发明创造名称：用于确定抵抗雄激素受体疗法的方法和组合物
外观设计名称：
决定号：188043
决定日：2019-08-26
委内编号：1F241156
优先权日：
申请（专利）号：201380050780.4
申请日：2013-07-26
复审请求人：阿拉贡药品公司
无效请求人：
授权公告日：
审定公告日：
专利权人：
主审员：邢维玲
合议组组长：彭郁葱
参审员：王慧
国际分类号：C12Q1/68,A61K31/00,C07K14/72,C07K16/28
外观设计分类号：
法律依据：专利法第22条第3款
决定要点
：在创造性的判断中，判断发明是否具有突出的实质性特点，就是要判断对于本领域的技术人员来说，要求保护的发明相对于现有技术是否显而易见。如果要求保护的发明相对于现有技术是显而易见的，则其不具有突出的实质性特点。
全文：
本复审请求涉及申请号为201380050780.4，名称为“用于确定抵抗雄激素受体疗法的方法和组合物”的发明专利申请（下称本申请）。申请人为阿拉贡药品公司。本申请的申请日为2013年07月26日，最早优先权日为2012年07月27日，公开日为2015年06月03日。
经实质审查，国家知识产权局原审查部门于2017年09月08日以权利要求1-111不具备专利法第22条第3款规定的创造性为由驳回了本申请。驳回决定所依据的文本为2015年07月24日提交的权利要求第1-111项，2015年03月27日本申请进入中国国家阶段时提交的国际申请文件中文译文的说明书第1-100页（第1-415段）、说明书附图第1-18页、说明书摘要以及摘要附图。驳回决定所针对的权利要求书如下：
“1. 用于检测编码修饰的AR多肽的核酸的一种或多种试剂在制备用于确定受检者是否对或将变得对用第一代或第二代雄激素受体（AR）拮抗剂的疗法具有较差响应性的试剂盒中的用途，其中：
所述一种或多种试剂是用于测试来自所述受检者的含有编码AR多肽的核酸分子的样本以确定所编码的AR多肽是否在对应于SEQ ID NO: 1中所示的氨基酸序列的氨基酸位置876的氨基酸位置处被修饰的那些试剂；以及
如果所述受检者具有所述修饰，则所述受检者被表征为对用第一代或第二代AR拮抗剂的疗法具有抵抗性或将变得对用第一代或第二代AR拮抗剂的疗法具有抵抗性。
2. 根据权利要求1所述的用途，其中所述受检者已被施用第一代或第二代AR拮抗剂来治疗癌症。
3. 根据权利要求2所述的用途，其中所述癌症为前列腺癌。
4. 用于检测编码修饰的AR多肽的核酸的一种或多种试剂在制备用于优化正接受第一代或第二代AR拮抗剂来治疗癌症的受检者的疗法的试剂盒中的用途，其中：
所述一种或多种试剂是用于测试来自所述受检者的含有编码AR多肽的核酸分子的样本以确定所编码的AR多肽是否在对应于SEQ ID NO: 1中所示的氨基酸序列的氨基酸位置876的氨基酸位置处被修饰的那些试剂。
5. 用于检测编码修饰的AR多肽的核酸的一种或多种试剂在制备用于选择用第三代AR拮抗剂的疗法的受检者的试剂盒中的用途，其中：
所述一种或多种试剂是用于测试来自所述受检者的含有编码AR多肽的核酸分子的样本以确定所编码的AR多肽是否在对应于SEQ ID NO: 1中所示的氨基酸序列的氨基酸位置876的氨基酸位置处被修饰的那些试剂；以及
如果所述受检者具有所述修饰，则所述受检者被表征为用第三代AR拮抗剂的疗法的候选者。
6. 根据权利要求1-5中任一项所述的用途，其中所述修饰包括在所述AR多肽的氨基酸位置876处的氨基酸的替换或缺失。
7. 根据权利要求6所述的用途，其中所述修饰为在所述AR多肽的氨基酸位置876处的苯丙氨酸至选自下列的氨基酸的替换：亮氨酸、异亮氨酸、缬氨酸、丙氨酸、甘氨酸、甲硫氨酸、丝氨酸、苏氨酸、半胱氨酸、色氨酸、赖氨酸、精氨酸、组氨酸、脯氨酸、酪氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺、天冬氨酸和谷氨酸。
8. 根据权利要求6所述的用途，其中所述修饰为在所述AR多肽的氨基酸位置876处的苯丙氨酸至选自下列的氨基酸的替换：甘氨酸、丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸。
9. 根据权利要求7所述的用途，其中所述修饰为在所述AR多肽的氨基酸位置876处的苯丙氨酸至亮氨酸的替换。
10. 根据权利要求1-6中任一项所述的用途，其中所述修饰包括编码所述AR多肽的氨基酸位置876的核酸的缺失。
11. 根据权利要求1-10中任一项所述的用途，其中编码所述经修饰的AR多肽的核酸具有（i）在对应于SEQ ID NO: 18中所示的核苷酸序列中的核酸位置2626的核酸位置处的胸腺嘧啶（t）至胞嘧啶（c）的突变；（ii）在对应于SEQ ID NO: 18中所示的核苷酸序列中的核酸位置2628的核酸位置处的胞嘧啶（c）至腺嘌呤（a）的突变；或（ii）在对应于SEQ ID NO: 18中所示的核苷酸序列中的核酸位置2628的核酸位置处的胞嘧啶（c）至鸟嘌呤（g）的突变。
12. 根据权利要求11所述的用途，其中所述核酸编码在所述AR多肽的氨基酸位置876处的亮氨酸。
13. 根据权利要求1-12中任一项所述的用途，其中所述核酸分子为RNA或DNA。
14. 根据权利要求12所述的用途，其中所述DNA为基因组DNA。
15. 根据权利要求1-12中任一项所述的用途，其中所述方法还包括从所述RNA样本中分离mRNA。
16. 根据权利要求1-15中任一项所述的用途，其中测试包括使编码所述AR多肽的氨基酸位置876的核酸扩增。
17. 根据权利要求16所述的用途，其中扩增是通过聚合酶链反应（PCR）进行的。
18. 根据权利要求17所述的用途，其中PCR扩增包括使用一对寡核苷酸引物，所述一对寡核苷酸引物位于编码所述AR多肽的氨基酸位置876的区域两侧。
19. 根据权利要求1-18中任一项所述的用途，其中所述方法包括对所扩增的核酸进行测序。
20. 根据权利要求1-19中任一项所述的用途，其中测试包括使所述核酸与序列特异性核酸探针接触，其中所述序列特异性核酸探针：
(a) 结合至编码经修饰的受体的核酸，所述经修饰的受体在氨基酸位置876处被修饰；并且
(b) 不结合至编码野生型受体的核酸，所述野生型受体在氨基酸位置876处具有苯丙氨酸。
21. 根据权利要求1-20中任一项所述的用途，其中所述样本来自所述受检者的肿瘤细胞样本。
22. 根据权利要求1-20中任一项所述的用途，其中样本来自肿瘤活检样本、血液样本、血清样本、淋巴液样本、或骨髓穿刺液。
23. 根据权利要求21或22所述的用途，其中所述样本含有循环肿瘤细胞（CTC）或播散肿瘤细胞（DTC）。
24. 根据权利要求1-23中任一项所述的用途，其中所述第一代或第二代AR拮抗剂通过竞争性拮抗作用来抑制野生型AR多肽。
25. 根据权利要求1-24中任一项所述的用途，其中所述第二代AR拮抗剂选自ARN-509、恩杂鲁胺（MDV3100）和RD162。
26. 根据权利要求1-25中任一项所述的用途，其中所述受检者患有选自下列的疾病或病症：癌症、炎性病症或增殖性病症。
27. 根据权利要求26所述的用途，其中所述受检者患有癌症。
28. 根据权利要求27所述的用途，其中所述癌症为前列腺癌、乳腺癌、膀胱癌、或肝细胞癌。
29. 根据权利要求28所述的用途，其中所述癌症为前列腺癌。
30. 根据权利要求29所述的用途，其中所述受检者患有去势抵抗性前列腺癌。
31. 根据权利要求1-30中任一项所述的用途，其中所述受检者患有实体瘤。
32. 根据权利要求1-31中任一项所述的用途，其中在获取所述样本之前用所述第一代或第二代AR拮抗剂来治疗所述受检者。
33. 根据权利要求32所述的用途，其中所述样本为在第一次施用所述第一代或第二代AR拮抗剂之后1周、2周、3周、1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月、12个月、14个月、16个月、18个月、20个月、22个月或24个月时获取的样本。
34. 根据权利要求32或33所述的用途，其中在用所述第一代或第二代AR拮抗剂的治疗的过程中获取1次、2次、3次、4次、5次、6次、7次、8次、9次、10次所述样本。
35. 根据权利要求1-34中任一项所述的用途，其中当第一次施用所述第一代或第二代AR拮抗剂时，所述受检者对用所述第一代或第二代AR拮抗剂的治疗具有响应性。
36. 一种用于筛选拮抗经修饰的AR的化合物的方法，所述方法包括：
(a) 在细胞中表达经修饰的AR，其中所述经修饰的AR在对应于SEQ ID NO: 1中所示的氨基酸序列的氨基酸位置876的氨基酸位置处被修饰；
(b) 使所述细胞与待筛选的测试化合物接触；以及
(c) 检测所述细胞中的AR活性水平，其中相对于SEQ ID NO: 1的活性的活性降低指示所述化合物拮抗所述经修饰的AR受体。
37. 根据权利要求36所述的方法，其中所述测试化合物表现出对所述经修饰的AR受体的完全拮抗剂活性。
38. 根据权利要求36或37所述的方法，其中所述测试化合物未表现出对所述经修饰的AR受体的激动剂活性。
39. 根据权利要求36-38中任一项所述的方法，其中所述修饰为在所述AR多肽的位置876处的氨基酸的替换或缺失。
40. 根据权利要求37所述的方法，其中所述修饰为在所述AR多肽的氨基酸位置876处的苯丙氨酸至选自下列的氨基酸的替换：亮氨酸、异亮氨酸、缬氨酸、丙氨酸、甘氨酸、甲硫氨酸、丝氨酸、苏氨酸、半胱氨酸、色氨酸、赖氨酸、精氨酸、组氨酸、脯氨酸、酪氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺、天冬氨酸和谷氨酸。
41. 根据权利要求40所述的方法，其中所述修饰为在所述AR多肽的氨基酸位置876处的苯丙氨酸至选自下列的氨基酸的替换：甘氨酸、丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸。
42. 根据权利要求41所述的方法，其中所述修饰为在所述AR多肽的氨基酸位置876处的苯丙氨酸至亮氨酸的替换。
43. 根据权利要求36-42中任一项所述的方法，其中所述细胞缺乏野生型AR的表达、表达低水平的野生型AR、或表达经修饰的AR受体。
44. 根据权利要求36-43中任一项所述的方法，其中所述细胞选自HeLa、CV1、COS7、HepG2、HEK-293、DU145、PC3、TSY-PR1、LNCaP、CWR、VCaP和LAPC4。
45. 根据权利要求36-43中任一项的方法，其中所述细胞选自CWR、LNCaP、VCaP和LAPC4。
46. 根据权利要求36-45中任一项所述的方法，其中所述细胞包含可操作地连接至雄激素响应性启动子的报告基因。
47. 根据权利要求46所述的方法，其中活性是通过分析所述报告基因的表达来确定的。
48. 根据权利要求46或权利要求47所述的方法，其中所述启动子包含雄激素响应元件。
49. 根据权利要求48所述的方法，其中所述雄激素响应元件为4xARE或腺血管舒缓素元件。
50. 根据权利要求36-49中任一项所述的方法，其中所述启动子为腺血管舒缓素、前列腺特异性抗原、MMTV LTR、FASN、STEAP4、TMPRSS2、ORM1、或NKX3.1启动子。
51. 根据权利要求36-50中任一项所述的方法，其中所述报告基因编码选自下列的蛋白：荧光素酶、荧光蛋白、生物发光蛋白、或酶。
52. 一种具有AR活性的分离的AR多肽或其变体，所述分离的AR多肽或其变体在对应于SEQ ID NO: 1中所示的氨基酸序列的氨基酸位置876的氨基酸位置处包含修饰，其中所述修饰赋予所述经修饰的AR多肽或变体对AR拮抗剂的抵抗。
53. 根据权利要求52所述的分离的AR多肽，其中所述修饰包括与SEQ ID NO: 1中所示的野生型AR相比在位置876处的氨基酸的替换。
54. 根据权利要求52或权利要求53所述的分离的AR多肽，其中所述替换为F876L。
55. 根据权利要求54所述的分离的AR多肽，所述分离的AR多肽具有SEQ ID NO: 5中所示的氨基酸序列。
56. 根据权利要求52所述的分离的AR多肽，其中所述修饰包括氨基酸位置876的缺失。
57. 根据权利要求52-56中任一项所述的分离的AR多肽，其中所述多肽包含与SEQ ID NO: 1中所示的野生型AR相比在位置876处的氨基酸的替换以及一个或多个另外的氨基酸替换。
58. 根据权利要求57所述的分离的AR多肽，其中在位置876处的氨基酸的替换为F876L。
59. 根据权利要求57-58中任一项所述的分离的AR多肽，其中所述一个或多个另外的氨基酸替换选自与去势抵抗性前列腺癌相关联的一个或多个氨基酸替换。
60. 根据权利要求57-59中任一项所述的分离的AR多肽，其中所述一个或多个另外的氨基酸替换选自T877A、W741C、W741L、W741R、L701H和H874Y。
61. 根据权利要求52-60中任一项所述的分离的AR多肽，其中所述多肽包含SEQ ID NO: 5中所示的氨基酸序列或变体，所述变体与所述具有SEQ ID NO: 5中所示的序列的多肽具有至少或至少约60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或更大的序列同一性，其中在位置876处的氨基酸不是苯丙氨酸。
62. 根据权利要求52-61中任一项所述的分离的AR多肽，所述分离的AR多肽为重组蛋白。
63. 根据权利要求52-59中任一项所述的经分离的AR多肽，其中所述多肽包含SEQ ID NO: 1的氨基酸位置876的修饰和/或以下的至少一个：
(a)氨基酸位置877处的苏氨酸被丙氨酸替换；
(b)氨基酸位置741处的色氨酸被亮氨酸、半胱氨酸或精氨酸替换；
(c)氨基酸位置701处的亮氨酸被组氨酸替换；和
(d)氨基酸位置874处的组氨酸被酪氨酸替换。
64. 根据权利要求52或53的经分离的多肽，其中所述修饰是在AR多肽的氨基酸位置876处苯丙氨酸被替换为选自以下的氨基酸：甘氨酸、丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸。
65. 根据权利要求52的经分离的AR多肽，其中所述氨基酸的修饰包括在AR多肽的位置876处的氨基酸缺失或在AR多肽的氨基酸位置876处苯丙氨酸被替换为选自以下的氨基酸：亮氨酸、异亮氨酸、缬氨酸、丙氨酸、甘氨酸、甲硫氨酸、丝氨酸、苏氨酸、半胱氨酸、色氨酸、赖氨酸、精氨酸、组氨酸、脯氨酸、酪氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺、天冬氨酸和谷氨酸。
66. 根据权利要求52-59中任一项的经分离的AR多肽，其中所述多肽包含SEQ ID NO: 1的氨基酸位置876的修饰和以下至少一个：
(a)在氨基酸位置877处的苏氨酸被替换为亮氨酸、异亮氨酸、缬氨酸、丙氨酸、苯丙氨酸、甘氨酸、甲硫氨酸、丝氨酸、半胱氨酸、色氨酸、赖氨酸、精氨酸、组氨酸、脯氨酸、酪氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺、天冬氨酸或谷氨酸；
(b)在氨基酸位置741处的色氨酸被替换为亮氨酸、异亮氨酸、缬氨酸、丙氨酸、苯丙氨酸、甘氨酸、甲硫氨酸、丝氨酸、苏氨酸、半胱氨酸、赖氨酸、精氨酸、组氨酸、脯氨酸、酪氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺、天冬氨酸或谷氨酸；
(c)在氨基酸位置701处的亮氨酸被替换为异亮氨酸、缬氨酸、丙氨酸、苯丙氨酸、甘氨酸、甲硫氨酸、组氨酸、丝氨酸、苏氨酸、半胱氨酸、赖氨酸、精氨酸、色氨酸、脯氨酸、酪氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺、天冬氨酸或谷氨酸；和
(d)在氨基酸位置874处的组氨酸被替换为亮氨酸、异亮氨酸、缬氨酸、丙氨酸、苯丙氨酸、甘氨酸、甲硫氨酸、丝氨酸、苏氨酸、半胱氨酸、赖氨酸、精氨酸、色氨酸、脯氨酸、酪氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺、天冬氨酸或谷氨酸。
67. 一种分离的核酸，所述分离的核酸编码权利要求52-66中任一项所述的经分离的AR多肽。
68. 根据权利要求67所述的分离的核酸，其中所述核酸为DNA或RNA分子。
69. 根据权利要求67所述的分离的核酸，其中所述核酸为cDNA分子。
70. 根据权利要求67或权利要求68所述的分离的核酸，其中所述核酸包含SEQ ID NO: 19中所示的核酸序列或变体，所述变体与所述具有SEQ ID NO: 19中所示的序列的多肽具有至少或至少约60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或更大的序列同一性，其中编码在位置876处的氨基酸的核酸密码子不编码苯丙氨酸。
71. 根据权利要求70所述的分离的核酸，其中所述核酸分子编码在所述AR多肽的位置876处的亮氨酸。
72. 根据权利要求67的经分离的核酸，其中所述核酸是脱氧核糖核苷酸、脱氧核糖核苷、核糖核苷或核糖核苷酸，或其单链或双链形式的聚合物，具有(i)在对应于SEQ ID NO: 18所述的核苷酸序列的核酸位置2626的核酸位置处胸腺嘧啶(T)突变为胞嘧啶(C)；(ii)在对应于SEQ ID NO: 18所述的核苷酸序列的核酸位置2628的核酸位置处胞嘧啶(C)突变为腺嘌呤(A)；或(iii)在对应于SEQ ID NO: 18所述的核苷酸序列的核酸位置2628的核酸位置处胞嘧啶(C)突变为鸟嘌呤(G)。
73. 一种载体，所述载体包含权利要求67-72中任一项所述的核酸。
74. 根据权利要求73所述的载体，其中所述载体为病毒或质粒载体。
75. 根据权利要求73或权利要求74所述的载体，其中所述核酸可操作地连接至启动子。
76. 根据权利要求75所述的载体，其中所述启动子为组成型启动子或诱导型启动子。
77. 一种宿主细胞，所述宿主细胞包含权利要求73-76中任一项所述的载体。
78. 根据权利要求77所述的宿主细胞，其中所述细胞为原核细胞或真核细胞。
79. 根据权利要求78所述的宿主细胞，其中所述细胞为哺乳动物细胞、细菌细胞、酵母细胞、昆虫细胞、植物细胞、或两栖动物细胞。
80. 一种由权利要求77-79中任一项所述的宿主细胞表达的突变体AR多肽。
81. 一种由权利要求36-51中任一项所述的方法鉴定的选择的经修饰的AR拮抗剂。
82. 一种药物组合物，所述药物组合物包含由权利要求36-51中任一项所述的方法鉴定的选择的经修饰的AR拮抗剂以及药学上可接受的赋形剂。
83. 根据权利要求82的药物组合物，所述选择的经修饰的AR拮抗剂以用于施用给对其有需要的受检者的治疗有效量存在。
84. 根据权利要求81的化合物在制备用于治疗癌症的药物中的用途。
85. 根据权利要求84所述的用途，其中所述癌症为前列腺癌、乳腺癌、膀胱癌、或肝细胞癌。
86. 根据权利要求85所述的用途，其中所述癌症为去势抵抗性前列腺癌。
87. 根据权利要求84-86中任一项所述的用途，其中所述受检者表达突变体AR。
88. 根据权利要求87所述的用途，其中所述突变体AR包含在所述AR多肽的氨基酸位置876处的氨基酸的替换或缺失。
89. 根据权利要求88所述的用途，其中所述替换为F876L。
90. 根据权利要求84-89中任一项所述的用途，其中所述第三代AR拮抗剂与另外的治疗剂一起施用。
91. 根据权利要求90所述的用途，其中所述第三代AR拮抗剂和所述另外的治疗剂顺序地、同时地或间歇地施用。
92. 根据权利要求90或权利要求91所述的用途，其中所述另外的治疗剂选自激素、激素受体激动剂或拮抗剂、皮质类固醇、止吐剂、止痛药、抗癌剂、抗炎剂、激酶抑制剂、HSP90抑制剂、组蛋白去乙酰化酶（HDAC）抑制剂。
93. 根据权利要求90或权利要求91所述的用途，其中所述另外的治疗剂为促性腺激素释放激素（GnRH）激动剂或拮抗剂。
94. 根据权利要求93所述的用途，其中所述GnRH激动剂为亮丙瑞林、布舍瑞林或戈舍瑞林。
95. 一种微芯片，所述微芯片包含权利要求52-61中任一项所述的经分离的AR多肽或权利要求67-72中任一项所述的核酸。
96. 根据权利要求95所述的微芯片，其中所述经分离的AR多肽包含为F876L的氨基酸替换，或所述核酸编码具有为F876L的氨基酸替换的经修饰的AR多肽。
97. 根据权利要求95的微芯片，其中所述经分离的AR多肽包含在对应于SEQ ID NO: 1所述的氨基酸序列的氨基酸位置876的氨基酸位置处的修饰，所述修饰包括AR多肽的位置876处的氨基酸缺失或在AR多肽的氨基酸位置876处的苯丙氨酸被替换为选自以下的氨基酸：亮氨酸、异亮氨酸、缬氨酸、丙氨酸、甘氨酸、甲硫氨酸、丝氨酸、苏氨酸、半胱氨酸、色氨酸、赖氨酸、精氨酸、组氨酸、脯氨酸、酪氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺、天冬氨酸和谷氨酸；和其中：
所述核酸是是脱氧核糖核苷酸、脱氧核糖核苷、核糖核苷或核糖核苷酸，或其单链或双链形式的聚合物，具有(i)在对应于SEQ ID NO: 18所述的核苷酸序列的核酸位置2626的核酸位置处胸腺嘧啶(T)突变为胞嘧啶(C)；(ii)在对应于SEQ ID NO: 18所述的核苷酸序列的核酸位置2628的核酸位置处胞嘧啶(C)突变为腺嘌呤(A)；或(iii)在对应于SEQ ID NO: 18所述的核苷酸序列的核酸位置2628的核酸位置处胞嘧啶(C)突变为鸟嘌呤(G)。
98. 一种试剂盒，所述试剂盒包含经区室化以容纳一个或多个容器的载体或包装，每个容器包含(a)一种或多种用于检测核酸或在氨基酸位置876处包含修饰的经修饰的AR多肽的试剂，所述核酸编码在氨基酸位置876处包含修饰的经修饰的AR多肽；(b)任选一种或多种缓冲剂、PCR试剂、抗体、用于酶染色的底物、发色团或蛋白对照样品；和(c)任选用内容物清单和/或使用说明进行标示，和/或含有具有使用说明的包装说明书。
99. 根据权利要求98所述的试剂盒，其中所述经修饰的AR多肽包含为F876L的氨基酸替换。
100. 根据权利要求98或99所述的试剂盒，所述试剂盒包含一对寡核苷酸引物，所述一对寡核苷酸引物位于编码AR多肽的氨基酸876的核酸区域两侧。
101. 根据权利要求98或99所述的试剂盒，所述试剂盒包含寡核苷酸引物，所述寡核苷酸引物：
(a) 结合至编码经修饰的AR的核酸，所述经修饰的AR在氨基酸位置876处被修饰；并且
(b) 不结合至编码野生型AR的核酸，所述野生型AR在氨基酸位置876处具有苯丙氨酸。
102. 根据权利要求98或99所述的试剂盒，所述试剂盒包含微芯片，所述微芯片包含：
(a) 具有为F876S的修饰的经修饰的AR多肽，或包含为F876S的修饰的经修饰的AR多肽的一部分；或
(b) 核酸分子，所述核酸分子编码具有为F876S的修饰的突变体AR多肽或包含为F876S的修饰的突变体AR多肽的一部分。
103. 根据权利要求98的试剂盒，其中所述核酸是是脱氧核糖核苷酸、脱氧核糖核苷、核糖核苷或核糖核苷酸，或其单链或双链形式的聚合物，具有(i)在对应于SEQ ID NO: 18所述的核苷酸序列的核酸位置2626的核酸位置处胸腺嘧啶(T)突变为胞嘧啶(C)；(ii)在对应于SEQ ID NO: 18所述的核苷酸序列的核酸位置2628的核酸位置处胞嘧啶(C)突变为腺嘌呤(A)；或(iii)在对应于SEQ ID NO: 18所述的核苷酸序列的核酸位置2628的核酸位置处胞嘧啶(C)突变为鸟嘌呤(G)；和其中：
所述AR多肽包含在对应于SEQ ID NO: 1所述的氨基酸序列的氨基酸位置876的氨基酸位置处的修饰，所述修饰包括AR多肽的位置876处的氨基酸缺失或在AR多肽的氨基酸位置876处的苯丙氨酸被替换为选自以下的氨基酸：亮氨酸、异亮氨酸、缬氨酸、丙氨酸、甘氨酸、甲硫氨酸、丝氨酸、苏氨酸、半胱氨酸、色氨酸、赖氨酸、精氨酸、组氨酸、脯氨酸、酪氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺、天冬氨酸和谷氨酸。
104. 一种用于检测经修饰的AR的体系，所述经修饰的AR对在受检者中用第一代或第二代AR拮抗剂的抑制作用具有抵抗性，所述体系包括：
(a) 来自所述受检者的含有编码AR多肽的核酸分子的样本；以及
(b) 微阵列，所述微阵列包含编码突变体AR多肽或所述突变体AR多肽的一部分的核酸，所述突变体AR多肽或所述突变体AR多肽的一部分在对应于SEQ ID NO: 1中所示的氨基酸序列的氨基酸位置876的氨基酸位置处被修饰。
105. 根据权利要求104所述的体系，其中所述微阵列包含于微芯片上。
106. 一种用于检测经修饰的AR的体系，所述经修饰的AR对在受检者中用第一代或第二代AR拮抗剂的抑制作用具有抵抗性，所述体系包括：
(a) 来自所述受检者的含有编码AR多肽的核酸分子的样本；以及
(b) 序列特异性核酸探针，其中所述序列特异性核酸探针：
(i) 结合至编码经修饰的AR的核酸，所述经修饰的AR在氨基酸位置876处被修饰；并且
(ii) 不结合至编码野生型AR的核酸，所述野生型AR在氨基酸位置876处具有苯丙氨酸。
107. 根据权利要求104或106的体系，其中所述核酸是脱氧核糖核苷酸、脱氧核糖核苷、核糖核苷或核糖核苷酸，或其单链或双链形式的聚合物，具有(i)在对应于SEQ ID NO: 18所述的核苷酸序列的核酸位置2626的核酸位置处胸腺嘧啶(T)突变为胞嘧啶(C)；(ii)在对应于SEQ ID NO: 18所述的核苷酸序列的核酸位置2628的核酸位置处胞嘧啶(C)突变为腺嘌呤(A)；或(iii)在对应于SEQ ID NO: 18所述的核苷酸序列的核酸位置2628的核酸位置处胞嘧啶(C)突变为鸟嘌呤(G)。
108. 一种用于检测经修饰的AR的体系，所述经修饰的AR对在受检者中用第一代或第二代AR拮抗剂的抑制作用具有抵抗性，所述体系包括：
(a) 来自所述受检者的含有编码AR多肽的核酸分子的样本；以及
(b) 一对寡核苷酸引物，所述一对寡核苷酸引物位于编码AR多肽的氨基酸876的核酸区域两侧。
109. 一种分离的抗体，所述分离的抗体结合至权利要求52-61中任一项所述的经分离的AR多肽，其中所述抗体不结合至或以较低亲和力结合至具有SEQ ID NO: 1中所示的氨基酸序列的野生型AR多肽。
110. 根据权利要求109所述的抗体，其中所述经分离的AR多肽包含为F876L的氨基酸替换。
111. 根据权利要求109的经分离的抗体，其中所述经分离的AR多肽包含在对应于SEQ ID NO: 1所述的氨基酸序列的氨基酸位置876的氨基酸位置处的修饰，所述修饰包括AR多肽的位置876处的氨基酸缺失或在AR多肽的氨基酸位置876处的苯丙氨酸被替换为选自以下的氨基酸：亮氨酸、异亮氨酸、缬氨酸、丙氨酸、甘氨酸、甲硫氨酸、丝氨酸、苏氨酸、半胱氨酸、色氨酸、赖氨酸、精氨酸、组氨酸、脯氨酸、酪氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺、天冬氨酸和谷氨酸。”
驳回决定认为：权利要求1与对比文件1（“Crystal Structure of the T877A Human Androgen Receptor Ligandbinding Domain Complexed to Cyproterone Acetate Provides Insight for Ligand-induced Conformational Changes and Structure-based Drug”，Casey E. Bohl 等，The Journal of Biological Chemistry，第282卷，第18期，第13648-13655页，2007年02月20日）相比的区别特征在于：AR突变是相对于SEQ ID NO：1中所示氨基酸序列的氨基酸位置876的氨基酸位置处被修饰，并将检测上述修饰的试剂制备成试剂盒。对比文件2（WO0166599A1，2001年09月13日）公开了AR-LBD的晶体结构，其显示了定义AR配体结合口袋的氨基酸位置包括Phe876，并且具体公开了影响R1881与AR-LBD结合的氨基酸残基为Leu880和Thr877，而影响其他配体（R1881之外）与AR-LBD结合的三个重要氨基酸位置则包括Phe876。由此可见，对比文件2给出了Phe876突变会影响配体与AR-LBD结合的技术启示，在此启示下，本领域技术人员容易想到通过检测受试者的Phe876突变，能够预测受试者对抗雄激素配体药物的治疗反应性，如果受试者存在Phe876突变，则意味着受试者对相应抗雄激素配体药物的治疗响应性差、具有抵抗性。此外，把检测Phe876突变的试剂制备成试剂盒的形式是本领域技术人员的常规技术选择。因此，在对比文件1的基础上结合对比文件2以及本领域常规技术进而获得权利要求1的技术方案对于本领域技术人员而言是显而易见的。权利要求1不具备专利法第22条第3款规定的创造性。基于相同或类似的理由或者结合本领域的常规技术手段，独立权利要求4、5、36、52、67、73、77、80-82、84、95、98、104、106、108、109也不具备专利法第22条第3款规定的创造性。从属权利要求2、3、6-35、37-51、53-66、68-72、74-76、78、79、83、85-94、96、97、99-103、105、107、110-111已经被对比文件1或2公开，或结合本领域的常规技术手段能获得的，因此也不具备创造性。
申请人阿拉贡药品公司（下称复审请求人）对上述驳回决定不服,于2017年12月22日向国家知识产权局提出了复审请求，同时提交了权利要求书的全文修改替换页（共8页87项）。相对于驳回决定的权利要求，所作修改主要在于：（1）在原权利要求1、4、5、20、36、52、63、66、87、98、101、104、106中进一步限定“其中所述修饰包含F876L氨基酸取代”；（2）在原权利要求11、72、97、103、107中限定“所述核酸以TTA、TTG、CTT或CTC密码子编码AR多肽的氨基酸位置876的亮氨酸”；（3）删除了原权利要求6-10、12、39-42、53、54、56、58、64-65、71、88、89、96、99、102、110、111，同时调整了剩余权利要求的编号和引用关系。复审请求人认为：对比文件1没有教导AR的所有突变“通常”会产生对AR抑制性配体型药物的抗性。即使突变引起一种拮抗剂变成一种激动剂，但是并非所有拮抗剂都具有类似的表现。对比文件1和2没有教导18个LBD残基中任一个的突变可能导致对AR配体的抗性；没有明确鉴定出哪些特定的关键残基涉及对AR拮抗剂的抗性，没有教导使用Phe876突变来筛选第二代AR拮抗剂。本领域技术人员会认识到，从18个残基中选出Phe876作为用于药物筛选的主要首选残基需要付出创造性劳动。复审请求时新修改的权利要求书如下：
“1. 用于检测编码修饰的AR多肽的核酸的一种或多种试剂在制备用于确定受检者是否对或将变得对用第一代或第二代雄激素受体(AR)拮抗剂的疗法具有较差响应性的试剂盒中的用途，其中：
所述一种或多种试剂是用于测试来自所述受检者的含有编码AR多肽的核酸分子的样本以确定所编码的AR多肽是否在对应于SEQ ID NO:1中所示的氨基酸序列的氨基酸位置876的氨基酸位置处被修饰的那些试剂，其中所述修饰包含F876L氨基酸取代；以及
如果所述受检者具有所述修饰，则所述受检者被表征为对用第一代或第二代AR拮抗剂的疗法具有抵抗性或将变得对用第一代或第二代AR拮抗剂的疗法具有抵抗性。
2. 根据权利要求1所述的用途，其中所述受检者已被施用第一代或第二代AR拮抗剂来治疗癌症。
3. 根据权利要求2所述的用途，其中所述癌症为前列腺癌。
4. 用于检测编码修饰的AR多肽的核酸的一种或多种试剂在制备用于优化正接受第一代或第二代AR拮抗剂来治疗癌症的受检者的疗法的试剂盒中的用途，其中：
所述一种或多种试剂是用于测试来自所述受检者的含有编码AR多肽的核酸分子的样本以确定所编码的AR多肽是否在对应于SEQ ID NO:1中所示的氨基酸序列的氨基酸位置876的氨基酸位置处被修饰的那些试剂，其中所述修饰包含F876L氨基酸取代。
5. 用于检测编码修饰的AR多肽的核酸的一种或多种试剂在制备用于选择用第三代AR拮抗剂的疗法的受检者的试剂盒中的用途，其中：
所述一种或多种试剂是用于测试来自所述受检者的含有编码AR多肽的核酸分子的样本以确定所编码的AR多肽是否在对应于SEQ ID NO:1中所示的氨基酸序列的氨基酸位置876的氨基酸位置处被修饰的那些试剂，其中所述修饰包含F876L氨基酸取代；以及
如果所述受检者具有所述修饰，则所述受检者被表征为用第三代AR拮抗剂的疗法的候选者。
6. 根据权利要求1-5中任一项所述的用途，其中所述核酸以TTA、TTG、CTT或CTC密码子编码AR多肽的氨基酸位置876的亮氨酸。
7. 根据权利要求1-6中任一项所述的用途，其中所述核酸分子为RNA或DNA。
8. 根据权利要求7所述的用途，其中所述DNA为基因组DNA。
9. 根据权利要求1-6中任一项所述的用途，其中所述方法还包括从所述RNA样本中分离mRNA。
10. 根据权利要求1-9中任一项所述的用途，其中测试包括使编码所述AR多肽的氨基酸位 置876的核酸扩增。
11. 根据权利要求10所述的用途，其中扩增是通过聚合酶链反应(PCR)进行的。
12. 根据权利要求11所述的用途，其中PCR扩增包括使用一对寡核苷酸引物，所述一对寡核苷酸引物位于编码所述AR多肽的氨基酸位置876的区域两侧。
13. 根据权利要求1-12中任一项所述的用途，其中所述方法包括对所扩增的核酸进行测序。
14. 根据权利要求1-13中任一项所述的用途，其中测试包括使所述核酸与序列特异性核酸探针接触，其中所述序列特异性核酸探针：
(a)结合至编码经修饰的受体的核酸，所述经修饰的受体在氨基酸位置876处被修饰，其中所述修饰包含F876L氨基酸取代；并且
(b)不结合至编码野生型受体的核酸，所述野生型受体在氨基酸位置876处具有苯丙氨酸。
15. 根据权利要求1-14中任一项所述的用途，其中所述样本来自所述受检者的肿瘤细胞样本。
16. 根据权利要求1-15中任一项所述的用途，其中所述样本来自肿瘤活检样本、血液样本、血清样本、淋巴液样本、或骨髓穿刺液。
17. 根据权利要求15或16所述的用途，其中所述样本含有循环肿瘤细胞(CTC)或播散肿瘤细胞(DTC)。
18. 根据权利要求1-17中任一项所述的用途，其中所述第一代或第二代AR拮抗剂通过竞争性拮抗作用来抑制野生型AR多肽。
19. 根据权利要求1-18中任一项所述的用途，其中所述第二代AR拮抗剂选自ARN-509、恩杂鲁胺(MDV3100)和RD162。
20. 根据权利要求1-19中任一项所述的用途，其中所述受检者患有选自下列的疾病或病症：癌症、炎性病症或增殖性病症。
21. 根据权利要求20所述的用途，其中所述受检者患有癌症。
22. 根据权利要求21所述的用途，其中所述癌症为前列腺癌、乳腺癌、膀胱癌、或肝细胞癌。
23. 根据权利要求22所述的用途，其中所述癌症为前列腺癌。
24. 根据权利要求23所述的用途，其中所述受检者患有去势抵抗性前列腺癌。
25. 根据权利要求1-24中任一项所述的用途，其中所述受检者患有实体瘤。
26. 根据权利要求1-25中任一项所述的用途，其中在获取所述样本之前用所述第一代或第二代AR拮抗剂来治疗所述受检者。
27. 根据权利要求26所述的用途，其中所述样本为在第一次施用所述第一代或第二代AR拮抗剂之后1周、2周、3周、1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月、12个月、14个月、16个月、18个月、20个月、22个月或24个月时获取的样本。
28. 根据权利要求26或27所述的用途，其中在用所述第一代或第二代AR拮抗剂的治疗的过程中获取1次、2次、3次、4次、5次、6次、7次、8次、9次或10次所述样本。
29. 根据权利要求1-28中任一项所述的用途，其中当第一次施用所述第一代或第二代AR拮抗剂时，所述受检者对用所述第一代或第二代AR拮抗剂的治疗具有响应性。
30. 一种用于筛选拮抗经修饰的AR的化合物的方法，所述方法包括：
(a)在细胞中表达经修饰的AR，其中所述经修饰的AR在对应于SEQ ID NO:1中所示的氨基酸序列的氨基酸位置876的氨基酸位置处被修饰，其中所述修饰包含F876L氨基酸取代；
(b)使所述细胞与待筛选的测试化合物接触；以及
(c)检测所述细胞中的AR活性水平，其中相对于SEQ ID NO:1的活性的活性降低指示所述化合物拮抗所述经修饰的AR受体。
31. 根据权利要求30所述的方法，其中所述测试化合物表现出对所述经修饰的AR受体的完全拮抗剂活性。
32. 根据权利要求30或31所述的方法，其中所述测试化合物未表现出对所述经修饰的AR受体的激动剂活性。
33. 根据权利要求30-32中任一项所述的方法，其中所述细胞缺乏野生型AR的表达、表达低水平的野生型AR、或表达经修饰的AR受体。
34. 根据权利要求30-33中任一项所述的方法，其中所述细胞选自HeLa、CV1、COS7、HepG2、HEK-293、DU145、PC3、TSY-PR1、LNCaP、CWR、VCaP和LAPC4。
35. 根据权利要求30-34中任一项的方法，其中所述细胞选自CWR、LNCaP、VCaP和LAPC4。
36. 根据权利要求30-35中任一项所述的方法，其中所述细胞包含可操作地连接至雄激素响应性启动子的报告基因。
37. 根据权利要求36所述的方法，其中活性是通过分析所述报告基因的表达来确定的。
38. 根据权利要求36或权利要求37所述的方法，其中所述启动子包含雄激素响应元件。
39. 根据权利要求38所述的方法，其中所述雄激素响应元件为4xARE或腺血管舒缓素元 件。
40. 根据权利要求30-39中任一项所述的方法，其中所述启动子为腺血管舒缓素、前列腺特异性抗原、MMTV LTR、FASN、STEAP4、TMPRSS2、ORM1、或NKX3.1启动子。
41. 根据权利要求30-40中任一项所述的方法，其中所述报告基因编码选自下列的蛋白：荧光素酶、荧光蛋白、生物发光蛋白、或酶。
42. 一种具有AR活性的分离的AR多肽或其变体，所述分离的AR多肽或其变体在对应于SEQ ID NO:1中所示的氨基酸序列的氨基酸位置876的氨基酸位置处包含修饰，其中所述修饰包含F876L氨基酸取代，其中所述修饰赋予所述经修饰的AR多肽或变体对AR拮抗剂的抵抗。
43. 根据权利要求42所述的分离的AR多肽，所述分离的AR多肽具有SEQ ID NO:5中所示的氨基酸序列。
44. 根据权利要求42或43中任一项所述的分离的AR多肽，其中所述多肽包含与SEQ ID NO:1中所示的野生型AR相比在位置876处的氨基酸的替换以及一个或多个另外的氨基酸替换。
45. 根据权利要求44所述的分离的AR多肽，其中所述一个或多个另外的氨基酸替换选自与去势抵抗性前列腺癌相关联的一个或多个氨基酸替换。
46. 根据权利要求44或45所述的分离的AR多肽，其中所述一个或多个另外的氨基酸替换选自T877A、W741C、W741L、W741R、L701H和H874Y。
47. 根据权利要求42-46中任一项所述的分离的AR多肽，其中所述多肽包含SEQ ID NO:5中所示的氨基酸序列或变体，所述变体与所述具有SEQ ID NO:5中所示的序列的多肽具有至少或至少约60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或更大的序列同一性，其中在位置876处的氨基酸是亮氨酸。
48. 根据权利要求42-47中任一项所述的分离的AR多肽，所述分离的AR多肽为重组蛋白。
49. 根据权利要求42-45中任一项所述的经分离的AR多肽，其中所述多肽包含SEQ ID NO:1的氨基酸位置876的修饰，其中所述修饰包含F876L氨基酸取代；和/或以下的至少一个：
(a)氨基酸位置877处的苏氨酸被丙氨酸替换；
(b)氨基酸位置741处的色氨酸被亮氨酸、半胱氨酸或精氨酸替换；
(c)氨基酸位置701处的亮氨酸被组氨酸替换；和
(d)氨基酸位置874处的组氨酸被酪氨酸替换。
50. 根据权利要求42-45中任一项的经分离的AR多肽，其中所述多肽包含SEQ ID NO:1的氨基酸位置876的修饰，其中所述修饰包含F876L氨基酸取代，和以下至少一个：
(a)在氨基酸位置877处的苏氨酸被替换为亮氨酸、异亮氨酸、缬氨酸、丙氨酸、苯丙氨酸、甘氨酸、甲硫氨酸、丝氨酸、半胱氨酸、色氨酸、赖氨酸、精氨酸、组氨酸、脯氨酸、酪氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺、天冬氨酸或谷氨酸；
(b)在氨基酸位置741处的色氨酸被替换为亮氨酸、异亮氨酸、缬氨酸、丙氨酸、苯丙氨酸、甘氨酸、甲硫氨酸、丝氨酸、苏氨酸、半胱氨酸、赖氨酸、精氨酸、组氨酸、脯氨酸、酪氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺、天冬氨酸或谷氨酸；
(c)在氨基酸位置701处的亮氨酸被替换为异亮氨酸、缬氨酸、丙氨酸、苯丙氨酸、甘氨酸、甲硫氨酸、组氨酸、丝氨酸、苏氨酸、半胱氨酸、赖氨酸、精氨酸、色氨酸、脯氨酸、酪氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺、天冬氨酸或谷氨酸；和
(d)在氨基酸位置874处的组氨酸被替换为亮氨酸、异亮氨酸、缬氨酸、丙氨酸、苯丙氨酸、甘氨酸、甲硫氨酸、丝氨酸、苏氨酸、半胱氨酸、赖氨酸、精氨酸、色氨酸、脯氨酸、酪氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺、天冬氨酸或谷氨酸。
51. 一种分离的核酸，所述分离的核酸编码权利要求42-50中任一项所述的经分离的AR多肽。
52. 根据权利要求51所述的分离的核酸，其中所述核酸为DNA或RNA分子。
53. 根据权利要求51所述的分离的核酸，其中所述核酸为cDNA分子。
54. 根据权利要求51或权利要求52所述的分离的核酸，其中所述核酸包含SEQ ID NO:19中所示的核酸序列或变体，所述变体与所述具有SEQ ID NO:19中所示的序列的多肽具有至少或至少约60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或更大的序列同一性，其中编码在位置876处的氨基酸的核酸密码子编码亮氨酸。
55. 根据权利要求51的经分离的核酸，其中所述核酸是脱氧核糖核苷酸、脱氧核糖核苷、核糖核苷或核糖核苷酸，或其单链或双链形式的聚合物，其中所述核酸以TTA、TTG、CTT或CTC密码子编码AR多肽的氨基酸位置876的亮氨酸。
56. 一种载体，所述载体包含权利要求51-55中任一项所述的核酸。
57. 根据权利要求56所述的载体，其中所述载体为病毒或质粒载体。
58. 根据权利要求56或权利要求57所述的载体，其中所述核酸可操作地连接至启动子。
59. 根据权利要求58所述的载体，其中所述启动子为组成型启动子或诱导型启动子。
60. 一种宿主细胞，所述宿主细胞包含权利要求56-59中任一项所述的载体。
61. 根据权利要求60所述的宿主细胞，其中所述细胞为原核细胞或真核细胞。
62. 根据权利要求61所述的宿主细胞，其中所述细胞为哺乳动物细胞、细菌细胞、酵母细胞、昆虫细胞、植物细胞、或两栖动物细胞。
63. 一种由权利要求60-62中任一项所述的宿主细胞表达的突变体AR多肽。
64. 一种由权利要求30-41中任一项所述的方法鉴定的选择的经修饰的AR拮抗剂。
65. 一种药物组合物，所述药物组合物包含由权利要求30-41中任一项所述的方法鉴定的选择的经修饰的AR拮抗剂以及药学上可接受的赋形剂。
66. 根据权利要求65的药物组合物，所述选择的经修饰的AR拮抗剂以用于施用给对其有需要的受检者的治疗有效量存在。
67. 根据权利要求64的化合物在制备用于治疗癌症的药物中的用途。
68. 根据权利要求67所述的用途，其中所述癌症为前列腺癌、乳腺癌、膀胱癌、或肝细胞癌。
69. 根据权利要求68所述的用途，其中所述癌症为去势抵抗性前列腺癌。
70. 根据权利要求67-69中任一项所述的用途，其中所述受检者表达突变体AR，其包含F876L氨基酸取代。
71. 根据权利要求67-70中任一项所述的用途，其中所述第三代AR拮抗剂与另外的治疗剂一起施用。
72. 根据权利要求71所述的用途，其中所述第三代AR拮抗剂和所述另外的治疗剂顺序地、同时地或间歇地施用。
73. 根据权利要求71或权利要求72所述的用途，其中所述另外的治疗剂选自激素、激素受体激动剂或拮抗剂、皮质类固醇、止吐剂、止痛药、抗癌剂、抗炎剂、激酶抑制剂、HSP90抑制剂、组蛋白去乙酰化酶(HDAC)抑制剂。
74. 根据权利要求71或权利要求72所述的用途，其中所述另外的治疗剂为促性腺激素释放激素(GnRH)激动剂或拮抗剂。
75. 根据权利要求74所述的用途，其中所述GnRH激动剂为亮丙瑞林、布舍瑞林或戈舍瑞林。
76. 一种微芯片，所述微芯片包含权利要求42-47中任一项所述的经分离的AR多肽或权利要求51-55中任一项所述的核酸。
77. 根据权利要求76的微芯片，其中所述经分离的AR多肽包含在对应于SEQ ID NO:1所 述的氨基酸序列的氨基酸位置876的氨基酸位置处的修饰，所述修饰包括AR多肽的位置876处的苯丙氨酸替换成亮氨酸的取代；和其中：
所述核酸是是脱氧核糖核苷酸、脱氧核糖核苷、核糖核苷或核糖核苷酸，或其单链或双链形式的聚合物，其中所述核酸以TTA、TTG、CTT或CTC密码子编码AR多肽的氨基酸位置876的亮氨酸。
78. 一种试剂盒，所述试剂盒包含经区室化以容纳一个或多个容器的载体或包装，每个容器包含(a)一种或多种用于检测核酸或在氨基酸位置876处包含修饰的经修饰的AR多肽的试剂，所述核酸编码在氨基酸位置876处包含修饰的经修饰的AR多肽，其中所述修饰包含F876L氨基酸取代；(b)任选一种或多种缓冲剂、PCR试剂、抗体、用于酶染色的底物、发色团或蛋白对照样品；和(c)任选用内容物清单和/或使用说明进行标示，和/或含有具有使用说明的包装说明书。
79. 根据权利要求78所述的试剂盒，所述试剂盒包含一对寡核苷酸引物，所述一对寡核苷酸引物位于编码AR多肽的氨基酸876的核酸区域两侧。
80. 根据权利要求78所述的试剂盒，所述试剂盒包含寡核苷酸引物，所述寡核苷酸引物：
(a)结合至编码经修饰的AR的核酸，所述经修饰的AR在氨基酸位置876处被修饰，其中所述修饰包含F876L取代；并且
(b)不结合至编码野生型AR的核酸，所述野生型AR在氨基酸位置876处具有苯丙氨酸。
81. 根据权利要求78的试剂盒，其中所述核酸是是脱氧核糖核苷酸、脱氧核糖核苷、核糖核苷或核糖核苷酸，或其单链或双链形式的聚合物，其中所述核酸以TTA、TTG、CTT或CTC密码子编码AR多肽的氨基酸位置876的亮氨酸。
82. 一种用于检测经修饰的AR的体系，所述经修饰的AR对在受检者中用第一代或第二代AR拮抗剂的抑制作用具有抵抗性，所述体系包括：
(a)来自所述受检者的含有编码AR多肽的核酸分子的样本；以及
(b)微阵列，所述微阵列包含编码突变体AR多肽或所述突变体AR多肽的一部分的核酸，所述突变体AR多肽或所述突变体AR多肽的一部分在对应于SEQ ID NO:1中所示的氨基酸序列的氨基酸位置876的氨基酸位置处被修饰，其中所述修饰包含F876L氨基酸取代。
83. 根据权利要求82所述的体系，其中所述微阵列包含于微芯片上。
84. 一种用于检测经修饰的AR的体系，所述经修饰的AR对在受检者中用第一代或第二代AR拮抗剂的抑制作用具有抵抗性，所述体系包括：
(a)来自所述受检者的含有编码AR多肽的核酸分子的样本；以及
(b)序列特异性核酸探针，其中所述序列特异性核酸探针：
(i)结合至编码经修饰的AR的核酸，所述经修饰的AR在氨基酸位置876处被修饰，其中所述修饰包含F876L氨基酸取代；并且
(ii)不结合至编码野生型AR的核酸，所述野生型AR在氨基酸位置876处具有苯丙氨酸。
85. 根据权利要求82或84的体系，其中所述核酸是脱氧核糖核苷酸、脱氧核糖核苷、核糖核苷或核糖核苷酸，或其单链或双链形式的聚合物，其中所述核酸以密码子TTA、TTG、CTT或CTC编码AR多肽的氨基酸位置876的亮氨酸。
86. 一种用于检测经修饰的AR的体系，所述经修饰的AR对在受检者中用第一代或第二代AR拮抗剂的抑制作用具有抵抗性，所述体系包括：
(a)来自所述受检者的含有编码AR多肽的核酸分子的样本；以及
(b)一对寡核苷酸引物，所述一对寡核苷酸引物位于编码AR多肽的氨基酸876的核酸区域两侧。
87. 一种分离的抗体，所述分离的抗体结合至权利要求41-47中任一项所述的经分离的AR多肽，其中所述抗体不结合至或以较低亲和力结合至具有SEQ ID NO:1中所示的氨基酸序列的野生型AR多肽。”
经形式审查合格，国家知识产权局于2018年01月09日依法受理了该复审请求，并将其转送至原审查部门进行前置审查。
原审查部门在前置审查意见书中坚持原驳回决定。
随后，国家知识产权局成立合议组对本案进行审理。
合议组于2019年04月28日向复审请求人发出复审通知书，指出：权利要求1与对比文件1相比的区别特征在于：AR突变是相对于SEQ ID NO：1的F876L取代，并将检测上述修饰的试剂制备成试剂盒。基于该区别，本申请实际解决的技术问题是提供一种用于确定受检者是否对AR拮抗剂的疗法具有较差响应性的试剂盒。对比文件2公开了AR-LBD的晶体结构，其显示了定义AR配体结合口袋的氨基酸位置包括Phe876，并且具体公开了影响R1881与AR-LBD结合的氨基酸残基为Leu880和Thr877，而影响其他配体（R1881之外）与AR-LBD结合的三个重要氨基酸位置则包括Phe876。在对比文件1公开了AR配体结合域（LBD）的氨基酸突变使病人对AR拮抗剂疗法具有抵抗性，T877A突变已知可增加CPA的激动剂活性，导致由拮抗剂转变成激动剂，该转变是由于突变造成AR-LBD与配体结合活性改变造成的的情况下，本领域技术人员能够合理预期病人对AR拮抗剂疗法具有抵抗性的原因是由于AR-LBD氨基酸突变导致AR-LBD与配体结合活性改变造成的。对比文件2给出了Phe876等具体位点会影响配体与AR-LBD结合的技术启示，在此启示下，本领域技术人员容易想到检测受试者Phe876突变能够预测受试者对抗雄激素配体药物的治疗反应性，即如果受试者存在Phe876突变，则意味着受试者对相应抗雄激素配体药物的治疗响应性差、具有抵抗性。把检测Phe876突变的试剂制备成试剂盒的形式是本领域技术人员的常规技术选择。因此，在对比文件1的基础上结合对比文件2以及本领域常规技术进而获得权利要求1的技术方案对于本领域技术人员而言是显而易见的。权利要求1不具有突出的实质性特点和显著的进步，因而不具备专利法第22条第3款规定的创造性。基于相同或类似的理由或者结合本领域的常规技术手段，独立权利要求4、5、30、42、51、56、60、63-65、76、78、82、84、86、87也不具备专利法第22条第3款规定的创造性。从属权利要求2-3、6-29、31-41、43-50、52-55、57-59、61、62、66-75、77、79-81、83、85已经被对比文件1或2公开，或结合本领域的常规技术手段能获得的，因此，上述权利要求也不具备创造性。
复审请求人于2019年06月13日提交了意见陈述书，以及权利要求书的全文替换页（共8页，90项）。相对于复审通知书依据的权利要求书而言，所作修改是新增加了权利要求20-22，同时调整了后续权利要求的编号和引用关系。复审请求人认为：（1）对比文件1通过配体-受体结构的实际结晶，才能准确描述T877A点突变对CPA与AR受体结合的影响。鉴于点突变对AR构象的不可预测性和AR分子建模的不可靠性，本领域技术人员不能得出结论，拮抗剂抗性是由AR-LBD中的所有突变，更不用说特定残基Phe876突变引起的，也无法预测Phe876的突变会导致对AR拮抗剂的响应性降低。对比文件2没有教导或暗示AR氨基酸残基（例如Gln783、Met749和phe876），更不用说特定phe876突变，将有助于对AR拮抗剂的抗性。对比文件2未将Phe876列为已知在前列腺癌或雄激素不敏感综合征中突变的残基之一（参见对比文件2表3和第90页第1段）。基于对比文件1和对比文件2的组合公开，本领域普通技术人员不会有合理的成功预期而选择有助于对AR拮抗剂治疗的抗性的特定取代。（2）鉴于同等考虑所有18种关键氨基酸及其同源物，以及每种氨基酸可用的潜在取代数目，筛选选项的绝对数量将是巨大的，远远超出任何有限或常规测试的范围。将F876L鉴定为最佳突变所需的实验既不是有限的，也不是常规的。
新增加的权利要求20-22如下：
“20. 根据权利要求1-18中任一项所述的用途，其中所述第二代AR拮抗剂是ARN-509。
21. 根据权利要求1-18中任一项所述的用途，其中所述第二代AR拮抗剂是恩杂鲁胺（MDV3100）。
22. 根据权利要求1-18中任一项所述的用途，其中所述第二代AR拮抗剂是RD162。”
在上述程序的基础上，合议组认为本案事实已经清楚，可以作出审查决定。
二、决定的理由
审查文本的认定
复审请求人于2019 年06 月13日提交了权利要求书的全文修改替换页（共8页90项）。经审查，所作修改符合专利法第33条的规定。本复审请求审查决定依据的审查文本是2019年06月13日提交的权利要求第1-90项，2015年03月27日本申请进入中国国家阶段时提交的国际申请文件中文译文的说明书第1-100页（第1-415段）、说明书附图第1-18页、说明书摘要以及摘要附图。
关于创造性
专利法第22条第3款规定，创造性，是指与现有技术相比，该发明具有突出的实质性特点和显著的进步。
根据该款规定，在创造性的判断中，判断发明是否具有突出的实质性特点，就是要判断对于本领域的技术人员来说，要求保护的发明相对于现有技术是否显而易见。如果要求保护的发明相对于现有技术是显而易见的，则其不具有突出的实质性特点。
本案中，权利要求1请求保护用于检测编码修饰的AR多肽的核酸的一种或多种试剂在制备用于确定受检者是否对或将变得对用第一代或第二代雄激素受体(AR)拮抗剂的疗法具有较差响应性的试剂盒中的用途，其中：所述一种或多种试剂是用于测试来自所述受检者的含有编码AR多肽的核酸分子的样本以确定所编码的AR多肽是否在对应于SEQ ID NO:1中所示的氨基酸序列的氨基酸位置876的氨基酸位置处被修饰的那些试剂，其中所述修饰包含F876L氨基酸取代；以及如果所述受检者具有所述修饰，则所述受检者被表征为对用第一代或第二代AR拮抗剂的疗法具有抵抗性或将变得对用第一代或第二代AR拮抗剂的疗法具有抵抗性。
对比文件1公开了雄激素受体（AR）是一种配体诱导的甾类激素受体，AR抑制性配体（相应于本申请的AR拮抗剂）在临床上用于治疗AR紊乱型疾病，例如前列腺癌，这类药物包括甾类抗雄激素药物（例如CPA）和非甾类抗雄激素药物（例如氟他胺、比卡鲁胺），但是AR中氨基酸突变经常发生在用这些化合物治疗的患者中，这些化合物增加其激动剂活性并因此导致耐药性。AR T877A突变已知可增加CPA的激动剂活性。通过AR T877A变体中与CPA结合的人AR LBD的x射线晶体结构分析可知这是因为AR氨基酸突变改变了AR配体结合域（LBD）的空间结构，使AR结合腔扩大并产生一个以Leu701、Leu704、Ser778、Met780、Phe876和Leu880界定的额外的口袋，从而改变了抗雄激素抑制性配体药物与AR-LBD的结合活性，最终改变了药物对AR的拮抗作用（参见对比文件1摘要，第1页右栏第1段）。可见，对比文件1已经公开了AR突变会使病人对AR拮抗剂疗法具有抵抗性，T877A突变已知可增加CPA的激动剂活性，导致由拮抗剂转变成激动剂，该转变是由于突变造成AR-LBD与配体结合活性改变造成的。权利要求1与对比文件1相比的区别特征在于：AR突变是相对于SEQ ID NO：1的F876L取代，并将检测上述修饰的试剂制备成试剂盒。基于该区别，本申请实际解决的技术问题是提供一种用于确定受检者是否对AR拮抗剂的疗法具有较差响应性的试剂盒。对比文件2公开了AR-LBD的晶体结构，其显示了定义AR配体结合口袋的氨基酸位置包括Phe876（参见对比文件2权利要求7），并且具体公开了影响R1881与AR-LBD结合的氨基酸残基为Leu880和Thr877，而影响其他配体（R1881之外）与AR-LBD结合的三个重要氨基酸位置则包括Phe876（参见对比文件2说明书第90页第1段）。在对比文件1公开了AR配体结合域（LBD）的氨基酸突变使病人对AR拮抗剂疗法具有抵抗性，T877A突变已知可增加CPA的激动剂活性，导致由拮抗剂转变成激动剂，该转变是由于突变造成AR-LBD与配体结合活性改变造成的的情况下，本领域技术人员能够合理预期病人对AR拮抗剂疗法具有抵抗性的原因是由于AR-LBD氨基酸突变导致AR-LBD与配体结合活性改变造成的。对比文件2给出了Phe876等具体位点会影响配体与AR-LBD结合的技术启示，在此启示下，本领域技术人员容易想到检测受试者Phe876突变能够预测受试者对抗雄激素配体药物的治疗反应性，即如果受试者存在Phe876突变，则意味着受试者对相应抗雄激素配体药物的治疗响应性差、具有抵抗性。把检测Phe876突变的试剂制备成试剂盒的形式是本领域技术人员的常规技术选择。因此，在对比文件1的基础上结合对比文件2以及本领域常规技术进而获得权利要求1的技术方案对于本领域技术人员而言是显而易见的。权利要求1不具有突出的实质性特点和显著的进步，因而不具备专利法第22条第3款规定的创造性。
基于相同的理由，权利要求4、5也不具备专利法第22条第3款规定的创造性。
权利要求2进一步限定受检者已被施用第一代或第二代AR拮抗剂来治疗癌症。对比文件1已经公开以第一代AR拮抗剂（例如氟他胺、比卡鲁胺）来治疗前列腺癌。因此，权利要求2也不具备专利法第22条第3款规定的创造性。
基于相同的理由，权利要求3也不具备专利法第22条第3款规定的创造性。
权利要求6对876处的核酸的取代碱基进行了进一步限定，然而，在对比文件2公开Phe876处突变的情况下，本领域技术人员可以对其具体取代碱基进行检测，并且利用常规手段就能够确定其具体取代。因此，权利要求6也不具备专利法第22条第3款规定的创造性。
权利要求7、8进一步限定了AR核酸分子的类型，权利要求9进一步限定了从RNA样本中分离mRNA，权利要求10-14进一步限定了对876位置检测的具体方法（扩增或杂交），权利要求15-17进一步限定了检测样本来源。权利要求7-17的附加技术特征都仅是本领域技术人员的常规技术操作。因此，权利要求7-17也不具备专利法第22条第3款规定的创造性。
权利要求18进一步限定了第一代或第二代AR拮抗剂通过竞争性拮抗作用来抑制野生型AR多肽，即第一代或第二代AR拮抗剂的作用机理。权利要求19-22进一步限定了第二代AR拮抗剂的具体类型。上述附加技术特征都是本领域的公知常识。因此，权利要求18-22也不具备专利法第22条第3款规定的创造性。
权利要求23-28进一步限定了受检者的患病情况，对比文件1公开了前列腺癌，对比文件2也公开了和AR突变相关的疾病包括前列腺癌、CAIS、PAIS/MAI（参见说明书表3）。因此，本领域技术人员容易想到在上述相关疾病的患者中检测AR突变。权利要求23-28也不具备专利法第22条第3款规定的创造性。
权利要求29-32进一步限定了样本采集时机，然而样本不是试剂盒的组成部分，样本采集时间对于用所述试剂制备试剂盒的用途没有实质的影响和改变，因此权利要求29-32也不具备专利法第22条第3款规定的创造性。
权利要求33要求保护一种用于筛选拮抗经修饰的AR的化合物的方法。如前所述，对比文件1已经公开了AR突变会使病人对AR拮抗剂疗法具有抵抗性，并且是由于AR-LBD与配体结合活性改变造成的。同时，对比文件2公开Phe876位置突变对AR拮抗剂配体（除R1881之外）与AR-LBD的结合具有重要影响。在对比文件1结合对比文件2的基础上，本领域技术人员有理由、有动机筛选拮抗Phe876经修饰的AR的化合物配体，并且容易想到AR活性降低的待筛选化合物则为目标化合物。因此，权利要求33不具备专利法第22条第3款规定的创造性。
权利要求34进一步限定化合物对经修饰的AR完全拮抗，权利要求35进一步限定化合物对经修饰的AR不表现激动剂活性。本领域技术人员知晓，AR拮抗剂是具有治疗作用的目标药物，拮抗活性越高、激动活性越低则是越期望的结果。因此，权利要求34、35也不具备专利法第22条第3款规定的创造性。
权利要求36-38进一步限定了表达细胞的类型，对比文件1公开了表达AR细胞为LNCaP，本领域技术人员在常规实验的基础上也可根据需要选择其他类型的表达AR受体的细胞。因此，权利要求36-38也不具备专利法第22条第3款规定的创造性。
权利要求39-44进一步限定了表达细胞中的报告基因、启动子等元件。这些附加技术特征都是本领域技术人员的常规技术选择。因此，权利要求39-44也不具备专利法第22条第3款规定的创造性。
权利要求45要求保护一种具有AR活性的分离的AR多肽或其变体。对比文件2已经公开了若干具有AR活性的AR野生型多肽和变体（参见对比文件2说明书表3），同时又公开了位置Phe876对于除R1881之外的AR配体拮抗剂与AR-LBD结合具有重要意义，即Phe876突变可以实现对R1881之外拮抗剂的抵抗。在此基础上，本领域技术人员不难获得另一种Phe876经突变的AR变体，同时保持其AR活性。因此，权利要求45不具备专利法第22条第3款规定的创造性。
同理，权利要求46也不具备专利法第22条第3款规定的创造性。
权利要求47进一步限定所述多肽还包括一个或多个另外的氨基酸残基，对比文件1公开了突变T877A、W741L、L701A，对比文件2公开了L701H、T877A（参见对比文件2权利要求9）的AR相关突变，本领域技术人员在常规实验的基础上还可选择其他合适位点进行相应突变。因此，权利要求47也不具备专利法第22条第3款规定的创造性。
同理，权利要求48-53也均不具备专利法第22条第3款规定的创造性。
权利要求54要求保护一种分离的核酸，权利要求59要求保护一种载体，权利要求63要求保护一种宿主细胞，权利要求66要求保护所述宿主细胞表达的突变体AR多肽。在权利要求45-53所述AR多肽不具备创造性情况下，其编码核酸、相应载体、宿主细胞及其表达多肽也均不具有创造性。因此，权利要求54、59、63、66也不具备专利法第22条第3款规定的创造性。
从属权利要求55-58、60-62、64-65的附加技术特征均在对比文件1或2中公开，或者属于本领域的常规技术选择，因此权利要求55-58、60-62、64-65也均不具备专利法第22条第3款规定的创造性。
权利要求67要求保护经修饰的AR拮抗剂，权利要求68要求保护药物组合物，然而在权利要求33-44所述方法不具备创造性的情况下，由所述方法获得AR拮抗剂以及包含所述AR拮抗剂的药物组合物也不具备创造性。因此，权利要求67、68也均不具备专利法第22条第3款规定的创造性。
权利要求69的附加技术特征属于本领域常规技术选择，因此权利要求69也不具备专利法第22条第3款规定的创造性。
权利要求70要求保护权利要求67所述化合物在制备用于治疗癌症的药物中的用途。对比文件1已经公开了AR拮抗剂治疗前列腺癌的技术方案，并且突变AR导致药物抵抗。因此，权利要求70不具备专利法第22条第3款规定的创造性。
同理，权利要求71-73也不具备专利法第22条第3款规定的创造性。
权利要求74-78进一步限定了另外的治疗剂，然而选择其他常规治疗药物、用药顺序都是医生根据病人病情制定的具体治疗方案，对AR拮抗剂化合物的制药用途本身不产生任何影响。因此，权利要求74-78也不具备专利法第22条第3款规定的创造性。
权利要求79要求保护一种微芯片，然而将检测多肽或其编码核酸制作为微芯片形式以实现高通量检测是本领域的公知常识。在权利要求45-50所述多肽、权利要求54-58所述核酸均不具备创造性的情况下，权利要求79所要求保护的微芯片也不具备专利法第22条第3款规定的创造性。
同理，权利要求80、85-89也不具备专利法第22条第3款规定的创造性。
权利要求81要求保护一种试剂盒，如前所述，将检测在F876L的试剂制备为检测试剂盒的形式不具有突出的实质性特点，同时，在试剂盒中添加适当的缓冲液、PCR试剂、抗体、染色底物、发色团、对照样品以及说明书是本领域常规技术选择。因此，权利要求81不具备专利法第22条第3款规定的创造性。
同理，权利要求82-84的附加技术特征进一步限定了对876位置检测的试剂或其核酸类型。上述附加技术特征均属于本领域的常规技术选择，因而也不具备专利法第22条第3款规定的创造性。
权利要求90要求保护一种分离的抗体，如前所述，获得权利要求44-50所述经分离的AR多肽对于本领域技术人员而言是显而易见的，那么针对特定蛋白制备抗体则是本领域的常规技术，因此，权利要求90不具备专利法第22条第3款规定的创造性。
对复审请求人相关意见的评述
合议组认为：
（1）虽然对比文件1着重披露了T877A点突变对CPA与AR结合的影响，但同时也公开了其他位点突变对改变CPA结合活性的影响，例如L701A就类似于T877A（参见对比文件1摘要、结论部分）。对于本领域技术人员来说，其在阅读了对比文件1后，不会认为仅有T877A点突变才能够导致对AR配体的抗性。对比文件1已经揭示了利用AR拮抗剂治疗AR紊乱型疾病会产生耐药性的原因是在于AR氨基酸突变改变了AR配体结合域（LBD）的空间结构，进而改变了AR-LBD与配体结合活性。那么，基于对比文件1的教导，本领域技术人员能够合理预期影响AR-LBD空间结构的其他关键氨基酸的改变对于AR拮抗剂的耐药性问题，或多或少也会存在一定的影响。因此，在对比文件2公开了AR-LBD的晶体结构，公开了AR配体结合口袋的18个关键氨基酸位点（包括Phe876），并进一步公开了影响R1881之外配体与AR-LBD结合的三个重要氨基酸位置包括Phe876的情况下，结合对比文件1，容易想到检测受试者Phe876突变，能够预测受试者对抗雄激素配体药物的治疗反应性，即如果受试者存在Phe876突变，则意味着受试者对相应抗雄激素配体药物的治疗响应性差、具有抵抗性。
（2）对比文件2公开了影响R1881之外配体与AR-LBD结合的三个重要氨基酸位置包括Phe876的情况下，从这三个重要氨基酸位置，确定出Phe876并非如请求人所述工作量巨大，进一步从phe76选择出F876L具体突变，氨基酸残基选择有限，并且本申请也没有证明F876L相对于其他点突变具有何种预料不到的技术效果。因此，该突变后残基的选择仅能被认为是一种常规选择。
综上所述，复审请求人的意见陈述不具有说服力。
基于以上事实和理由，本案合议组作出如下审查决定。
三、决定
维持国家知识产权局于2017年09月08日对本申请作出的驳回决定。
如对本复审请求审查决定不服,根据专利法第41条第2款的规定，请求人可以自收到本决定之日起三个月内向北京知识产权法院起诉。
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