发明创造名称：用于细胞凋亡调解子基因(BIM)缺失突变的检测方法及其检测试剂盒
外观设计名称：
决定号：187704
决定日：2019-08-20
委内编号：1F244028
优先权日：
申请（专利）号：201310513126.4
申请日：2013-10-25
复审请求人：上海市胸科医院
无效请求人：
授权公告日：
审定公告日：
专利权人：
主审员：安玉苹
合议组组长：刘红霞
参审员：张丽颖
国际分类号：C12Q1/68
外观设计分类号：
法律依据：专利法第22条第3款
决定要点
：对于发明所请求保护的技术方案与最接近的现有技术相比存在区别技术特征的情形，如果现有技术给出了将区别技术特征应用到该最接近的现有技术以解决其存在的技术问题的启示，使得本领域技术人员在面对所述技术问题时，有动机改进现有技术并获得要求保护的技术方案，则该方案是显而易见的。
全文：
本复审请求涉及申请号为201310513126.4，名称为“用于细胞凋亡调解子基因(BIM)缺失突变的检测方法及其检测试剂盒”的发明专利申请（下称本申请）。申请人为上海市胸科医院。本申请的申请日为2013年10月25日，公开日为2015年04月29日。
经实质审查，国家知识产权局原审查部门于2017年10月17日以权利要求2-4属于专利法第25条第1款规定的不授予专利权的主题、权利要求1-4不符合专利法第22条第3款的规定为由驳回了本申请。驳回决定所依据的文本为：申请日2013年10月25日提交的说明书摘要、说明书核苷酸和氨基酸序列表第1-7页；2013年12月10日提交的说明书第1-6页（第1-64段）；2014年01月09日提交的说明书附图第1-4页；以及2017年06月05日提交的权利要求第1-4项。
驳回决定所针对的权利要求书如下：
“1. 一种用于细胞凋亡调解子基因缺失突变的检测试剂盒，其特征在于，含有与BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上2903bp缺失区域结合的探针，还包括特异性扩增BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上2903bp缺失区域的引物；与特异性扩增BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上2903bp缺失区域的引物的序列如SEQ ID NO 2和SEQ ID NO 3所示。
2. 如权利要求1所述的检测试剂盒在用于检测细胞凋亡调解子基因缺失突变的方法中的用途，其中，通过下述步骤检测BIM基因第三、第四外显子之间内含子上2903bp缺失情况；其包括：
(a)抽提样品的基因组DNA，扩增获得BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上包含2903bp缺失的区域，所述2903bp缺失的区域的引物序列如SEQ ID NO2、SEQ ID NO3和SEQ ID NO4所示；
(b)检测步骤(a)产物中BIM基因的缺失情况。
3. 如权利要求2所述的用途，其特征在于，所述的2903bp缺失位于BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上。
4. 如权利要求2所述的用途，其特在于，所述的方法中还包括特异性扩增BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上包含2903bp缺失区域的引物。”
驳回决定认为：（1）权利要求2-4要求保护如权利要求1所述的检测试剂盒在用于检测细胞凋亡调解子基因缺失突变的方法中的用途，根据说明书第2、4、5、7段的记载可知，权利要求2-4的技术方案涉及一种疾病的诊断方法，利用权利要求1所述的检测试剂盒进行细胞凋亡调解子基因缺失突变的检测对肺癌患者耐药性、生存周期等的诊断具有特异性，只要知晓利用检测试剂盒的细胞凋亡调解子基因缺失突变的检测信息，便可获知同一主体即人的耐药性、生存周期等情况，进而就能够直接获得同一主体即人的耐药性、生存周期的诊断结果或健康状况，因此权利要求2-4属于专利法第25条第1款第（三）项所述的疾病的诊断方法的范围，不能被授予专利权。（2）权利要求1要求保护一种用于细胞凋亡调解子基因缺失突变的检测试剂盒，其与对比文件1（WO2012082074A1，公开日：2012年06月21日）的区别技术特征在于，权利要求1为一种用于细胞凋亡调解子基因缺失突变的检测试剂盒，并且探针和引物的序列与对比文件1略有区别。由于BIM基因、BIM基因内含子2内2903bp缺失序列都是本领域已知的序列，且设计引物和探针的原理、原则以及方法均为本领域所熟知，本领域技术人员可以结合现有技术中已知的引物、探针设计原则、根据具体的实验操作条件，通过合乎逻辑的推理、分析和有限的试验得到一系列用于鉴定已知基因缺失序列的引物和探针，权利要求1的引物和探针只是其中的常规选择。并且，对比文件1公开了可以通过引物检测BIM缺失多态性来预测采用EGFR TKI疗法治疗的EGFR-突变性非小细胞肺癌患者的较差的无进展生存期；如果测定该个体具有 BIM(BCL2L11)多态性，则所述个体可能对用激酶抑制剂治疗非小细胞肺癌(NSCLC)形成耐药性；并可检测出缺失多态性为杂合、纯合、无缺失的情况，在全部3份样品中找到了相同的2,903bp缺失；而通过对本申请的引物扩增位置的分析，当为杂合缺失或野生型时仍需扩增3000bp左右的片段，达不到申请人所述的“只需扩增100个bp左右的片段”的技术效果，因而权利要求1并未取得意料不到的技术效果；综上所述，权利要求1不具备创造性。权利要求2-4要求保护的用途及进一步限定的附加技术特征或者已经被对比文件1公开，或者属于常规技术或常规选择，因而权利要求2-4也不具备创造性。
申请人（下称复审请求人）对上述驳回决定不服，于2018年02月01日向国家知识产权局提出了复审请求，同时修改了权利要求书（共1页3项），相对于驳回决定针对的文本，其修改在于，删除原权利要求3，调整原权利要求4的编号。
复审请求人认为：（1）本申请的突出贡献在于，针对目前临床实践中对BIM基因突变检测的方法存在的缺陷，本申请试剂盒及检测方法能满足检测肺癌相关基因的现状，本申请的技术方案简单易行，快速高效，成本低廉，为BIM基因缺失检测提供了一个简捷的新途径，为肺癌的诊断、监测和治疗提供有意义的辅助参考作用。具有有益效果：通量更高、速度更快、结果更直观、更准确。因而本申请具备创造性。（2）本申请是以离体样本即血液标本为检测对象，直接目的是提供用于细胞凋亡调解子基因缺失突变的检测试剂盒及其检测方法；尤其是检测BIM基因第三、第四外显子之间内含子上2903bp缺失情况；检测结果为BIM基因缺失检测提供一个简捷的新途径，以及为肺癌的诊断、监测和治疗具有有意义的辅助参考作用。“辅助作用”只是为进一步的诊断提供了参考信息，不可作为肺癌的诊断依据，本申请的检测方法能提供参考信息的可能性大小，必须通过结合其他诊断指标综合判断，才可对有关肿瘤进行诊断，例如，仅凭“甲胎蛋白”的阳性结果，尚不能诊断患者即为肝癌，不属于诊断方法的发明。本申请是将所获取的检测BIM基因第三、第四外显子之间内含子上2903bp缺失情况作为中间结果信息，所以本申请不属于诊断方法。
提出复审请求时新修改的权利要求书如下：
“1. 一种用于细胞凋亡调解子基因缺失突变的检测试剂盒，其特征在于，含有与BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上2903bp缺失区域结合的探针，还包括特异性扩增BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上2903bp缺失区域的引物；与特异性扩增BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上2903bp缺失区域的引物的序列如SEQ ID NO 2和SEQ ID NO 3所示。
2. 如权利要求1所述的检测试剂盒在用于检测细胞凋亡调解子基因缺失突变的方法中的用途，其中，通过下述步骤检测BIM基因第三、第四外显子之间内含子上2903bp缺失情况；其包括：
(a)抽提样品的基因组DNA，扩增获得BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上包含2903bp缺失的区域，所述2903bp缺失的区域的引物序列如SEQ IDNO2、SEQ ID NO3和SEQ ID NO4所示；所述的2903bp缺失位于BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上；
(b)检测步骤(a)产物中BIM基因的缺失情况。
3. 如权利要求2所述的用途，其特征在于，所述的方法中还包括特异性扩增BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上包含2903bp缺失区域的引物。”
经形式审查合格，国家知识产权局于2018年02月07日依法受理了该复审请求，并将其转送至原审查部门进行前置审查。
原审查部门在前置审查意见书中坚持原驳回决定。
随后，国家知识产权局成立合议组对本案进行审理。
合议组于2019年06月05日向复审请求人发出复审通知书，指出：（1）根据说明书的相关记载，权利要求2-3要求保护的用途属于专利法第25条第1款第（三）项规定的不授予专利权的范围。（2）权利要求1与对比文件1的区别技术特征在于：权利要求1要求保护的是一种用于细胞凋亡调解子基因缺失突变的检测试剂盒，其中限定的引物序列为SEQ ID NO 2和SEQ ID NO 3，所述引物的结构与对比文件1中的引物结构不同，并且限定了试剂盒中还含有与BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上2903bp缺失区域结合的探针。然而，为了方便使用，本领域技术人员容易想到将检测过程中使用的试剂，例如引物、探针等，制备成试剂盒。并且，由于BIM基因内含子2中2903bp缺失序列已由对比文件1公开，且设计引物和探针的原理、原则以及方法均为本领域所熟知，本领域技术人员可以结合现有技术中已知的引物、根据具体的实验操作条件，通过合乎逻辑的推理、分析和有限的试验得到一系列用于鉴定已知基因缺失序列的引物，权利要求1的引物只是其中的常规选择，并且该选择也没有给技术方案带来预料不到的技术效果，针对特异性引物扩增的序列设计相应的检测探针序列是本领域的常规技术手段。由此，权利要求1不具备创造性。权利要求2要求保护如权利要求1所述的检测试剂盒在用于检测细胞凋亡调解子基因缺失突变的方法中的用途。权利要求2与对比文件1的区别技术特征在于，权利要求2中限定的引物序列与对比文件1中的引物序列不同，并且，权利要求2中限定的是权利要求1的检测试剂盒用于检测细胞凋亡调解子基因缺失突变的方法中的用途。然而，基于对权利要求1的评述理由，权利要求2也不具备创造性。相应地，权利要求3也不具有创造性。
复审请求人于2019年07月22日提交了意见陈述书和权利要求书替换页（共1页2项），相对于复审通知书针对的文本，其修改在于，将原权利要求2中的特征并入原权利要求1，形成新的权利要求1，将原权利要求3的主题名称修改为“如权利要求1所述的用于细胞凋亡调解子基因缺失突变的检测试剂盒”。复审请求人认为：本申请针对现有技术中存在的对BIM基因突变检测的方法灵敏度低、假阴性率高、检测步骤繁琐等缺陷，提供了检测，尤其是检测BIM基因上第三、第四外显子之间内含子上2903bp缺失突变的检测试剂盒，本申请试剂盒及检测方法能满足检测肺癌相关基因的现状，本申请的技术方案简单易行，快速高效，成本低廉，为BIM基因缺失检测提供了一个简捷的新途径，为肺癌的诊断、监测和治疗具有有意义的辅助参考作用。具有有益效果：通量更高、速度更快、结果更直观、更准确。因而本申请具备创造性。
修改后的权利要求书如下：
“1. 一种用于细胞凋亡调解子基因缺失突变的检测试剂盒，其特征在于，含有与BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上2903bp缺失区域结合的探针，还包括特异性扩增BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上2903bp缺失区域的引物；与特异性扩增BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上2903bp缺失区域的引物的序列如SEQ ID NO 2和SEQ ID NO 3所示；所述的检测试剂盒通过下述步骤检测BIM基因第三、第四外显子之间内含子上2903bp缺失情况；其包括：（a）抽提样品的基因组DNA，扩增获得BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上包含2903bp缺失的区域，所述2903bp缺失的区域的引物序列如SEQ ID NO2、SEQ ID NO3和SEQ ID NO4所示；所述的2903bp缺失位于BIM基因第三、第 四外显子之间的内含子上；（b）检测步骤（a）产物中BIM基因的缺失情况。
2. 如权利要求1所述的用于细胞凋亡调解子基因缺失突变的检测试剂盒，其特征在于，所述的检测试剂盒检测BIM基因第三、第四外显子之间内含子上2903bp缺失情况步骤中，还包括特异性扩增BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上包含2903bp缺失区域的引物。”
在上述程序的基础上，合议组认为本案事实已经清楚，可以作出审查决定。
二、决定的理由
审查文本的认定
复审请求人于2019年07月22日提交了权利要求书替换页（共1页2项）。经审查，所作修改符合专利法第33条和实施细则第61条第1款的规定。本复审请求审查决定针对的文本为：申请日2013年10月25日提交的说明书摘要、说明书核苷酸和氨基酸序列表第1-7页；2013年12月10日提交的说明书第1-6页（第1-64段）；2014年01月09日提交的说明书附图第1-4页；以及2019年07月22日提交的权利要求第1-2项。
关于专利法第22条第3款
专利法第22条第3款规定，创造性，是指与现有技术相比，该发明具有突出的实质性特点和显著的进步。
根据该款规定，对于发明所请求保护的技术方案与最接近的现有技术相比存在区别技术特征的情形，如果现有技术给出了将区别技术特征应用到该最接近的现有技术以解决其存在的技术问题的启示，使得本领域技术人员在面对所述技术问题时，有动机改进现有技术并获得要求保护的技术方案，则该方案是显而易见的。
权利要求1要求保护一种用于细胞凋亡调解子基因缺失突变的检测试剂盒，其特征在于，含有与BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上2903bp缺失区域结合的探针，还包括特异性扩增BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上2903bp缺失区域的引物；与特异性扩增BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上2903bp缺失区域的引物的序列如SEQ ID NO 2和SEQ ID NO 3所示；所述的检测试剂盒通过下述步骤检测BIM基因第三、第四外显子之间内含子上2903bp缺失情况；其包括：（a）抽提样品的基因组DNA，扩增获得BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上包含2903bp缺失的区域，所述2903bp缺失的区域的引物序列如SEQ ID NO2、SEQ ID NO3和SEQ ID NO4所示；所述的2903bp缺失位于BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上；（b）检测步骤（a）产物中BIM基因的缺失情况。
对比文件1公开了（参见对比文件1摘要，图4C、4D、14A、14B、14C、26，权利要求1、7，说明书第39页第3段，第107页第1-3段，实施例1、2、9、10）一种预测易患或患有癌症或骨髓增生病的个体是否可能形成酪氨酸激酶抑制剂治疗耐药性的方法，所述方法包括确定所述个体是否具有BIM基因（也即细胞凋亡调解子基因）的多态性变体，所述多态性变体以5′至3′顺序包含SEQ ID NO:5中所述的核苷酸序列和紧接的SEQ ID NO:7中所述的核苷酸序列，优选地，其中所述BIM基因多态性变体缺少SEQ ID NO:6中所述的核苷酸序列，即BIM基因内含子2中2903bp的缺失序列（即位于BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上），所述癌症或骨髓增生病包括非小细胞肺癌，并且其中酪氨酸激酶抑制剂治疗耐药性包括例如EGFR非依赖性TKI耐药性，如针对酪氨酸激酶抑制剂的耐药性。图26是显示BIM缺失多态性预测采用EGFR TKI疗法治疗的EGFR-突变性非小细胞肺癌患者具有较差的无进展生存期的简图。通过使用包含SEQ ID NO:3中所述核苷酸序列和SEQ ID NO:4中所述核苷酸序列的引物集合，其中如果测定该个体具有 BIM(BCL2L11)多态性，则所述个体可能对用激酶抑制剂治疗非小细胞肺癌(NSCLC)形成耐药性。检测过程包括提取基因组DNA检测，使用引物扩增包括缺失片段的核酸序列，采用热循环条件：96℃30秒，(94℃15秒，60℃60秒，68℃10分钟)x29，68℃20分钟，PCR产物在含有溴化乙啶的1%琼脂糖凝胶上电泳，并且在UV屏上使无缺失的4,226b、缺失的1,323bp大小的产物可视化，通过PCR和测序证实了这种缺失，并且在全部3份样品中找到了相同的2,903bp缺失。图14C.显示使用在缺失旁侧分布的引物时来自5份患者样品和K562细胞的PCR产物的琼脂糖凝胶，大小4,226bp和1,323bp的PCR产物分别对应于无缺失和缺失的等位基因。可见，对比文件1已经公开了抽提样品的基因组DNA，使用引物扩增包括缺失片段的核酸序列，并对其缺失情况进行结果检测。
权利要求1与对比文件1的区别技术特征在于：权利要求1要求保护的是一种用于细胞凋亡调解子基因缺失突变的检测试剂盒，其中限定的引物序列为SEQ ID NO 2和SEQ ID NO 3，所述引物的结构与对比文件1中的引物结构不同，并且限定了试剂盒中还含有与BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上2903bp缺失区域结合的探针。基于上述区别技术特征可以确定，本申请实际解决的技术问题是提供一种可供选择的用于检测细胞凋亡调解子基因缺失突变的试剂盒。
然而，在对比文件1公开内容的基础上，为了方便使用，本领域技术人员容易想到将检测过程中使用的试剂，例如引物、探针等，制备成试剂盒。因而，基于上述对比文件1公开的内容，本领域技术人员容易想到将用于检测细胞凋亡调解子基因缺失突变的扩增引物制备成检测试剂盒。并且，由于BIM基因内含子2中2903bp缺失序列已由对比文件1公开，且设计引物和探针的原理、原则以及方法均为本领域所熟知，本领域技术人员可以结合现有技术中已知的引物、根据具体的实验操作条件，通过合乎逻辑的推理、分析和有限的试验得到一系列用于鉴定已知基因缺失序列的引物，权利要求1的引物只是其中的常规选择，并且该选择也没有给技术方案带来预料不到的技术效果，针对特异性引物扩增的序列设计相应的检测探针序列是本领域的常规技术手段。由此本领域技术人员获得权利要求1所述的技术方案是显而易见的，权利要求1请求保护的技术方案不具备突出的实质性特点和显著的进步，不符合专利法第22条第3款关于创造性的规定。
权利要求2引用权利要求1，其中进一步限定了检测步骤中还包括特异性扩增BIM基因第三、第四外显子之间的内含子上包含2903bp缺失区域的引物。对比文件1中已经公开了针对2903bp缺失区域的检测，因而设计特异性扩增该2903bp缺失区域的引物是本领域技术人员容易想到和做到的，因此，在其引用的权利要求1不具有创造性时，权利要求2也不具有创造性，不符合专利法第22条第3款的规定。
对复审请求人相关意见的评述
合议组认为，对比文件1已经公开了对BIM基因第三、第四外显子之间的2903bp缺失片段进行检测，并设计了扩增引物。也能够满足检测肺癌相关基因的现状，为肺癌的诊断、监测和治疗提供有意义的辅助参考作用。对比文件1对提取的DNA进行了PCR扩增，PCR产物在含有溴化乙啶的1%琼脂糖凝胶上电泳，并且在UV屏上使无缺失的4,226b、缺失的1,323bp大小的产物可视化，通过PCR和测序证实了这种缺失，并且在全部3份样品中找到了相同的2,903bp缺失。其检测途径与本申请相同，也能达到相同或相似的技术效果；可见，相对于对比文件1，本申请不具有突出的实质性特点，没有取得预料不到的技术效果。因此，权利要求1-2不具有创造性。复审请求人陈述的理由不具有说服力。
基于上述事实和理由，合议组作出如下决定。
三、决定
维持国家知识产权局于2017年10月17日对本申请作出的驳回决定。
如对本复审请求审查决定不服，根据专利法第41条第2款的规定，复审请求人可以自收到本决定之日起三个月内向北京知识产权法院起诉。
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