发明创造名称：核酸编码反应
外观设计名称：
决定号：195454
决定日：2019-11-13
委内编号：1F245725
优先权日：2011-05-20
申请（专利）号：201280033406.9
申请日：2012-05-21
复审请求人：富鲁达公司
无效请求人：
授权公告日：
审定公告日：
专利权人：
主审员：邹凯
合议组组长：吴文英
参审员：杨莹跃
国际分类号：C40B20/00,C40B50/06,C40B40/06,C40B30/04,C12P19/34,C12Q1/68
外观设计分类号：
法律依据：专利法第22条第3款
决定要点
：?权利要求保护范围的准确确定需要整体考虑权利要求全部文字记载的内容。如果确定后的权利要求请求保护的技术方案与最接近的现有技术相比，存在区别技术特征，而现有技术中并未给出将该区别技术特征引入所述最接近的现有技术中以解决其实际要解决的技术问题的技术启示，而且该区别技术特征的引入在使得该权利要求的技术方案产生有益技术效果的同时，还使整个技术方案体现了一种不同的技术构思，因此，该权利要求的技术方案具有突出的实质性特点和显著的进步，具备创造性。
全文：
本复审请求涉及申请号为201280033406.9，名称为“核酸编码反应”的发明专利申请。申请人为富鲁达公司。本申请的申请日为2012年05月21日，优先权日为2011年05月20日，公开日为 2014年06月25日。
经实质审查，国家知识产权局原审查部门于2017年11月15日发出驳回决定，以权利要求1-41不具备创造性为由驳回了本发明专利申请，其理由是：权利要求1请求保护一种扩增靶核酸的方法,对比文件1（US2010273219A，公开日为2010年10月28日）公开了一种使用具有引物结合位点和核苷酸标记的不同组合的多对引物扩增靶核酸的方法，其中，内侧引物对包含具有TS-F（即靶特异性部分）和Tag8（即第一引物结合位点）的正向引物以及具有TS-R（即靶特异性部分）和Tag5（即第二引物结合位点）的反向引物，4个外侧引物（即第一、第二外侧引物组）分别为包含454B、BC（条形码核苷酸序列）、Tag8（即第一引物结合位点）的正向引物、包含454A、BC、Tag5（即第二引物结合位点）的反向引物、包含454A、BC、Tag8的正向引物和包含454B、BC、Tag5的反向引物；使用上述引物进行PCR反应形成两个主要的PCR产物，分别为5'-454B-BC-Tag8-靶核苷酸序列-Tag5-BC-454A-3'和5'-454A-BC-Tag8-靶核苷酸序列-Tag5-BC-454B-3'（即第一、第二靶扩增子）；且实施例5的表12中所列引物具有不同的条形码序列。因此，权利要求1与对比文件1相比，区别技术特征在于：所述第一和第二引物结合位点是DNA测序引物的结合位点；基于该特征可以确定,本发明实际解决的技术问题是提供一种不同的对标记的靶核酸测序的方法。但是，将测序引物的位置设置在紧邻靶标分子的位置，还是设置在整个扩增分子的外侧是根据需要的常规选择，其目的也是实现对扩增分子的测序，技术效果也是可以预料的。因此，该权利要求请求保护的技术方案对于本领域技术人员而言是显而易见的，不具有突出的实质性特点和显著的进步，不具备创造性。权利要求32请求保护一种用于扩增靶核酸以产生权利要求1中定义的两种靶扩增子的试剂盒。基于与权利要求1的评述类似的理由，该权利要求也不具备创造性。权利要求1、32的从属权利要求的附加技术特征或者已经被对比文件1公开，或者是本领域技术人员根据实验需要容易确定的或者是本领域的常规技术手段，因此，在权利要求1、32不具备创造性的基础上，其他权利要求也不具备创造性。
驳回决定所依据的文本为2014年01月06日本申请进入中国国家阶段时提交的说明书附图、说明书摘要、摘要附图、2014年10月17日提交的说明书第1-145页，以及2016年08月08日提交的权利要求第1-41项。驳回决定所针对的独立权利要求1、32如下：
“1. 一种扩增靶核酸的方法，所述方法包括：
利用以下扩增靶核酸：
内侧引物组，其中该组包含：
内侧、正向引物，包含靶特异性部分和第一引物结合位点；
内侧、反向引物，包含靶特异性部分和第二引物结合位点，其中所述第一和第二引物结合位点是不同的并且是DNA测序引物的结合位点；
第一外侧引物组，其中该组包含：
第一外侧、正向引物，包含对所述第一引物结合位点特异性的部分；和
第一外侧、反向引物，包含条形码核苷酸序列和对所述第二引物结合位点特异性的部分；
第二外侧引物组，其中该组包含：
第二外侧、正向引物，包含条形码核苷酸序列和对所述第一引物结合位点特异性的部分；和
第二外侧、反向引物，包含对所述第二引物结合位点特异性的部分；
以产生两种靶扩增子，其中：
第一靶扩增子包含5'-第一引物结合位点-靶核苷酸序列-第二引物结合位点-条形码核苷酸序列-3'；和
第二靶扩增子包含5'-条形码核苷酸序列-第一引物结合位点-靶核苷酸序列-第二引物结合位点-3'；
其中所述方法包括扩增多个核酸靶并产生具有共同的第一引物结合位点和共同的第二引物结合位点的靶扩增子，其中至少一些靶扩增子具有不同的条形码核苷酸序列。”
“32. 一种用于扩增靶核酸以产生权利要求1中定义的所述两种靶扩增子的试剂盒，所述试剂盒包含：
第一外侧引物组，其中该组包含：
第一外侧、正向引物，包含对第一引物结合位点特异性的部分；和
第一外侧、反向引物，包含条形码核苷酸序列和对第二引物结合位点特异性的部分，其中所述第一和第二引物结合位点是不同的并且是DNA测序引物的结合位点；
第二外侧引物组，其中该组包含：
第二外侧、正向引物，包含条形码核苷酸序列和对所述第一引物结合位点特异性的部分；和
第二外侧、反向引物，包含对所述第二引物结合位点特异性的部分。”
申请人（下称复审请求人）对上述驳回决定不服,于2018年02月28日向国家知识产权局提出了复审请求。复审请求人认为：1）本申请权利要求1请求保护的方法产生两种结构彼此不同的扩增子类型，该方法不产生在两端都具有可变序列的扩增子，而对比文件1产生的扩增子具有相同的整体结构，两端均具有可变序列，权利要求1的方法不可能解读为对比文件1的图15A-B所示的方法。即使将对比文件1的方法进行修饰，修饰后得到的扩增子的结构也不同于本申请权利要求1的方法所得到的扩增子；2）通过本申请的扩增方法得到的核苷酸序列在DNA测序过程中，具有在一个读取步骤中同时确定靶序列的两端序列，以及读取更长靶序列段的优点，因为这种测序阅读不需要将DNA测序引物延伸到条形码序列。
经形式审查合格，国家知识产权局于2018年04月04日依法受理了该复审请求，并将其转送至原审查部门进行前置审查。
原审查部门在前置审查意见书中坚持原驳回决定。
随后，国家知识产权局成立合议组对本案进行审理。
在上述程序的基础上，合议组认为本案事实已经清楚，可以作出审查决定。
二、决定的理由
审查文本的认定
复审请求人在提出复审请求时，未对申请文件进行修改，因此，本复审决定所针对的文本与驳回决定所针对的文本相同，即2014年01月06日本申请进入中国国家阶段时提交的说明书附图1A-图33、说明书摘要、摘要附图、2014年10月17日提交的说明书第1-145页，以及2016年08月08日提交的权利要求第1-41项。
关于专利法第22条第3款
专利法第22条第3款规定，创造性，是指与现有技术相比，该发明有突出的实质性特点和显著进步。
权利要求保护范围的准确确定需要整体考虑权利要求全部文字记载的内容。如果确定后的权利要求请求保护的技术方案与最接近的现有技术相比，存在区别技术特征，而现有技术中并未给出将该区别技术特征引入所述最接近的现有技术中以解决其实际要解决的技术问题的技术启示，而且该区别技术特征的引入在使得该权利要求的技术方案产生有益技术效果的同时，还使整个技术方案体现了一种不同的技术构思，因此，该权利要求的技术方案具有突出的实质性特点和显著的进步，具备创造性。
本案中，权利要求1要求保护一种扩增靶核酸的方法，所述方法包括：利用以下扩增靶核酸：内侧引物组，其中该组包含：内侧、正向引物，包含靶特异性部分和第一引物结合位点；内侧、反向引物，包含靶特异性部分和第二引物结合位点，其中所述第一和第二引物结合位点是不同的并且是DNA测序引物的结合位点；第一外侧引物组，其中该组包含：第一外侧、正向引物，包含对所述第一引物结合位点特异性的部分；和第一外侧、反向引物，包含条形码核苷酸序列和对所述第二引物结合位点特异性的部分；第二外侧引物组，其中该组包含：第二外侧、正向引物，包含条形码核苷酸序列和对所述第一引物结合位点特异性的部分；和第二外侧、反向引物，包含对所述第二引物结合位点特异性的部分；以产生两种靶扩增子，其中：第一靶扩增子包含5'-第一引物结合位点-靶核苷酸序列-第二引物结合位点-条形码核苷酸序列-3'；和第二靶扩增子包含5'-条形码核苷酸序列-第一引物结合位点-靶核苷酸序列-第二引物结合位点-3'；其中所述方法包括扩增多个核酸靶并产生具有共同的第一引物结合位点和共同的第二引物结合位点的靶扩增子，其中至少一些靶扩增子具有不同的条形码核苷酸序列。从权利要求1的上述限定整体来看，其通过扩增最终得到了两种靶扩增子，两种靶扩增子的结构组成并不相同，分别在其5’端或3’端包括条形码核苷酸序列。
对比文件1公开了一种使用具有引物结合位点和核苷酸标记的不同组合的多对引物扩增靶核酸的方法，其中，内侧引物对包含具有TS-F（即靶特异性部分）和Tag8（即第一引物结合位点）的正向引物以及具有TS-R（即靶特异性部分）和Tag5（即第二引物结合位点）的反向引物，4个外侧引物（即第一、第二外侧引物组）分别为包含454B、BC（条形码核苷酸序列）、Tag8（即第一引物结合位点）的正向引物、包含454A、BC、Tag5（即第二引物结合位点）的反向引物、包含454A、BC、Tag8的正向引物和包含454B、BC、Tag5的反向引物；使用上述引物进行PCR反应形成两个主要的PCR产物，分别为5'-454B-BC-Tag8-靶核苷酸序列-Tag5-BC-454A-3'和5'-454A-BC-Tag8-靶核苷酸序列-Tag5-BC-454B-3'（即第一、第二靶扩增子）；且实施例5的表12中所列引物具有不同的条形码序列(参见对比文件1的说明书第56段、图15A、图15B、图16A、图16B,实施例5)。
驳回决定认为，权利要求1中对引物以及扩增子的限定均采用了“包含”这种开放式限定，也就是说所述引物和扩增子在5’或3’端还可以包含所限定的序列之外的部分，因此，对于该权利要求的理解和评述自然是基于该采用开放式限定的权利要求的保护范围进行的。在对比文件1公开了可以获得5'-454B-BC-Tag8-靶核苷酸序列-Tag5-BC-454A-3'和5'-454A-BC-Tag8-靶核苷酸序列-Tag5-BC-454B-3'（即第一、第二靶扩增子）的内容的基础上，权利要求1与对比文件1的区别技术特征仅在于：所述第一和第二引物结合位点是DNA测序引物的结合位点，但将测序引物的位置设置在紧邻靶标分子的位置，还是设置在整个扩增分子的外侧是根据需要的常规选择，其目的也是实现对扩增分子的测序，而且可以读取更长靶核苷酸序列的技术效果是可以预料的。
对此，合议组认为，虽然权利要求1采用了“包含”这种开放式的表述形式，但对这种表述的理解、其实质所涵盖的范围不能仅根据其字面含义来进行理解，认为开放是无限的、可以包含任意其他序列形式，而应该在整体考虑权利要求全部文字记载内容的基础上进行综合分析和判断。本案中，权利要求1明确记载最终通过扩增得到了第一和第二两种靶扩增子，并列出了结构有所区分的两种靶扩增子的具体组成部分，上述文字记载的整体信息明确表明两种靶扩增子的主要结构组成部分存在差异，不属于组成部分相同的靶扩增子。而若将第一、第二扩增子均理解为开放式的可以两端均包含条形码核苷酸序列的形式，即与对比文件1的实施例5相同的两端都存在条形码可变序列的形式，则意味着第一靶扩增子和第二靶扩增子的结构组成部分将完全相同，两者将均为5'-条形码核苷酸序列-第一引物结合位点-靶核苷酸序列-第二引物结合位点-条形码核苷酸序列-3'的形式，可见，这种解释与权利要求对这两种扩增子进行上述有所区分的单独描述和结构组成限定明显矛盾。因此，基于权利要求的整体文字记载，本领域技术人员不会将权利要求1的保护范围理解为涵盖第一和第二扩增子两端均包含条形码序列的形式，而应当将其理解为只在其中一端（5’或3’端）包含条形码序列。
因此，权利要求1与对比文件1相比，区别技术特征在于：权利要求1中所述第一和第二引物结合位点是DNA测序引物的结合位点，而对比文件1中454A 和454B代表测序引物结合位点，Tag5和Tag8并非测序引物结合位点；权利要求1中第一扩增子和第二扩增子均为一端包含条形码序列，另外一端不包含条形码序列的形式，两种扩增子的差异体现在第一、第二引物结合位点与条形码序列的交叉组合上，而对比文件1中得到的扩增子的两端均包含条形码序列，两个扩增子的区别在于末端测序引物454A、454B与Tag5、Tag8组合形式存在交叉。根据本申请的记载可以确定，采用上述方法扩增靶序列后，在具体的靶序列测序过程中，因为序列一端缺少barcode（即条形码）序列，采用与第一、第二引物结合位点结合的测序引物进行测序时，在靶序列被读取之前不需要从DNA测序引物延伸到条形码序列以读取条形码序列，因此测序过程中能够读取相对较长的靶序列，而且，因为针对同一靶序列存在两个不同的靶扩增子，可以对该两个扩增子同时进行读取，即在一次读取中同时确定靶序列两端的序列，而无需对同一个靶序列进行二次读取（参见本申请图25-27）。因此，权利要求1实际解决的技术问题是提供一种可用于高效测序的核酸扩增方法。
对比文件1涉及将靶序列进行标记的多引物扩增方法，其目的是为了在靶序列的两端引入tag序列和条形码序列，具体引入的方式可以采用数量不等的引物组合形式，例如4引物、6引物等（参见对比文件1的0107、0109、0124、0125、0128段）。对比文件1中并未公开将Tag序列设置成具有共同序列的测序引物结合位点的内容，而本领域技术人员公知，通常情况下，测序引物和Tag序列在测序中的作用是不同的，一般基于成本和通量测序的考虑，不同样品和靶核酸的测序引物一般会设置成相同序列的形式，其位置也通常位于最终扩增序列的序列末端，而Tag序列的作用通常在于区分序列，而且，对比文件1的实施例5明确记载了测序引物结合位点是454A和454B所在的位置。基于此，本领域技术人员在对比文件1记载的整体内容的基础上，不会想到将对比文件1中的Tag序列设置成具有共同序列的测序引物结合位点形式，对比文件1并没有给出用Tag序列来代替454A 和454B发挥作用的启示和动机。此外，对比文件1并未明确公开条形码序列可以仅存在于一条引物中的技术方案。而且，即使本领域技术人员在对比文件1实施例5的基础上想到在引物中只采用一个条形码序列使得最后得到的扩增子是与本申请相同的一端有条形码序列的形式，但其在省略一端条形码序列的时候，只会重点关注测序引物结合位点454A、454B与Tag5、Tag8进行交叉组合以得到不同扩增子，而不会也无需选择性地关注条形码序列与Tag5、Tag8的交叉组合，从而有目的地去掉某一端的条形码序列。而随意选择去掉任意一端的条形码序列可能出现条形码序列与Tag序列的组合在两个扩增子中完全一样，根本不存在交叉的情形，因此，不可能得到本申请权利要求所述的第一、第二引物结合位点与条形码序列交叉组合的两种扩增子。此外，本申请通过将测序引物结合位点的设置和扩增同一靶序列得到两个结构不同的靶扩增子进行组合，取得了上述积极效果。因此，本申请权利要求1相对于对比文件1具备突出的实质性特点和显著的进步，具备创造性。基于与权利要求1相似的理由，权利要求32要求保护的试剂盒也具备创造性。在权利要求1、32具备创造性的基础上，其他从属权利要求也具备创造性。
基于以上事实和理由，本案合议组作出如下审查决定。
三、决定
撤销国家知识产权局于2017年11 月15 日对本申请作出的驳回决定。由国家知识产权局原审查部门在本决定所针对文本的基础上对本发明专利申请继续进行审查。
如对本复审请求审查决定不服，根据专利法第41条第2款的规定，复审请求人可以自收到本决定之日起三个月内向北京知识产权法院起诉。
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