发明创造名称：用于生产β-檀香萜的方法
外观设计名称：
决定号：192128
决定日：2019-10-10
委内编号：1F251034
优先权日：
申请（专利）号：201410177104.X
申请日：2009-12-09
复审请求人：弗门尼舍有限公司
无效请求人：
授权公告日：
审定公告日：
专利权人：
主审员：张弛
合议组组长：马岚
参审员：马振莲
国际分类号：C12P5/00，C12N9/88，C12N15/60，C12N15/70，C12N15/81，C12N1/21，C12N1/19，C12R1/19，C12R1/865
外观设计分类号：
法律依据：专利法第26条第4款
决定要点：如果权利要求请求保护的技术方案是所属技术领域的技术人员能够从说明书充分公开的内容中得到或概括得出的技术方案，且没有超出说明书公开的范围，则该权利要求能够得到说明书的支持。
全文：
本复审请求涉及申请号为201410177104.X，名称为“用于生产β-檀香萜的方法”的发明专利申请。申请人为弗门尼舍有限公司。本申请的申请日为2009年12月09日，最早优先权日为2008年12月11日，公开日为2014年08月27日。
经实质审查，国家知识产权局原审查部门于2018年02月07日以权利要求1-21得不到说明书的支持，不符合专利法第26条第4款的规定为由，驳回了本发明专利申请。驳回决定所依据的文本为：2014年04月29日分案申请递交日提交的说明书第1-31页（即第1-163段）、说明书附图第1-5页（即图1-图2B）、说明书摘要、摘要附图、说明书核苷酸和氨基酸序列表第1-33页，以及2017年08月10日提交的权利要求第1-21项。驳回决定所针对的权利要求书如下：
“1. 一种生产β-檀香萜的方法，包含：
a)使法呢基焦磷酸酯与至少一种具有β-檀香萜合酶活性的多肽接触，该多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:3有至少98％的同一性，并且该多肽是从白檀分离出来的；
b)非强制选择地，分离在步骤a)中产生的β-檀香萜。
2. 权利要求1所述的方法，其中步骤a)包含在有利于生产β-檀香萜的条件下培养能够生产法呢基焦磷酸酯并且经转化以表达至少一种多肽的非人宿主生物体或细胞，其中该多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:3有至少98％的同一性并且具有β-檀香萜合酶活性。
3. 权利要求2所述的方法，其中该方法还包含在步骤a)之前用至少一种编码多肽的核酸将能够生产法呢基焦磷酸酯的非人生物体或细胞转化以使所述生物体表达所述多肽，该多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:3有至少98％的同一性并且具有β-檀香萜合酶活性。
4. 权利要求3所述的方法，其中所述至少一种编码β-檀香萜合酶的核酸的核苷酸序列与SEQ ID NO:2或SEQ ID NO:4有至少98％的同一性。
5. 权利要求2～4中任一项所述的方法，其中非人宿主生物体为植物、原核生物或真菌。
6. 权利要求5所述的方法，其中非人宿主生物体为微生物。
7. 权利要求6所述的方法，其中所述微生物为细菌或酵母。
8. 权利要求7所述的方法，其中所述细菌为大肠杆菌。
9. 权利要求7所述的方法，其中所述酵母为酿酒酵母。
10. 一种多肽，其具有β-檀香萜合酶活性并且其氨基酸序列与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:3有至少98％的同一性，并且该多肽是从白檀分离出来的。
11. 编码权利要求10所述多肽的核酸，该核酸是从白檀分离出来的。
12. 权利要求10所述的核酸，其核苷酸序列与SEQ ID NO:2或SEQ ID NO:4有至少98％的同一性。
13. 表达载体，其包含权利要求11或12所述的核酸。
14. 经转化以包含至少一种权利要求11或12所述核酸的非人宿主生物体或细胞，从而其异源表达或过表达至少一种权利要求10所述的多肽，其中所述非人宿主生物体为原核生物或真菌。
15. 权利要求14所述的非人宿主生物体，其中所述非人宿主生物体为微生物。
16. 权利要求15所述的非人宿主生物体，其中所述微生物为细菌或酵母。
17. 权利要求16所述的非人宿主生物体，其中所述细菌为大肠杆菌。
18. 权利要求16所述的非人宿主生物体，其中所述酵母为酿酒酵母。
19. 一种生产至少一种权利要求10所述多肽的方法，包含：
a)培养用权利要求13所述的表达载体转化的非人宿主生物体或细胞，以便使其包含权利要求11或12所述的核酸并且表达或过表达权利要求10所述的多肽；
b)从在步骤a)中培养的非人宿主生物体或细胞中分离该多肽。
20. 权利要求19所述的方法，其进一步包含在步骤a)之前，用 权利要求13所述的表达载体转化非人宿主生物体或细胞，以便使其包含权利要求11或12所述的核酸并且表达或过表达权利要求10所述的多肽。
21. 一种制备具有β-檀香萜合酶活性的变体多肽的方法，该方法包含步骤：
(a)选择权利要求11或12所述的核酸；
(b)修饰所选择的核酸以获得至少一种突变核酸；
(c)用突变核酸序列转化宿主细胞或单细胞生物体以表达用该突变核酸序列编码的多肽；
(d)按照至少一种修饰的性质筛选该多肽；和，
(e)非强制选择地，如果该多肽不具有期望的变体β-檀香萜合酶活性，则重复步骤(a)至(d)直到获得具有所期望的变体β-檀香萜合酶活性的多肽；
(f)非强制选择地，如果在步骤(d)中鉴别出具有所期望的变体β-檀香萜合酶活性的多肽，则分离在步骤(c)中获得的相应突变核酸。”
驳回决定认为：（1）权利要求1中所述的“该多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:3有至少98%的同一性”，而SEQ ID NO:1由548个氨基酸组成，SEQ ID NO:3由551个氨基酸组成，与之具有98%以上同一性意味着存在10-11个氨基酸的差异，这些差异可以体现在不同氨基酸位点、不同氨基酸类型、不同替换的排列组合方式上。因此，上述方式限定的氨基酸分子的数量巨大。氨基酸序列的微小变化可能会导致空间结构的巨变，从而导致功能变化或丧失，即使是在蛋白的关键区域进行相近氨基酸的保守取代也可能破坏其生物活性。说明书没有公开符合上述限定的所有蛋白质都可以用于生产β-檀香萜，也没有公开其保守序列或功能域以及哪些位置的氨基酸突变后会影响该蛋白的功能。尽管限定了“该核酸是从白檀分离出来的”，在没有对蛋白功能域和结构域进行解析和确定的前提下，本领域技术人员无法知晓哪些区域对于活性是必须的，也无法预期所有序列均具有活性，无法知晓符合结构限定的数量众多的多肽序列中哪些是具有活性的。因而，本领域技术人员不能依据说明书充分公开的内容和现有技术概括得出所有使用上述方式限定的蛋白质分子均具有相同的功能，权利要求1得不到说明书的支持。同理，权利要求2-21也得不到说明书的支持。（2）权利要求21要求保护一种制备具有β-檀香萜合酶活性的变体多肽的方法。其中引用的权利要求11或12包括“核苷酸序列与SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:4的互补序列有至少98%的同一性”的技术方案，说明书没有实施例证明互补序列也可以实现同样的生产β-檀香萜的功能，因此，权利要求21得不到说明书的支持。（3）由于背景技术和公开内容不同，其他案例对本案无参考意义。
申请人弗门尼舍有限公司（下称复审请求人）对上述驳回决定不服，于2018年05月04日向国家知识产权局提出了复审请求，并提交了附件1-2，但未提交修改的申请文件。附件1-2如下：
附件1：CN100447251 C，授权公告扉页及权利要求书，中文复印件，共4页；
附件2：CN104364387 B，授权公告扉页及权利要求书，中文复印件，共2页；
结合附件1-2，复审请求人认为：（1）对于方法权利要求而言，本领域技术人员只需要知道使法呢基焦磷酸酯与至少一种具有β-檀香萜合酶活性的多肽接触即可实施发明，而不需知晓多肽中哪些区域对于活性是必须的，也不需合理预期所有的序列都具有活性，其被说明书支持的程度理应略低，以本领域技术人员能够根据说明书的记载实现为准。（2）来源相同、序列同一性至少达到98%的变体序列之间理应具有相同功能，保守氨基酸改变和沉默突变不会影响活性，且功能限定意味着权利要求的保护范围中排除了不具有功能的技术方案，因而，将权利要求1限定为使用特定的序列是不公平的。（3）附件1和附件2所授权权利要求中的序列同一性低于本申请，且没有公开关于保守结构域的特定序列的系统分析；本复审请求人同一系列的另外两件分案申请201410171781.0和201410063345.1已被授权；98813338.5诺维信案确立了同一性 功能 来源限定，可以获得授权。这些案件的授权有参考意义。（4）本申请提供了2种不同的合酶可适用于所要求保护的方法，2种合酶彼此之间仅有91.7%的同一性，但对活性没有明显不利影响；还有证据表明，各自的截短形式也适用，表明可以进行N端或C端修饰而不负面影响酶功能；说明书中还提供了保守氨基酸改变和沉默突变的适用性的公开内容，以及常规的含有标签或信号肽的多肽融合变体，因而本申请提供了更详细的技术信息以支持权利要求的概括程度。综上，权利要求1-21能够得到说明书的支持。
经形式审查合格，国家知识产权局于2018年05月17日依法受理了该复审请求，并将其转送至原审查部门进行前置审查。
原审查部门在前置审查意见书中认为，同一性限定的氨基酸分子数量是庞大的，涉及11个不同位点采用20种不同氨基酸进行取代或缺失后得到的氨基酸分子，仅考虑取代变体就高达11的20次方个技术方案，即使采用功能限定，在不知晓其功能结构域的情况下，从中筛选确定符合活性要求的氨基酸分子仍需付出过度劳动。且基因工程造成的个别氨基酸变化除非能够确定所述变化带来了预料不到的技术效果，否则被视为自然突变，而不必然在侵权判定中排除在保护范围之外，因而坚持原驳回决定。
在上述程序的基础上，合议组认为本案事实已经清楚，可以作出审查决定。
二、决定的理由
（一）审查文本的认定
复审请求人在提出复审请求时未提交修改的申请文件，因此，本复审请求审查决定所针对的文本同驳回决定所依据的文本，即：2014年04月29日分案申请递交日提交的说明书第1-31页（即第1-163段）、说明书附图第1-5页（即图1-图2B）、说明书摘要、摘要附图、说明书核苷酸和氨基酸序列表第1-33页，以及2017年08月10日提交的权利要求第1-21项。
（二）关于专利法第26条第4款
专利法第26条第4款，权利要求书应当以说明书为依据，说明要求专利保护的范围。
根据该款规定，如果权利要求请求保护的技术方案是所属技术领域的技术人员能够从说明书充分公开的内容中得到或概括得出的技术方案，且没有超出说明书公开的范围，则该权利要求能够得到说明书的支持。
1、权利要求1请求保护一种生产β-檀香萜的方法。其中使用“与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:3有至少98%的同一性”、“具有β-檀香萜合酶活性”和“从白檀分离出来”对所述多肽进行了限定。
驳回和前置审查意见认为：（1）98%的同一性限定使得权利要求的保护范围中包括了具有不同位点和/或不同氨基酸种类差异的数量巨大的氨基酸分子，尽管限定了“该核酸是从白檀分离出来的”和功能，但在蛋白关键区域的取代，即使是保守取代，也仍然可能破坏其生物活性。说明书中没有验证所有蛋白质的功能，也没有对蛋白功能域、结构域、关键位点等进行解析和确定，本领域技术人员无法预期符合结构和来源限定的序列均具有所限定的功能活性，也无法知晓具体何种结构的序列能够具有所限定的功能活性，因此，权利要求1得不到说明书的支持，不符合专利法第26条第4款的规定。（2）同理，权利要求2-21也得不到说明书的支持，不符合专利法第26条第4款的规定。
对此，合议组认为：（1）本领域通常认为，同一种个体中，某种具体功能的活性基因在基因组层次上一般仅具有一种序列，或者其所具有的同源性极高的变体序列也会具有所述功能。本申请说明书实施例已经证实了分别来源于白檀种子幼下胚轴或根的SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:3所示的多肽具有β-檀香萜合酶活性，能够用于生产β-檀香萜，且SEQ ID NO:1与SEQ ID NO:3所示序列同一性为91.7%，在此基础上，本领域技术人员可以合理预期分离自白檀，且与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:3有至少98%的同一性的多肽也具有β-檀香萜合酶活性，能够用于生产β-檀香萜。因此，权利要求1能够得到说明书的支持，符合专利法第26条第4款的规定。同理，权利要求10以及权利要求1或10的从属权利要求2-9、11-12也能够得到说明书的支持，符合专利法第26条第4款的规定。（2）权利要求13请求保护包含权利要求11或12的核酸的表达载体，权利要求14请求保护保护权利要求11或12的核酸的非人宿主生物体或细胞，权利要求19请求保护用权利要求13的表达载体生产权利要求10的多肽的方法，权利要求21请求保护使用权利要求11或12的核酸制备具有β-檀香萜合酶活性的变体多肽的方法。在其引用的权利要求能够得到说明书支持的基础上，权利要求13-14、19和21也能够得到说明书的支持，符合专利法第26条第4款的规定。同理，权利要求14或权利要求19的从属权利要求15-18和20也能够得到说明书的支持，符合专利法第26条第4款的规定。
2、权利要求21请求保护一种制备具有β-檀香萜合酶活性的变体多肽的方法。
驳回决定认为：权利要求21所引用的权利要求11或12所述的核酸包括“核苷酸序列与SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:4的互补序列有至少98%的同一性”，说明书中没有证明互补序列也可以实现同样功能，本领域技术人员不能依据说明书充分公开的内容以及现有技术，概括得出所有用上述方式限定的蛋白质分子都具有与序列表中SEQ ID NO:1或3所示的氨基酸序列构成的蛋白相同的功能，因此，权利要求21得不到说明书的支持，不符合专利法第26条第4款。
前置审查意见中未针对涉及“互补序列”的技术方案进行评述。
对此，合议组认为：2017年08月10日提交的修改的权利要求书全文替换页中，已经将权利要求4和12中所述“或它们的互补序列”的并列技术方案删除，驳回决定所指因包括涉及互补序列的核酸而导致得不到说明书支持的缺陷已不再存在。
基于上述事实和理由，本案合议组作出如下审查决定。
三、决定
撤销国家知识产权局于2018年02月07日对本申请作出的驳回决定。由国家知识产权局原审查部门在本复审请求审查决定所针对文本的基础上对本发明专利申请继续进行审查。
如对本复审请求审查决定不服，根据专利法第41条第2款的规定，复审请求人可以自收到本决定之日起三个月内向北京知识产权法院起诉。
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