1之22-118位氨基酸所示序列组成，或者由SEQ ID NO：1之22-118位氨基酸所示序列的C端分别缺失或添加了SEQ ID NO：1的位于Q118上游或下游1～5个氨基酸的序列组成，
该多肽使用或不使用中间接头与免疫球蛋白的Fc部分融合，其中所述ALK1-Fc融合蛋白以小于1×10-7M的KD结合选自以下的一种或多种配体：GDF5、GDF7和BMP9，以大于1×10-6M的KD结合TGFβ-1，
并且其中所述ALK1 ECD多肽的C端氨基酸残基是SEQ ID NO：1的丙氨酸120(A120)、亮氨酸121(L121)、异亮氨酸122(I122)或亮氨酸123(L123)。
38. 眼科药物制剂，其包含人ALK1 ECD多肽或小鼠ALK1 ECD多肽，
其中人ALK1 ECD多肽的氨基酸序列由SEQ ID NO：1之22-118位氨基酸所示序列组成，或者由SEQ ID NO：1之22-118位氨基酸所示序列的C端分别缺失或添加了SEQ ID NO：1的位于Q118上游或下游1～5个氨基酸的序列组成，其中所述ALK1 ECD多肽的C端氨基酸残基是SEQ ID NO：1的丙氨酸120(A120)、亮氨酸121(L121)、异亮氨酸122(1122)或亮氨酸123(L123)，
其中小鼠ALK1 ECD多肽的氨基酸序列由天然小鼠ALK1多肽的细胞外结构域的序列组成。”
在上述程序的基础上，合议组认为本案事实已经清楚，可以作出审查决定。
二、决定的理由
审查的文本
复审阶段，复审请求人于2019年06月26日提交了权利要求全文替换页（共6页58项）。经审查，所做修改符合专利法第33条和实施细则第61条第1款的规定，因此本复审请求审查决定针对的文本为：2009年06月02日本申请进入中国国家阶段时提交的按专利合作条约第28条或者第41条修改的说明书核苷酸和氨基酸序列表，原始国际申请中文译文的说明书第1-177和184-221段（即第1-38、40-44页）、说明书附图图1-图10、说明书摘要、摘要附图，2013年11月18日提交的说明书第178-183段（即第39页），2019年06月26日提交的权利要求第1-58项。
专利法第22条第3款
专利法第22条第3款规定，创造性，是指同申请日以前已有的技术相比，该发明有突出的实质性特点和显著的进步。
当要求保护的技术方案相对于最接近的现有技术存在区别特征时，如果现有技术给出了将上述区别特征应用到所述最接近的现有技术中以解决其技术问题的技术启示，则认为该技术方案是显而易见的，不具有突出的实质性特点，也就不具备创造性。
具体到本申请，权利要求1-6、38-49不具备专利法第22条第3款规定的创造性。
1、权利要求1请求保护“ALK1-Fc融合蛋白，其包含ALK1 ECD多肽，所述多肽的氨基酸序列由SEQ ID NO：1之22-118位氨基酸所示序列组成，或者由SEQ ID NO：1之22-118位氨基酸所示序列的C端分别缺失或添加了SEQ ID NO：1的位于Q118上游或下游1～5个氨基酸的序列组成，该多肽使用或不使用中间接头与免疫球蛋白的Fc部分融合，其中所述ALK1-Fc融合蛋白以小于1×10-7M的KD结合选自以下的一种或多种配体：GDF5、GDF7和BMP9，以大于1×10-6M的KD结合TGFβ-1，并且其中所述ALK1 ECD多肽的C端氨基酸残基是SEQ ID NO：1的丙氨酸120(A120)、亮氨酸121(L121)、异亮氨酸122(I122)或亮氨酸123(L123)。”对比文件2作为最接近的现有技术，公开了购自R&D公司（阿宾登，英国）的重组人ALK1胞外结构域/Fc（ALK1ecd）和人ALK3胞外结构域/Fc（ALK3ecd）（参见材料与方法部分）。根据R&D公司的产品手册（即对比文件3）信息页“Description”栏可知，所述融合蛋白是将人ALK-1的第22-118位氨基酸通过中间接头连接于人IgG1的Fc区制备而成，并通过小鼠骨髓瘤细胞系表达，其中的ALK-1的序列公开于Genbank Accession number P37023.2，记载了其序列第1-21位为信号肽区，第22-118位为胞外结构域。经序列比对可知，R&D公司的ALK1-Fc融合蛋白中ALK1多肽片段的序列与本申请SEQ ID NO：1之22-118位氨基酸所示序列完全相同。可见，对比文件2公开了一种ALK1-Fc融合蛋白，其包含由SEQ ID NO：1之22-118位所示氨基酸组成的ALK1 ECD多肽，与免疫球蛋白的Fc部分融合。此外，为了确定BMP9对ALK1的特异性，对比文件2还测试了ALK1胞外结构域与人IgG1的Fc区融合后获得重组蛋白ALK1ecd或ALK3ecd干扰BMP9和BMP2反应的能力。
修改后的权利要求1仍要求保护涉及“包含了ALK1 ECD多肽，所述多肽的氨基酸序列由SEQ ID NO：1之22-118位氨基酸所示序列组成”的ALK1-Fc融合蛋白的技术方案。那么，如上所述，对比文件2中的对比文件3公开了这样的AKL1-Fc融合蛋白，本领域技术人员很容易得到这样的多肽，而所述“以小于1×10-7M的KD结合选自以下的一种或多种配体：GDF5、GDF7和BMP9，以大于1×10-6M的KD结合TGFβ-1”则是融合蛋白固有的特性。因此，在对比文件2及对比文件3的基础上，本领域技术人员得到权利要求1要求保护的融合蛋白是显而易见的。
当权利要求1要求保护涉及“其包含ALK1 ECD多肽，所述多肽的氨基酸序列由SEQ ID NO：1之22-118位氨基酸所示序列的C端分别缺失或添加了SEQ ID NO：1的位于Q118上游或下游1～5个氨基酸的序列组成”的ALK1-Fc融合蛋白的技术方案时，权利要求1请求保护的技术方案与对比文件2公开的内容相比，区别特征在于：对比文件2没有公开所述融合蛋白包含的ALK1胞外结构域的氨基酸序列和该融合蛋白对GDF5、GDF7、BMP9和TGFβ-1的结合常数；未述及不使用中间接头；没有公开C端添加了A120，L121，I122或L123等残基。鉴于本申请没有证明相对于对比文件2权利要求要求保护的上述ALK1-Fc融合蛋白具有显著的进步，基于上述区别特征确定本发明要解决的技术问题是：提供可供选择的ALK1-Fc融合蛋白。
如上所述，本领域技术人员有动机由对比文件2和3获得包含氨基酸序列由SEQ ID NO：1之22-118位氨基酸所示序列的ALK1-Fc融合蛋白，并且由于成熟多肽的序列有时受到细胞类型和培养条件等影响会有所变化，例如在末端缺少或多出几个氨基酸，因而容易产生由SEQ ID NO：1之22-118位氨基酸所示序列的C端分别缺失或添加了SEQ ID NO：1的位于Q118上游或下游1～5个氨基酸的序列，本领域技术人员容易想到融合蛋白含有权利要求1限定的几个ALK1的C端氨基酸残基，而本申请也并未提供证据表明此类多肽较之由SEQ ID NO：1之22-118位氨基酸所示序列组成的多肽带来了预料不到的技术效果。此外，制备融合蛋白时使用或不使用中间接头均是本领域的常规选择。至于权利要求限定的结合常数，本领域公知ALK1是GDF5、GDF7和BMP9的受体和TGFβ信号通路中的受体，其能够与GDF5、GDF7、BMP9和TGFβ-1结合，对比文件2也公开了BMP9和BMP10是ALK1的特异性受体，尽管TGFβ-1能够激活ALK1，但并不是ALK1的特异性受体（参见对比文件2摘要，第1954页左栏第1段，第1958页讨论部分第1-2段），因此，ALK1-Fc融合蛋白对GDF5、GDF7、BMP9的亲和性高于对TGFβ-1的亲和性是本领域技术人员能够合理预期的，且在显而易见地能够获得融合蛋白的情况下也容易筛选获得以小于1×10-7M的KD结合GDF5、GDF7和BMP9、以大于1×10-6的KD结合TGFβ-1的ALK1-Fc融合蛋白。因此，在对比文件2的基础上结合对比文件3以及本领域常用技术手段以获得权利要求1请求保护的技术方案，对于本领域技术人员而言是显而易见的，权利要求1不具备突出的实质性特点和显著的进步，不具备专利法第22条第3款规定的创造性。
2、权利要求2为权利要求1的从属权利要求，附加技术特征进一步限定Fc部分是人IgG1的Fc部分。参见对权利要求1的评述可知，该附加技术特征已被对比文件2公开。因此，当其引用的权利要求1不具备创造性时，权利要求2也不具备创造性。
3、权利要求3和4分别请求保护ALK1-Fc融合蛋白。根据本申请说明书的记载可知，SEQ ID NO：3是本发明的ALK1-Fc融合蛋白的氨基酸序列、SEQ IDNO：4是编码ALK1-Fc表达构建体的核酸序列，结合上文的评述可知，在对比文件2的基础上结合对比文件3以及本领域常用技术手段获得SEQ ID NO：3的氨基酸序列所示的ALK1-Fc融合蛋白对于本领域技术人员而言是显而易见的，而将编码蛋白的核酸序列克隆到载体中以获得表达构建体属于本领域的常用技术手段，本领域技术人员容易想到将编码SEQ ID NO：3所示氨基酸序列的核酸序列克隆到载体中以获得SEQ ID NO：4的核酸，然后将其在哺乳动物细胞系中表达以产生该融合蛋白，因此在对比文件2的基础上结合对比文件3以及本领域常用技术手段以获得通过在哺乳动物细胞系中表达SEQ ID NO：4的核酸来产生的ALK1-Fc融合蛋白对于本领域技术人员而言也是显而易见的。因此，权利要求3和4均不具备突出的实质性特点和显著的进步，不具备专利法第22条第3款规定的创造性。
4、权利要求5为权利要求4的从属权利要求，附加技术特征进一步限定所述哺乳动物细胞系为中国仓鼠卵巢(CHO)细胞系，而CHO细胞系是本领域常用的哺乳动物细胞系。因此，当其引用的权利要求4不具备创造性时，权利要求5也不具备创造性。
5、权利要求6请求保护基本上不含热原的药物制备物，其包含权利要求5的ALK1-Fc融合蛋白。由于权利要求5所述的ALK1-Fc融合蛋白不具备创造性（参见上文的相关评述），而将具有特定活性或功能的蛋白制成药物制备物属于本领域的常用技术手段，且为了避免不良反应去除热原也是本领域技术人员容易想到的，因此，权利要求6不具备创造性。
6、权利要求38请求保护眼科药物制剂。参见权利要求1的评述可知，权利要求38所述药物制剂中的多肽不具备创造性，并且对比文件2和3均公开了ALK1在血管发生和/或修复方面的作用（参见对比文件2摘要；对比文件3“背景”部分），而将具有此类作用的多肽结合不同的辅料制备成药物制剂是本领域的常用技术手段，而具体的适用范围，如眼科并不构成对药物制剂的实质限定，因此，在对比文件2的基础上结合对比文件3以及本领域常用技术手段以获得权利要求38请求保护的涉及包含人ALK1 ECD多肽的眼科药物制剂，对于本领域技术人员而言是容易的。另外，小鼠是本领域常用的动物试验模型，其多肽常与人类多肽具有相同或相似的功能，并且小鼠ALK1及其序列也已是本领域技术人员熟知的，因而，容易想到将由天然小鼠ALK1多肽的细胞外结构域的序列组成的小鼠ALK1 ECD多肽用于制备眼科药物制剂。综上，权利要求38不具备突出的实质性特点和显著的进步，不具备专利法第22条第3款规定的创造性。
7、权利要求38的直接或间接从属权利要求39-42、46-49分别进一步限定了药剂中融合蛋白的结构和特性。参见对权利要求1-5的评述可知，权利要求39-42、46-49的附加技术特征或者已被对比文件2公开，或者进一步结合对比文件3和本领域常用技术手段容易获得。因此，当引用的权利要求不具备创造性时，权利要求39-42、46-49也不具备创造性。
8、权利要求43为权利要求38的从属权利要求，进一步限定了所述ALK1 ECD的序列，而所述SEQ ID NO：2之100-285位核苷酸编码的氨基酸序列或者SEQ ID NO：2之100-285位核苷酸的具有相同编码序列的变体所编码的氨基酸序列对应于SEQ ID NO：1之34-95位氨基酸，包含该段氨基酸序列的ALK1 ECD多肽属于权利要求38中所述的人ALK1 ECD多肽，参见上文对权利要求38的评述可知，本领域技术人员容易想到将所述人ALK1 ECD多肽制备成眼科药物制剂。因此，当其引用的权利要求不具备创造性时，权利要求43也不具备创造性。
9、权利要求44-45分别对权利要求38作了进一步限定，但附加技术特征“所述制剂经静脉内递送”以及“所述制剂与抑制血管发生的另一种药剂一起施用”属于所述制剂的给药途径或给药方式，均属于如何使用该药物的方法特征，对所述制剂的结构和组成不产生影响，不具备限定作用。因此，当引用的权利要求不具备创造性时，权利要求44-45也不具备创造性。
对复审请求人相关意见的评述
针对复审请求人的意见，合议组认为：（1）本申请说明书仅泛泛描述了技术效果，没有提供数据证明相对于现有技术本申请具有预料不到的技术效果，因此本申请实际解决的技术问题仅是提供可供选择的ALK1-Fc融合蛋白。如本通知书中对相关权利要求的评述可知，为了解决上述技术问题，在对比文件2及对比文件3已经披露了权利要求要求保护的ALK1-Fc融合蛋白的基础上，本领域技术人员有动机结合现有技术获得权利要求所述的融合蛋白。而在获得权利要求要求保护的融合蛋白显而易见的基础上，通过常规技术手段即可测定所述融合蛋白本身具有的与配体的亲和特性，亦即获得权利要求所述的结合数据也是显而易见的。从另一个方面说，对比文件2公开了BMP9和BMP10是ALK1的特异性受体，TGFβ-1不是ALK1的特异性受体，因此，ALK1-Fc融合蛋白对BMP9的亲和性高于对TGFβ-1的亲和性是本领域技术人员能够合理预期的，也容易筛选获得与BMP9具有高亲和力(小于1×10-7M的KD)，但是基本上与TGFβ-1不结合(大于1×10-6M的KD)的ALK1-Fc融合蛋白。也就是说，本申请的融合蛋白的结合特性是容易得到的、可以预期的，其在抑制血管发生方面的特性是固有的。（2）至于相对于对比文件3公开的ALK1-Fc融合蛋白C端的不同，由于成熟多肽的序列有时受到细胞类型和培养条件等影响会有所变化，例如在118位的C端缺少或多出几个氨基酸，因此获得权利要求所述由SEQ ID NO：1之22-118位氨基酸所示序列的C端分别缺失或添加了位于Q118上游或下游1~5个氨基酸的多肽也是容易的。虽然说明书0183段记载了“已证实避免以谷氨酰胺残基结尾的结构域是理想的。因此，源自人ALK1的SEQ ID NO：3的部分在Q118之C 端并入两个残基——亮氨酸和丙氨酸”，但是没有以实验数据说明所谓的“理想的”是何种结果，更不能用之说明较SEQ ID NO：1之22-118位氨基酸所示序列组成的多肽带来了预料不到的技术效果。何况，权利要求1和38中限定的所述C末端缺失或添加氨基酸的方案并不限于仅在Q118的C末端并入亮氨酸和丙氨酸。（3）对比文件2公开了BMP9是ALK1的配体，生理上触发ALK1的血管生成（参见摘要），而ALK1与人IgG1的Fc片段融合的蛋白（ALK1ecd）可完全抑制BMP9（参见图2C）。由此，本领域技术人员可以合理预期，被抑制的BMP9不能再作为ALK1的配体从而触发血管生成。同样地，本申请说明书第2页及实施例3所证明的本申请融合蛋白具有减少新生血管发生的作用也是可以合理预期的。复审请求人所述的本申请的融合多肽是通过抑制ALK1而产生的上述作用并不准确，基于对比文件2的研究，本领域技术人员可知晓的是，与Fc融合的ALK1是通过抑制BMP9使得AKL1不能得到活化，进而减少新生血管发生。综上所述，复审请求人的意见陈述不具备说服力。
在上述事实和理由的基础上，合议组做出如下决定。
三、决定
维持国家知识产权局于2018年02月02日对本申请作出的驳回决定。
如对本复审请求审查决定不服，根据专利法第41条第2款的规定，复审请求人可以自收到本决定之日起三个月内向北京知识产权法院起诉。
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