发明创造名称：具有可供选择的结合表面的基于III型纤连蛋白重复的蛋白质支架
外观设计名称：
决定号：185587
决定日：2019-07-24
委内编号：1F244158
优先权日：2011-09-27
申请（专利）号：201280046708.X
申请日：2012-09-27
复审请求人：詹森生物科技公司
无效请求人：
授权公告日：
审定公告日：
专利权人：
主审员：李晨
合议组组长：唐慧
参审员：王金凤
国际分类号：C40B50/00，C40B40/10
外观设计分类号：
法律依据：专利法第26条第4款
决定要点
：如果权利要求的概括包括申请人推测的内容，而其效果又难于预先确定和评价，应当认为这种概括超出了说明书充分公开的范围，得不到说明书的支持。
全文：
本复审请求涉及申请号为201280046708.X，名称为“具有可供选择的结合表面的基于III型纤连蛋白重复的蛋白质支架”的发明专利申请。申请人为詹森生物科技公司。本申请的申请日为2012年09月27日，优先权日为2011年09月27日，公开日为2014年05月28日。
经实质审查，国家知识产权局原审查部门于2017年10月19日以权利要求1-8不符合专利法第26条第4款的规定为由驳回了本申请，其理由是：权利要求1-8中对残基突变的限定，“CD环中S38、E39、K40和V41中1、2、3或4个残基是突变的”、“FG环中H78, R79和N81中1、2、3或4个残基是突变的”等，其保护范围是在相应的位置可以进行氨基酸残基的任意取代和突变，然而本领域技术人员公知，氨基酸的种类众多，任意取代很可能导致序列沉默、终止等，使蛋白质无法正常表达行使其功能，因此在没有具体突变成何种序列以及在说明书具体验证突变后序列的功能的情况下，本领域技术人员无法预期限定位置的所有突变都可以实现本发明蛋白模块结构域的功能。因此权利要求1-8得不到说明书的支持，不符合专利法第26条第4款的规定。驳回决定所依据的文本为：2014年03月25日本申请进入中国国家阶段时提交的原始国际申请中文译文的说明书第1-233段（即第1-39页）、说明书摘要、摘要附图、说明书附图图1-图8、说明书核苷酸和氨基酸序列表第1-118页和2017年06月05日提交的权利要求书第1-8项。驳回决定所针对的权利要求书如下：
“1. 一种制备III型纤连蛋白模块（FN3）结构域的文库的方法，所述文库具有由C β-链、CD环、F β-链和FG环形成的多样化C-CD-F-FG可供选择的表面，所述方法包括：
a. 提供具有SEQ ID NO: 27的氨基酸序列的参考FN3结构域多肽；
b. 通过使C β-链中L32、Q34和Q36中至少一个残基和F β-链中T68、S70和Y72中至少一个残基突变来将多样性引入到所述参考FN3结构域多肽中以形成具有所述多样化C-CD-F-FG可供选择的表面的FN3结构域文库，其中所述C β-链中L32、Q34和Q36中至少一个是突变的，条件是对应于SEQ ID NO: 27的残基S30是未突变的，
其中所述F β-链中T68、S70和Y72中至少一个残基是突变的，条件是对应于SEQ ID NO: 27的残基E66是未突变的，
其中对应于SEQ ID NO: 27的C β-链残基L32、Q34和Q36各自是突变的，或者
其中对应于SEQ ID NO: 27的F β-链残基T68、S70和Y72各自是突变的。
2. 根据权利要求1所述的方法，其中所述CD环中S38、E39、K40和V41中1、2、3或4个残基是突变的，条件是对应于SEQ ID NO: 27的残基G42和E43是未突变的。
3. 根据权利要求2所述的方法，其中所述CD环中的残基S38、E39、K40和V41是突变的。
4. 根据权利要求3所述的方法，其中所述FG环中H78, R79和N81中1、2、3或4个残基是突变的，条件是对应于SEQ ID NO: 27的残基K75、G76、G77和S80是未突变的。
5. 根据权利要求4所述的方法，其中所述FG环中对应于SEQ ID NO: 27的残基H78、R79和N81是突变的。
6. 根据权利要求5所述的方法，其中所述参考FN3结构域与SEQ ID NO: 27的氨基酸序列一致，任选地包括在氨基酸位置11、14、17、37、46、73或86处的至少一种取代。
7. 一种由权利要求1-6中任一项的方法制备的文库。
8. 根据权利要求7所述的文库，其中所述文库与SEQ ID NO: 28的氨基酸序列一致。”
申请人詹森生物科技公司（下称复审请求人）对上述驳回决定不服，于2018年02月05日向国家知识产权局提出了复审请求，同时提交了权利要求书全文替换页（共1页8项），相对于驳回决定针对的权利要求书，修改在于：在权利要求1中增加“其中所述文库包含以高亲和力特异性地结合靶分子的FN3结构域”的限定并调整部分词语。复审请求人认为：基于“其中所述文库包含以高亲和力特异性地结合靶分子的FN3结构域”的限定，通过对限定的位置进行突变制备的文库应包含具有所需效果的FN3结构域。另外，实施例验证的具体FN3结构域包含了在位置L32、Q34、Q36、T68、S70、Y72、S38、E39、K40、V41、H78、R79和N81中有哪些取代（表9、10）。本申请实际上提供了足够数目和多样性的验证的FN3结构域实例，这些众多的实例足以使本领域技术人员能够合理预期，在权利要求1中限定的位置进行各种取代可以提供能够实现本发明效果的FN3结构域。换言之，在没有限定位置中的具体取代的情况下，权利要求1能够得到说明书支持。同理，权利要求2-8也能够得到说明书支持。复审请求时新修改的权利要求1如下：
“1. 一种制备III型纤连蛋白模块（FN3）结构域的文库的方法，所述文库具有由C β-链、CD环、F β-链和FG环形成的多样化C-CD-F-FG可供选择的表面，其中所述文库包含以高亲和力特异性地结合靶分子的FN3结构域，所述方法包括：
a. 提供具有SEQ ID NO: 27的氨基酸序列的参考FN3结构域多肽；
b. 通过使C β-链中L32、Q34和Q36中至少一个残基和F β-链中T68、S70和Y72中至少一个残基突变来将多样性引入到所述参考FN3结构域多肽中以形成具有所述多样化C-CD-F-FG可供选择的表面的FN3结构域文库，其中所述C β-链中L32、Q34和Q36中至少一个残基是突变的，条件是对应于SEQ ID NO: 27的S30是未突变的，
其中所述F β-链中T68、S70和Y72中至少一个残基是突变的，条件是对应于SEQ ID NO: 27的E66是未突变的，
其中对应于SEQ ID NO: 27的C β-链残基L32、Q34和Q36各自是突变的，或者
其中对应于SEQ ID NO: 27的F β-链残基T68、S70和Y72各自是突变的。”
经形式审查合格，国家知识产权局于2018年03月07日依法受理了该复审请求，并将其转送至原审查部门进行前置审查。
原审查部门在前置审查意见书中认为：增加的功能性限定“以高亲和力特异性的结合靶分子的FN3结构域”并没有改变权利要求中特定位置氨基酸突变的实质，能够高亲和力结合靶分子是依赖于权利要求所限定的突变后的序列的实验验证，序列27的长度为89个氨基酸，说明书中只对可随机化的位点进行了部分突变验证（参见说明书第169-170段），如L32, Q34, Q36, T68, S70, Y72, S38, E39, K40, V41, H78, R79和N81的取代，正如复审请求书第3页所述，具体位置的取代是有明确的突变成具体氨基酸的指向性，例如L32这个点，说明书只验证了L32A，L32G两个突变，何况多个位置还有多种突变组合，说明书的验证并不能支持权利要求中对多个位点的任意突变的范围。因而坚持原驳回决定。
随后，国家知识产权局成立合议组对本案进行审理。
合议组于2019年04月28日向复审请求人发出复审通知书，指出：权利要求1请求保护一种制备III型纤连蛋白模块（FN3）结构域的文库的方法，其所要解决的技术问题是提供一种制备用于筛选特异性结合靶分子的FN3结构域的文库的方法。而本申请说明书中仅记载了一个以SEQ ID NO: 27的氨基酸序列为基础的III型纤连蛋白模块（FN3）结构域的文库TCL14的制备方法（参见实例3）。该文库是通过对SEQ ID NO: 27中C-链中的L32、Q34、Q36，CD-环中的S38、E39、K40、V41，F-链中的T68、S70、Y72以及FG-环中的H78、R79和 N81这13个特定位点进行随机化突变得到的。根据说明书的记载，本申请是通过对上述13个位点随机化突变得到的文库得以筛选到以高亲和力特异性结合靶分子的FN3结构域（参见表8-10）。而权利要求1的方法中仅限定了“C β-链中L32、Q34和Q36中至少一个残基和F β-链中T68、S70和Y72中至少一个残基突变来将多样性引入到所述参考FN3结构域多肽”和“其中C β-链残基L32、Q34和Q36各自是突变的，或者F β-链残基T68、S70和Y72各自是突变的”，并没有限定对L32、Q34、Q36、S38、E39、K40、V41、T68、S70、Y72、H78、R79和 N81这13个特定位点同时进行突变，即权利要求1所述方法制备得到的文库中的随机化位点少于实例中验证的TCL14文库，因此权利要求1制备的文库中FN3结构域的多样性远远小于说明书中TCL14文库的多样性，本领域技术人员无法合理预期权利要求1所述方法制备得到的FN3结构域文库同样可以筛选得到以高亲和力特异性结合靶分子的FN3结构域。因此，权利要求1没有以说明书为依据，不符合专利法第26条第4款的规定。从属权利要求2-5存在同样的没有以说明书为依据的问题，不符合专利法第26条第4款的规定。权利要求6进一步限定“任选地包括在氨基酸位置11、14、17、37、46、73或86处的至少一种取代”。然而说明书中记载的TCL14文库中的氨基酸位置11、14、17、37、46、73或86处不存在取代，在说明书未对上述位点进行任意取代后的FN3结构域的功能进行验证的前提下，本领域技术人员无法预期在上述位点进行任意氨基酸的取代后是否会影响FN3结构域的结构和功能。因此，权利要求6没有以说明书为依据，不符合专利法第26条第4款的规定。权利要求7引用了权利要求1-6，同样存在与权利要求1-6相同的没有以说明书为依据的问题，不符合专利法第26条第4款的规定。对于复审请求人的意见，合议组认为：权利要求1所述方法中并没有限定在所述序列的位置L32、Q34、Q36、T68、S70、Y72、S38、E39、K40、V41、H78、R79和N81上均存在突变，而是仅限定了其中部分位点存在突变。从表9、10中可以看出，从TCL14文库中筛选得到的与mIL-17A特异性结合的FN3结构域的克隆中，上述13个位点或其中12个位点均存在突变。因此，本领域技术人员有理由怀疑仅由权利要求1中限定的个别位点突变而制备的文库不具有足够的多样性以用于筛选特异性地结合靶分子的FN3结构域。因此，权利要求1得不到说明书的支持，复审请求人的意见陈述没有说服力。
复审请求人于2019年06月13日提交了意见陈述书和权利要求书全文替换页（共1页6项），相对于复审通知书针对的文本，修改在于：将权利要求1中步骤b修改为“通过使C β-链中的残基L32、Q34和Q36；F β-链中T68、S70和Y72中至少2个残基；CD环中的残基S38、E39、K40和V41以及FG环中H78、R79和N81中至少2个残基突变来将多样性引入到所述参考FN3结构域多肽中以形成具有所述多样化C-CD-F-FG可供选择的表面的FN3结构域文库，其中条件是对应于SEQ ID NO: 27的C β-链中的S30；F β-链中的E66；CD环中的G42和E43；以及FG环中的残基K75、G76、G77和S80是未突变的”；删除原权利要求2-4；新增从属权利要求2，限定“对应于SEQ ID NO: 27的F β-链残基T68、S70和Y72是突变的”；对其余权利要求的编号和引用关系进行适应性修改。复审请求人认为：根据实施例验证的（如表9-10所示）的FN3结构域所含的相对Tencon27（SEQ ID NO: 27）的取代可知，在C链和CD环中，所有所示位置都被突变；而在F链和FG环中，至少2个位置被突变。修改后的权利要求密切反映了工作实施例，并且进一步限定了具体突变位置。因此，修改后的权利要求1-6能够得到说明书的支持，符合专利法第26条第4款的规定。
复审请求人提交的新的权利要求书如下：
“1. 一种制备III型纤连蛋白模块（FN3）结构域的文库的方法，所述文库具有由C β-链、CD环、F β-链和FG环形成的多样化C-CD-F-FG可供选择的表面，其中所述文库包含以高亲和力特异性地结合靶分子的FN3结构域，所述方法包括：
a. 提供具有SEQ ID NO: 27的氨基酸序列的参考FN3结构域多肽；
b. 通过使C β-链中的残基L32、Q34和Q36；F β-链中T68、S70和Y72中至少2个残基；CD环中的残基S38、E39、K40和V41以及FG环中H78、R79和N81中至少2个残基突变来将多样性引入到所述参考FN3结构域多肽中以形成具有所述多样化C-CD-F-FG可供选择的表面的FN3结构域文库，其中条件是对应于SEQ ID NO: 27的C β-链中的S30；F β-链中的E66；CD环中的G42和E43；以及FG环中的残基K75、G76、G77和S80是未突变的。
2. 根据权利要求1所述的方法，其中对应于SEQ ID NO: 27的F β-链残基T68、S70和Y72是突变的。
3. 根据权利要求1所述的方法，其中所述FG环中对应于SEQ ID NO: 27的残基H78、R79和N81是突变的。
4. 根据权利要求3所述的方法，其中所述参考FN3结构域与SEQ ID NO: 27的氨基酸序列一致，任选地包括在氨基酸位置11、14、17、37、46、73或86处的至少一种取代。
5. 一种由权利要求1-4中任一项的方法制备的文库。
6. 根据权利要求5所述的文库，其中所述文库与SEQ ID NO: 28的氨基酸序列一致。”
在上述程序的基础上，合议组认为本案事实已经清楚，可以作出审查决定。
二、决定的理由
1、审查的文本
复审请求人于2019年06月13日提交了权利要求书全文替换页（共1页6项），经审查，上述修改符合专利法第33条和专利法实施细则第61条第1款的规定，因此，本复审请求审查决定所依据的文本为：2014年03月25日本申请进入中国国家阶段时提交的原始国际申请中文译文的说明书第1-233段（即第1-39页）、说明书摘要、摘要附图、说明书附图图1-图8、说明书核苷酸和氨基酸序列表第1-118页和2019年06月13日提交的权利要求书第1-6项。
2、专利法第26条第4款
专利法第26条第4款规定，权利要求书应当以说明书为依据，清楚、简要地限定要求专利保护的范围。
如果权利要求的概括包括申请人推测的内容，而其效果又难于预先确定和评价，应当认为这种概括超出了说明书充分公开的范围，得不到说明书的支持。
就本申请而言，权利要求1请求保护一种制备III型纤连蛋白模块（FN3）结构域的文库的方法，其所要解决的技术问题是提供一种制备用于筛选特异性结合靶分子的FN3结构域的文库的方法。本申请说明书中记载了一个以SEQ ID NO: 27的氨基酸序列为基础的III型纤连蛋白模块（FN3）结构域的文库TCL14的制备方法（参见实例3）。该文库是通过对SEQ ID NO: 27中C-链中的L32、Q34、Q36，CD-环中的S38、E39、K40、V41，F-链中的T68、S70、Y72以及FG-环中的H78、R79和 N81这13个特定位点进行随机化突变得到的，并证实通过对上述13个位点随机化突变得到的文库可以筛选得到以高亲和力特异性结合靶分子的FN3结构域（参见表8-10）。而权利要求1的方法中仅限定了“C β-链中的残基L32、Q34和Q36；F β-链中T68、S70和Y72中至少2个残基；CD环中的残基S38、E39、K40和V41以及FG环中H78、R79和N81中至少2个残基突变来将多样性引入到所述参考FN3结构域多肽中”，并没有限定对L32、Q34、Q36、S38、E39、K40、V41、T68、S70、Y72、H78、R79和 N81这13个特定位点也要同时进行突变，即权利要求1所述方法制备得到的文库中的随机化位点少于实例中验证的TCL14文库，因此权利要求1制备的文库中FN3结构域的多样性远远小于说明书中TCL14文库的多样性，本领域技术人员无法合理预期权利要求1所述方法制备得到的FN3结构域文库同样可以筛选得到以高亲和力特异性结合靶分子的FN3结构域。因此，权利要求1的概括超出了本申请说明书充分公开的内容，没有以说明书为依据，不符合专利法第26条第4款的规定。
从属权利要求2-3虽然对权利要求1进行了进一步的限定，但仍存在上述没有以说明书为依据的问题，不符合专利法第26条第4款的规定。
权利要求4进一步限定“任选地包括在氨基酸位置11、14、17、37、46、73或86处的至少一种取代”。然而说明书中记载的TCL14文库中的氨基酸位置11、14、17、37、46、73或86处不存在取代，在说明书未对上述位点进行任意取代后的FN3结构域的功能进行验证的前提下，本领域技术人员无法预期在上述位点进行任意氨基酸的取代后是否会影响FN3结构域的结构和功能。因此，权利要求4的概括超出了本申请说明书充分公开的内容，没有以说明书为依据，不符合专利法第26条第4款的规定。
权利要求5引用了权利要求1-4，同样存在与权利要求1-4相同的没有以说明书为依据的问题，不符合专利法第26条第4款的规定。
3、对复审请求人意见的答复
对于复审请求人的意见，合议组认为：实施例表9-10显示的仅是从TCL14文库中筛选得到的与mIL-17A特异性结合的FN3结构域的克隆中的突变位点，而本申请所要解决的技术问题是提供一种制备用于筛选特异性结合靶分子的FN3结构域的文库的方法，所述靶分子并不局限于mIL-17A。因此，表9-10中的突变数据不足以证实由权利要求1限定的在F链和FG环中至少2个位置被突变而制备的文库具有足够的多样性以用于筛选特异性地结合靶分子的FN3结构域。即使将权利要求1所要解决的技术问题限定为提供一种制备用于筛选特异性结合mIL-17A的FN3结构域的文库的方法。根据表9-10的数据显示，结合mIL-17A的FN3结构域的F链T68、Y72位和FG环的P79、N81位氨基酸均需要被突变，而权利要求1限定的制备方法得到的文库中包含了上述位点未发生突变的情况，本领域技术人员有理由怀疑这样的文库无法用于筛选得到特异性结合mIL-17A的FN3结构域。因此，权利要求1得不到说明书的支持，复审请求人的意见陈述不具有说服力。
三、决定
维持国家知识产权局于2017年10月19日对本申请作出的驳回决定。
如对本复审请求审查决定不服,根据专利法第41条第2款的规定，复审请求人可以自收到本决定之日起三个月内向北京知识产权法院起诉。
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