促进抗原消除的抗原结合分子-复审决定


发明创造名称:促进抗原消除的抗原结合分子
外观设计名称:
决定号:182088
决定日:2019-06-26
委内编号:1F242253
优先权日:
申请(专利)号:201280058920.8
申请日:2012-09-28
复审请求人:中外制药株式会社
无效请求人:
授权公告日:
审定公告日:
专利权人:
主审员:孙俊荣
合议组组长:曹克浩
参审员:吴文英
国际分类号:A61K39/395,A61P29/00,A61P35/00,A61P37/02,C07K14/47,C12P21/02,C12N15/09
外观设计分类号:
法律依据:专利法第26条第4款
决定要点
:如果权利要求的概括包含请求人推测的内容,而其效果难以预先确定和评价,应当认为这种概括得不到说明书的支持,不符合专利法第26条第4款的规定。
全文:
本复审请求涉及申请号为201280058920.8,名称为“促进抗原消除的抗原结合分子”的发明专利申请。申请人为中外制药株式会社。本申请的申请日为2012年09月28日,最早优先权日为2011年09月30日,公开日为2014年08月06日。
经实质审查,国家知识产权局原审查部门于2017年09月25日以本申请权利要求1-31不符合专利法第26条第4款的规定为由发出驳回决定,驳回了本发明专利申请。驳回决定所依据的文本为:2014年05月29日本申请进入中国国家阶段时提交的国际申请文本中文译文说明书第1-316段、第326-1717段、第1726-2341段,说明书附图,说明书摘要,说明书核苷酸和氨基酸序列表;依据专利合作条约第28条或者第41条提交的说明书第317-325段、第1718-1725段;2016年08月29日提交的权利要求第1-31项。
驳回决定所针对的权利要求1(省略权利要求2-31)如下:
“1. 含有抗原结合分子的药物组合物,其中,所述抗原结合分子含有:在pH酸性范围条件下具有人FcRn结合活性,且对抗原的结合活性随离子浓度条件而变化的抗原结合结构域;以及Fcγ受体结合结构域,
上述抗原结合分子:
(i) 在选自0.1μM至30μM之间的钙离子浓度下的抗原结合活性弱于在选自100μM至10 mM之间的钙离子浓度下的抗原结合活性,且相对于抗原的低钙离子浓度条件下的KD和高钙离子浓度条件下的KD之比KD (Ca 3μM)/KD (Ca 2mM)的值为2以上;或
(ii) 在选自pH4.0至pH6.5之间的pH下的抗原结合活性比在选自pH6.7至pH10.0之间的pH下的抗原结合活性弱,且相对于抗原的pH酸性范围条件下的KD和pH中性范围条件下的KD之比KD(pH5.8)/KD(pH7.4)的值为2以上,
上述Fcγ受体结合结构域含有抗体的Fc区,上述Fc区是在Fc区的以EU编号表示的位点中含有选自以下的至少一个以上的氨基酸的Fc区:
221位的氨基酸为Lys或Tyr中的任一个;
222位的氨基酸为Phe、Trp、Glu或Tyr中的任一个;
223位的氨基酸为Phe、Trp、Glu或Lys中的任一个;
224位的氨基酸为Phe、Trp、Glu或Tyr中的任一个;
225位的氨基酸为Glu、Lys或Trp中的任一个;
227位的氨基酸为Glu、Gly、Lys或Tyr中的任一个;
228位的氨基酸为Glu、Gly、Lys或Tyr中的任一个;
230位的氨基酸为Ala、Glu、Gly或Tyr中的任一个;
231位的氨基酸为Glu、Gly、Lys、Pro或Tyr中的任一个;
232位的氨基酸为Glu、Gly、Lys或Tyr中的任一个;
233位的氨基酸为Ala、Asp、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Met、Asn、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、Trp或Tyr中的任一个;
237位的氨基酸为Asp、Glu、Phe、His、Ile、Lys、Leu、Met、Asn、Pro、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、Trp或Tyr中的任一个;
239位的氨基酸为Asp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Met、Asn、Pro、Gln、Arg、Thr、Val、Trp或Tyr中的任一个;
240位的氨基酸为Ala、Ile、Met或Thr中的任一个;
241位的氨基酸为Asp、Glu、Leu、Arg、Trp或Tyr中的任一个;
243位的氨基酸为Leu、Glu、Leu、Gln、Arg、Trp或Tyr中的任一个;
244位的氨基酸为His;
245位的氨基酸为Ala;
246位的氨基酸为Asp、Glu、His或Tyr中的任一个;
247位的氨基酸为Ala、Phe、Gly、His、Ile、Leu、Met、Thr、Val或Tyr中的任一个;
249位的氨基酸为Glu、His、Gln或Tyr中的任一个;
251位的氨基酸为Phe;
254位的氨基酸为Phe、Met或Tyr中的任一个;
255位的氨基酸为Glu、Leu或Tyr中的任一个;
256位的氨基酸为Ala、Met或Pro中的任一个;
258位的氨基酸为Asp、Glu、His、Ser或Tyr中的任一个;
260位的氨基酸为Asp、Glu、His或Tyr中的任一个;
262位的氨基酸为Ala、Glu、Phe、Ile或Thr中的任一个;
263位的氨基酸为Ala、Ile、Met或Thr中的任一个;
265位的氨基酸为Ala、Leu、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Met、Asn、Pro、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、Trp或Tyr中的任一个;
266位的氨基酸为Ala、Ile、Met或Thr中的任一个;
269位的氨基酸为Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Met、Asn、Pro、Arg、Ser、Thr、Val、Trp或Tyr中的任一个;
270位的氨基酸为Glu、Phe、Gly、His、Ile、Leu、Met、Pro、Gln、Arg、Ser、Thr、Trp或Tyr中的任一个;
271位的氨基酸为Ala、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Met、Asn、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、Trp或Tyr中的任一个;
272位的氨基酸为Asp、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Met、Pro、Arg、Ser、Thr、Val、Trp或Tyr中的任一个;
273位的氨基酸为Phe或Ile中的任一个;
274位的氨基酸为Asp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Leu、Met、Asn、Pro、Arg、Ser、Thr、Val、Trp或Tyr中的任一个;
275位的氨基酸为Leu或Trp中的任一个;
276位的氨基酸为、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Leu、Met、Pro、Arg、Ser、Thr、Val、Trp或Tyr中的任一个;
278位的氨基酸为Asp、Glu、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Met、Asn、Pro、Gln、Arg、Ser、Thr、Val或Trp中的任一个;
279位的氨基酸为Ala;
280位的氨基酸为Ala、Gly、His、Lys、Leu、Pro、Gln、Trp或Tyr中的任一个;
281位的氨基酸为Asp、Lys、Pro或Tyr中的任一个;
282位的氨基酸为Glu、Gly、Lys、Pro或Tyr中的任一个;
283位的氨基酸为Ala、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Met、Pro、Arg或Tyr中的任一个;
284位的氨基酸为Asp、Glu、Leu、Asn、Thr或Tyr中的任一个;
285位的氨基酸为Asp、Glu、Lys、Gln、Trp或Tyr中的任一个;
286位的氨基酸为Glu、Gly、Pro或Tyr中的任一个;
288位的氨基酸为Asn、Asp、Glu或Tyr中的任一个;
290位的氨基酸为Asp、Gly、His、Leu、Asn、Ser、Thr、Trp或Tyr中的任一个;
291位的氨基酸为Asp、Glu、Gly、His、Ile、Gln或Thr中的任一个;
292位的氨基酸为Ala、Asp、Glu、Pro、Thr或Tyr中的任一个;
293位的氨基酸为Phe、Gly、His、Ile、Leu、Met、Asn、Pro、Arg、Ser、Thr、Val、Trp或Tyr中的任一个;
294位的氨基酸为Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Met、Asn、Pro、Arg、Ser、Thr、Val、Trp或Tyr中的任一个;
296位的氨基酸为Ala、Asp、Glu、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Met、Asn、Gln、Arg、Ser、Thr或Val中的任一个;
297位的氨基酸为Asp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Met、Pro、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、Trp或Tyr中的任一个;
298位的氨基酸为Ala、Asp、Glu、Phe、His、Ile、Lys、Met、Asn、Gln、Arg、Thr、Val、Trp或Tyr中的任一个;
299位的氨基酸为Ala、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Met、Asn、Pro、Gln、Arg、Ser、Val、Trp或Tyr中的任一个;
300位的氨基酸为Ala、Asp、Glu、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Met、Asn、Pro、Gln、Arg、Ser、Thr、Val或Trp中的任一个;
301位的氨基酸为Asp、Glu、His或Tyr中的任一个;
302位的氨基酸为Ile;
303位的氨基酸为Asp、Gly或Tyr中的任一个;
304位的氨基酸为Asp、His、Leu、Asn或Thr中的任一个;
305位的氨基酸为Glu、Ile、Thr或Tyr中的任一个;
313位的氨基酸为Phe;
315位的氨基酸为Leu;
317位的氨基酸为Glu或Gln;
318位的氨基酸为His、Leu、Asn、Pro、Gln、Arg、Thr、Val或Tyr中的任一个;
320位的氨基酸为Asp、Phe、Gly、His、Ile、Leu、Asn、Pro、Ser、Thr、Val、Trp或Tyr中的任一个;
322位的氨基酸为Ala、Asp、Phe、Gly、His、Ile、Pro、Ser、Thr、Val、Trp或Tyr中的任一个;
323位的氨基酸为Ile;
324位的氨基酸为Asp、Phe、Gly、His、Ile、Leu、Met、Pro、Arg、Thr、Val、Trp或Tyr中的任一个;
325位的氨基酸为Ala、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Met、Pro、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、Trp或Tyr中的任一个;
327位的氨基酸为Ala、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Met、Asn、Pro、Arg、Thr、Val、Trp或Tyr中的任一个;
328位的氨基酸为Ala、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Met、Asn、Pro、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、Trp或Tyr中的任一个;
329位的氨基酸为Asp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Met、Asn、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、Trp或Tyr中的任一个;
331位的氨基酸为Asp、Phe、His、Ile、Leu、Met、Gln、Arg、Thr、Val、Trp或Tyr中的任一个;
332位的氨基酸为Ala、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Lys、Leu、Met、Asn、Pro、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、Trp或Tyr中的任一个;
333位的氨基酸为Ala、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Leu、Met、Pro、Ser、Thr、Val或Tyr中的任一个;
334位的氨基酸为Ala、Glu、Phe、Ile、Leu、Pro或Thr中的任一个;
335位的氨基酸为Asp、Phe、Gly、His、Ile、Leu、Met、Asn、Pro、Arg、Ser、Val、Trp或Tyr中的任一个;
336位的氨基酸为Glu、Lys或Tyr中的任一个;
337位的氨基酸为Glu、His或Asn中的任一个;
339位的氨基酸为Asp、Phe、Gly、Ile、Lys、Met、Asn、Gln、Arg、Ser或Thr中的任一个;
376位的氨基酸为Ala或Val中的任一个;
377位的氨基酸为Gly或Lys中的任一个;
378位的氨基酸为Asp;
379位的氨基酸为Asn;
380位的氨基酸为Ala、Asn或Ser中的任一个;
382位的氨基酸为Ala或Ile中的任一个;
385位的氨基酸为Glu;
392位的氨基酸为Thr;
396位的氨基酸为Leu;
421位的氨基酸为Lys;
427位的氨基酸为Asn;以及
429位的氨基酸为Met,
上述Fcγ受体结合结构域在pH中性范围条件下Fcγ受体结合活性与EU编号297位连接的糖链为含岩藻糖糖链的天然型人IgG的Fc区的Fcγ受体结合活性相比高,与上述天然型人IgG的Fc区的Fcγ受体结合活性相比,含有上述Fcγ受体结合结构域的抗原结合分子的结合活性为105%以上。”
驳回决定认为:(1)权利要求1要求保护含有抗原结合分子的药物组合物,其中抗原结合分子含有抗原结合结构域以及Fcγ受体结合结构域。根据本申请说明书整体记载,所述抗原结合分子中抗原结合结构域、Fcγ受体结合结构域的结构和特性是本申请解决其技术问题的关键。然而,权利要求1对于抗原结合结构域和Fcγ受体结合结构域的具体序列结构都没有进行限定,而是以功能性限定和大量可选的氨基酸位点的方式限定了一个较宽的保护范围,其包含了大量序列结构不确定的抗原结合分子。然而,根据本申请说明书记载以及本领域现有技术,对于抗原结合结构域、Fcγ受体结合结构域的改造,特别是使其FcRn结合活性随pH值和钙离子浓度条件而变化是相对来说困难的。除了本申请实施例中经验证的含有特定Fc变体的抗原结合分子,是否还存在其他抗原结合分子也具有相同的特性,以及这些抗原结合分子具有怎样的氨基酸序列,这都是本领域技术人员难以预料的。因此,权利要求1得不到说明书支持,不符合专利法第26条第4款的规定。(2)基于相同的理由,权利要求7、13、19-22、28-31均存在相同的缺陷,从属权利要求2-6、8-12、14-18、23-27也没有完全克服上述缺陷,因此,权利要求2-31也均得不到说明书支持,也不符合专利法第26条第4款的规定。
申请人中外制药株式会社(下称复审请求人)对上述驳回决定不服,于2018年01月10日向国家知识产权局提出了复审请求,同时修改了权利要求书(共54页31项),其中对权利要求书进行了一些描述性修改。
复审请求人认为:本申请说明书第85页第3行至说明书第88页第16行,清楚描述了测量抗原结合活性的方法,说明书第106页第18行至说明书第110页第16行描述了获得具有所述抗原结合活性的抗体可变区的方法,使用本申请说明书中描述的这些方法,具有所述抗原结合活性的抗体可变区能够在不知道抗体可变区的氨基酸序列的情况下容易地获得。另外,人IgG的Fc区的氨基酸序列是本领域熟知的,如本申请说明书公开了IgG1的SEQ ID NO:14,IgG2的SEQ ID NO:15,IgG3的SEQ ID NO:16和IgG4的SEQ ID NO:17作为非限制性实例。鉴于Fc区修饰后的氨基酸残基已经在权利要求中指明,改变后的Fc区结构是清楚的。通过上述修改,限定了所述Fc γ受体结合结构域含有人IgG抗体的Fc区,所述抗原结合结构域包含抗体的重链和轻链可变区,明确了本申请的两个结构域,本申请权利要求中请求保护的发明得到了说明书的充分支持。
经形式审查合格,国家知识产权局于2018年01月22日依法受理了该复审请求,并将其转送至原审查部门进行前置审查。
原审查部门在前置审查意见书中认为修改后的权利要求书仍然概括了过宽的保护范围,因而坚持原驳回决定。
随后,国家知识产权局成立合议组对本案进行审理。
合议组于2018年11月09 日向复审请求人发出复审通知书,指出:(1)本申请权利要求1对于所述抗体变体抗原结合结构域仅进行了功能性限定;对于Fcγ受体结合结构域则限定了可选自数百个突变位点的诸多突变氨基酸,但并未限定或明确决定该受体结合结构域的功能所必需的序列结构。由于上述限定方式包含了大量氨基酸序列和功能不确定的抗原结合分子变体,而本领域技术人员又难以预料上述抗原结合分子变体中哪些变体仍然具有原有的活性,并更加适应生物体内钙离子浓度和pH的变化,以及更强地更多地与抗原结合诱导出更强的免疫应答。本领域技术人员根据说明书的记载并不能对权利要求1所包含的大量突变后的变体进行合理的功能预测,权利要求1的概括包含了请求人推测的内容,且效果难以预先确定和评价,得不到说明书的支持,不符合专利法第26条第4款的规定。(2)基于上述相同或相似的理由,权利要求2-31也得不到说明书的支持,不符合专利法第26条第4款的规定。(3)对于复审请求人的意见,合议组认为:修改后的权利要求仍然没有限定抗原结合结构域和Fcγ受体结合结构域的具体序列结构,而仅以功能性限定和众多氨基酸位点的氨基酸残基选择对抗原结合结构域或Fcγ受体结合结构域进行了限定了,目前修改的“人IgG”以及“重链和轻链可变区”的限定只是对“抗体”“抗体结合结构域”的一般性结构组成进行了限定,本领域技术人员明了解决本申请技术问题的关键并不在于这些一般性结构组成。另外,即使说明书中记载了测定结合活性、改变氨基酸结构域组成、或者筛选比较变体结合活性的方法,但是仅根据上述方法,本领域技术人员也是无法合理预期变体所具备的各种结合活性及其是否可以实现所述功能,因此修改后的权利要求仍然概括了过宽的保护范围,仍然得不到说明书的支持。
复审请求人于2019年02月22日提交了意见陈述书,同时提交了权利要求书全文修改替换页(共6页19项),其中将原权利要求1、7、13和19-22中Fc区的修饰限定为选自“237位的氨基酸为Asp、Phe、Trp和Tyr中的任一个;以及239位的氨基酸为Asp”和将“Fcγ受体结合活性”替换为“Fcγ受体IIb结合活性”,并删除了其他的修饰;删除了原权利要求5、6、11、12、17、18、26-31,同时对其余权利要求进行了适应性修改。
修改后的权利要求书如下:
“1. 含有抗原结合分子的药物组合物,其中,所述抗原结合分子在pH酸性范围条件下具有人FcRn结合活性,且所述抗原结合分子含有对抗原的结合活性随离子浓度条件而变化的抗原结合结构域;以及Fcγ受体结合结构域,
上述抗原结合结构域:
(i)在选自0.1μM至30μM之间的钙离子浓度下的抗原结合活性弱于在选自100μM至10mM之间的钙离子浓度下的抗原结合活性,且相对于抗原的低钙离子浓度条件下的KD和高钙离子浓度条件下的KD之比KD(Ca 3μM)/KD(Ca 2mM)的值为2以上;或
(ii)在选自pH4.0至pH6.5之间的pH下的抗原结合活性比在选自pH6.7至pH10.0之间的pH下的抗原结合活性弱,且相对于抗原的pH酸性范围条件下的KD和pH中性范围条件下的KD之比KD(pH5.8)/KD(pH7.4)的值为2以上,
上述Fcγ受体结合结构域含有人IgG的Fc区,上述Fc区是在Fc区的以EU编号表示的位点中含有选自以下的至少一个以上的氨基酸的Fc区:
237位的氨基酸为Asp、Phe、Trp或Tyr中的任一个;以及
239位的氨基酸为Asp;
上述Fcγ受体结合结构域在pH中性范围条件下Fcγ受体IIb结合活性与EU编号297位连接的糖链为含岩藻糖糖链的天然型人IgG的Fc区的Fcγ受体IIb结合活性相比高,与上述天然型人IgG的Fc区的Fcγ受体IIb结合活性相比,含有上述Fcγ受体结合结构域的抗原结合分子的结合活性为105%以上,上述抗原结合结构域是包含抗体的重链和轻链可变区的抗原结合结构域。
2. 权利要求1所述的药物组合物,其中,上述抗原为可溶型抗原。
3. 权利要求1或2所述的药物组合物,其中,上述抗原结合分子为具有针对上述抗原的中和活性的抗原结合分子。
4. 权利要求1~3中任一项所述的药物组合物,其中,上述EU编号297位连接的糖链为含岩藻糖糖链的天然型人IgG的Fc区是:EU编号297位连接的糖链为含岩藻糖糖链的天然型人IgG1、天然型人IgG2、天然型人IgG3或天然型人IgG4的任一个的Fc区。
5. 以下(i)~(vi)中任一项的方法,该方法包括使抗原结合分子与表达Fcγ受体的细胞在机体外进行细胞接触的步骤,所述抗原结合分子在pH酸性范围条件下具有人FcRn结合活性,且所述抗原结合分子含有对抗原的结合活性随离子浓度条件而变化的抗原结合结构域;以及
Fcγ受体结合结构域,
上述抗原结合结构域:
(i)在选自0.1μM至30μM之间的钙离子浓度下的抗原结合活性弱于在选自100μM至10mM之间的钙离子浓度下的抗原结合活性,且相对于抗原的低钙离子浓度条件下的KD和高钙离子浓度条件下的KD之比KD(Ca 3μM)/KD(Ca 2mM)的值为2以上;或
(ii)在选自pH4.0至pH6.5之间的pH下的抗原结合活性比在选自pH6.7至pH10.0之间的pH下的抗原结合活性弱,且相对于抗原的pH酸性范围条件下的KD和pH中性范围条件下的KD之比KD(pH5.8)/KD(pH7.4)的值为2以上,
上述Fcγ受体结合结构域含有人IgG的Fc区,上述Fc区是在Fc区的以EU编号表示的位点中含有选自以下的至少一个以上的氨基酸的Fc区:
237位的氨基酸为Asp、Phe、Trp或Tyr中的任一个;以及
239位的氨基酸为Asp;
上述Fcγ受体结合结构域在pH中性范围条件下Fcγ受体IIb结合活性与EU编号297位连接的糖链为含岩藻糖糖链的天然型人IgG的Fc区的Fcγ受体IIb结合活性相比高,与上述天然型人IgG的Fc区的Fcγ受体IIb结合活性相比,含有上述Fcγ受体结合结构域的抗原结合分子的结合活性为105%以上,上述抗原结合结构域是包含抗体的重链和轻链可变区的抗原结合结构域,
(i)使一分子的抗原结合分子可结合的抗原数目增加的方法;
(ii)使血浆中的抗原消除的方法;
(iii)改善抗原结合分子的药代动力学的方法;
(iv)促进在细胞外与抗原结合分子结合的抗原在细胞内从抗原结合分子解离的方法;
(v)促进不与抗原结合的状态的抗原结合分子向细胞外释放的方法;或
(vi)使血浆中的总抗原浓度或游离抗原浓度减少的方法。
6. 权利要求5所述的方法,其中,上述抗原为可溶型抗原。
7. 权利要求5或6所述的方法,其中,上述抗原结合分子为具有针对上述抗原的中和活性的抗原结合分子。
8. 权利要求5~7中任一项所述的方法,其中,上述EU编号297位连接的糖链为含岩藻糖糖链的天然型人IgG的Fc区是:EU编号297位连接的糖链为含岩藻糖糖链的天然型人IgG1、天然型人IgG2、天然型人IgG3或天然型人IgG4的任一个的Fc区。
9. 以下(i)~(vii)的任一项所述的方法,该方法包括:使抗原结合分子在选自0.1μM至30μM之间的钙离子浓度下的抗原结合活性弱于在选自100μM至10mM之间的钙离子浓度下的抗原结合活性,或在选自pH4.0至pH6.5之间的pH下的抗原结合活性比在选自pH6.7至 pH10.0之间的pH下的抗原结合活性弱的步骤,所述抗原结合分子在pH酸性范围条件下具有人FcRn结合活性、且所述抗原结合分子含有对抗原的结合活性随离子浓度条件而变化的抗原结合结构域以及Fcγ受体结合结构域,
上述Fcγ受体结合结构域含有人IgG的Fc区,上述Fc区是在Fc区的以EU编号表示的位点中含有选自以下的至少一个以上的氨基酸的Fc区:
237位的氨基酸为Asp、Phe、Trp或Tyr中的任一个;以及
239位的氨基酸为Asp;
上述Fcγ受体结合结构域在pH中性范围条件下Fcγ受体IIb结合活性与EU编号297位连接的糖链为含岩藻糖糖链的天然型人IgG的Fc区的Fcγ受体IIb结合活性相比高,与上述天然型人IgG的Fc区的Fcγ受体IIb结合活性相比,含有上述Fcγ受体结合结构域的抗原结合分子的结合活性为105%以上,上述抗原结合结构域是包含抗体的重链和轻链可变区的抗原结合结构域,
(i)使结合的抗原向细胞内的摄入得到促进的抗原结合分子的改变方法;
(ii)使一分子的抗原结合分子可结合的抗原数目增加的方法;
(iii)使抗原结合分子的血浆中抗原消除能力增大的方法;
(iv)改善抗原结合分子的药代动力学的方法;
(v)促进在细胞外与抗原结合分子结合的抗原在细胞内从抗原结合分子解离的方法;
(vi)促进在与抗原结合的状态下摄入到细胞内的抗原结合分子在不与抗原结合的状态下向细胞外释放的方法;或
(vii)可减少血浆中的总抗原浓度或游离抗原浓度的抗原结合分子的改变方法。
10. 权利要求9所述的方法,其中,上述抗原为可溶型抗原。
11. 权利要求9或10所述的方法,其中,上述抗原结合分子为具有针对上述抗原的中和活性的抗原结合分子。
12. 权利要求9~11中任一项所述的方法,其中,上述EU编号297位连接的糖链为含岩藻糖糖链的天然型人IgG的Fc区是:EU编号297位连接的糖链为含岩藻糖糖链的天然型人IgG1、天然型人IgG2、天然型人IgG3或天然型人IgG4的任一个的Fc区。
13. 抗原结合分子的制备方法,该方法包括以下(a)~(f)的步骤:
(a)获得在选自100μM至10mM之间的钙离子浓度下的抗原结合结构域对抗原的结合活性的步骤;
(b)获得在选自0.1μM至30μM之间的钙离子浓度下的抗原结合结构域的抗原结合活性的 步骤;
(c)选择在(a)中获得的抗原结合活性高于在(b)中获得的抗原结合活性的抗原结合结构域的步骤;
(d)使编码在(c)中选择的抗原结合结构域的多核苷酸与编码Fcγ受体结合结构域的多核苷酸连接的步骤,所述Fcγ受体结合结构域是:在pH酸性范围条件下具有人FcRn结合活性,且含有人IgG的Fc区的Fcγ受体结合结构域,上述Fc区是在Fc区的以EU编号表示的位点中含有选自以下的至少一个以上的氨基酸的Fc区:
237位的氨基酸为Asp、Phe、Trp或Tyr中的任一个;以及
239位的氨基酸为Asp;
(e)培养导入了有效连接有在(d)中获得的多核苷酸的载体的细胞的步骤;以及
(f)从在(e)中培养的细胞培养液中回收抗原结合分子的步骤,
上述Fcγ受体结合结构域在pH中性范围条件下Fcγ受体IIb结合活性与EU编号297位连接的糖链为含岩藻糖糖链的天然型人IgG的Fc区的Fcγ受体IIb结合活性相比高,与上述天然型人IgG的Fc区的Fcγ受体IIb结合活性相比,含有上述Fcγ受体结合结构域的抗原结合分子的结合活性为105%以上,上述抗原结合结构域是包含抗体的重链和轻链可变区的抗原结合结构域。
14. 抗原结合分子的制备方法,该方法包括以下(a)~(f)的步骤:
(a)获得在选自100μM至10mM之间的钙离子浓度下的抗体对抗原的结合活性的步骤;
(b)获得在选自0.1μM至30μM之间的钙离子浓度下的抗体的抗原结合活性的步骤;
(c)选择在(a)中获得的抗原结合活性高于在(b)中获得的抗原结合活性的抗体的步骤;
(d)使编码在(c)中选择的抗体的抗原结合结构域的多核苷酸与编码Fcγ受体结合结构域的多核苷酸连接的步骤,所述Fcγ受体结合结构域是:在pH酸性范围具有人FcRn结合活性,且含有人IgG的Fc区的Fcγ受体结合结构域,上述Fc区是在Fc区的以EU编号表示的位点中含有选自以下的至少一个以上的氨基酸的Fc区:
237位的氨基酸为Asp、Phe、Trp或Tyr中的任一个;以及
239位的氨基酸为Asp;
(e)培养导入了有效连接有在(d)中获得的多核苷酸的载体的细胞的步骤;以及
(f)从在(e)中培养的细胞培养液中回收抗原结合分子的步骤,
上述Fcγ受体结合结构域在pH中性范围条件下Fcγ受体IIb结合活性与EU编号297位连接的糖链为含岩藻糖糖链的天然型人IgG的Fc区的Fcγ受体IIb结合活性相比高,与上述 天然型人IgG的Fc区的Fcγ受体IIb结合活性相比,含有上述Fcγ受体结合结构域的抗原结合分子的结合活性为105%以上,上述抗原结合结构域是包含抗体的重链和轻链可变区的抗原结合结构域。
15. 抗原结合分子的制备方法,该方法包括以下(a)~(f)的步骤:
(a)获得在选自pH6.7至pH10.0之间的pH下的抗原结合结构域对抗原的结合活性的步骤;
(b)获得在选自pH4.0至pH6.5之间的pH下的抗原结合结构域的抗原结合活性的步骤;
(c)选择在(a)中获得的抗原结合活性高于在(b)中获得的抗原结合活性的抗原结合结构域的步骤;
(d)使编码在(c)中选择的抗原结合结构域的多核苷酸与编码Fcγ受体结合结构域的多核苷酸连接的步骤,所述Fcγ受体结合结构域是:在pH酸性范围条件下具有人FcRn结合活性,且含有人IgG的Fc区的Fcγ受体结合结构域,上述Fc区是在Fc区的以EU编号表示的位点中含有选自以下的至少一个以上的氨基酸的Fc区:
237位的氨基酸为Asp、Phe、Trp或Tyr中的任一个;以及
239位的氨基酸为Asp;
(e)培养导入了有效连接有在(d)中获得的多核苷酸的载体的细胞的步骤;以及
(f)从在(e)中培养的细胞培养液中回收抗原结合分子的步骤,
上述Fcγ受体结合结构域在pH中性范围条件下Fcγ受体IIb结合活性与EU编号297位连接的糖链为含岩藻糖糖链的天然型人IgG的Fc区的Fcγ受体IIb结合活性相比高,与上述天然型人IgG的Fc区的Fcγ受体IIb结合活性相比,含有上述Fcγ受体结合结构域的抗原结合分子的结合活性为105%以上,上述抗原结合结构域是包含抗体的重链和轻链可变区的抗原结合结构域。
16. 抗原结合分子的制备方法,该方法包括以下(a)~(f)的步骤:
(a)获得在选自pH6.7至pH10.0之间的pH下的抗体对抗原的结合活性的步骤;
(b)获得在选自pH4.0至pH6.5之间的pH下的抗体对抗原的抗原结合活性的步骤;
(c)选择在(a)中获得的抗原结合活性高于在(b)中获得的抗原结合活性的抗体的步骤;
(d)使编码在(c)中选择的抗体的抗原结合结构域的多核苷酸与编码Fcγ受体结合结构域的多核苷酸连接的步骤,所述Fcγ受体结合结构域是:在pH酸性范围条件下具有人FcRn结合活性,且含有人IgG的Fc区的Fcγ受体结合结构域,上述Fc区是在Fc区的以EU编号表示的位点中含有选自以下的至少一个以上的氨基酸的Fc区:
237位的氨基酸为Asp、Phe、Trp或Tyr中的任一个;以及
239位的氨基酸为Asp;
(e)培养导入了有效连接有在(d)中获得的多核苷酸的载体的细胞的步骤;以及
(f)从在(e)中培养的细胞培养液中回收抗原结合分子的步骤,
上述Fcγ受体结合结构域在pH中性范围条件下Fcγ受体IIb结合活性与EU编号297位连接的糖链为含岩藻糖糖链的天然型人IgG的Fc区的Fcγ受体IIb结合活性相比高,与上述天然型人IgG的Fc区的Fcγ受体IIb结合活性相比,含有上述Fcγ受体结合结构域的抗原结合分子的结合活性为105%以上,上述抗原结合结构域是包含抗体的重链和轻链可变区的抗原结合结构域。
17. 权利要求13~16中任一项所述的制备方法,其中,上述抗原为可溶型抗原。
18. 权利要求13~17中任一项所述的制备方法,其中,上述抗原结合分子为具有针对上述抗原的中和活性的抗原结合分子。
19. 权利要求13~18中任一项所述的制备方法,其中,上述EU编号297位连接的糖链为含岩藻糖糖链的天然型人IgG的Fc区是:EU编号297位连接的糖链为含岩藻糖糖链的天然型人IgG1、天然型人IgG2、天然型人IgG3或天然型人IgG4的任一个的Fc区。”
复审请求人认为:
(1)修改后的权利要求书对Fc进行了进一步限定,在本申请实施例9中,制备了包含位置238(EU编号)的Pro替换为Asp(P238D)和/或另外的置换变换并测量了它们的FcγRIIb的结合活性。图25显示了所述变体的FcγRIIb结合活性的相对值,表明包含G237F、G237W或S239D单个变换的Fc变体比包含P238D变换的变体显示更高的FcγRIIb结合活性(纵轴和横轴的数值100显示包含P238D变换的Fc变体的FcγRIIb结合活性)。尽管包含G237Y或G237D单个变换的Fc变体显示比P238D稍低的活性,它们的活性比天然人IgGFc区的活性为105%或更高,鉴于P238D变体的活性已经比天然人IgGFc区的活性超过1.5倍高,例如表17中所示。因此,当前修改后的独立权利要求中所述的Fc修饰满足限定的FcγRIIb结合活性水平,得到了说明书的支持。
(2)关于抗原结合结构域,本发明的技术问题不是提供结合特定抗原和包含具有具体氨基酸序列的抗体可变区的抗原结合分子。从本申请说明书可以合理理解以pH依赖性方式或钙离子浓度依赖性方式结合抗原的能力可以提供给结合不同抗原的抗原结合分子。作为具有钙离子浓度依赖性方式抗原结合活性的抗体,参考实施例5和6例示了抗IL-6受体抗体,参考实施例9例示了抗IL-6抗体。作为具有pH依赖性抗原结合活性的抗体,参考实施例22例示了IL-6受体抗体,IL-6抗体、IL-31受体抗体、蛋白溶菌酶抗体和铁调素抗体。另外,作为包含具有增加的Fcγ受体结合活性的Fc区的抗体,实施例5、21和25分别例示了pH依赖性抗-IL6受体抗体,Ca-依赖性抗-hIgA抗体和pH依赖性抗-hIgE抗体。从上述本申请公开的内容,本领域技术人员容易理解具有权利要求中限定功能的抗原结合结构域能够应用于结合不同抗原的多种抗原结合分子。而且,权利要求中限定的抗原结合结构域能够容易地基于本申请说明书和普通技术知识获得。因此,权利要求中限定的抗原结合分子得到了说明书的支持。综上,权利要求1-19符合专利法第26条第4款的规定。
在上述程序的基础上,合议组认为本案事实已经清楚,可以作出审查决定。
二、决定的理由
审查文本的认定
复审请求人于2019年02月22日提交了权利要求书全文修改替换页(共6页19项),其相对于驳回决定针对的文本,主要修改在于对于Fc区的修饰进行了进一步限定,并删除了若干权利要求。经审查,所做修改符合专利法第33条和专利法实施细则第61条第1款的规定,因此本复审决定针对的文本为2014年05月29日本申请进入中国国家阶段时提交的国际申请文本中文译文说明书第1-316段、第326-1717段、第1726-2341段,说明书附图,说明书摘要,说明书核苷酸和氨基酸序列表;依据专利合作条约第28条或者第41条提交的说明书第317-325段、第1718-1725段;2019年02月22日提交的权利要求第1-19项。
2、关于专利法第26条第4款
专利法第26条第4款规定,权利要求书应当以说明书为依据,清楚、简要地限定要求专利保护的范围。
根据该款规定,如果权利要求的概括包含请求人推测的内容,而其效果难以预先确定和评价,应当认为这种概括得不到说明书的支持,不符合专利法第26条第4款的规定。
本申请权利要求1要求保护含有抗原结合分子的药物组合物,其中所述抗原结合分子在pH酸性范围条件下具有人FcRn结合活性,所述抗原结合分子含有对抗原的结合活性随离子浓度条件而变化的抗原结合结构域,以及Fcγ受体结合结构域,限定了抗原结合结构域在高钙离子浓度和pH中性范围条件下的结合活性高于在低钙离子浓度和pH酸性范围的结合活性,限定了Fcγ受体结合结构域在pH中性范围条件下的结合活性高于天然型,同时限定了Fcγ受体结合结构域含有选自以下的至少一个以上的氨基酸的Fc区域:237位的氨基酸为Asp、Phe、Trp或Tyr中任一个,以及239位的氨基酸为Asp。
根据本申请说明书的整体记载可知,生物体内的离子浓度和pH是存在变化的,生物体血浆是高钙离子浓度和pH中性范围,生物体的早期内体内是低钙离子浓度和酸性pH范围。本申请之所以对抗原结合分子(抗体)的抗原结合结构域和Fcγ受体结合结构域作出氨基酸的缺失、添加、插入和/或置换等突变,目的在于使抗体变体中的抗原结合结构域在血浆高钙离子浓度和中性pH范围下与抗原的结合能力更强,从而提高与抗原的亲和性,另外,使变体中的Fcγ受体结合结构域在pH中性范围内具有更强的结合活性,通过Fcγ受体介导的胞吞作用而使得抗原和抗体一起被摄入到表达Fcγ受体的细胞内,抗体随后通过FcRn再循环到血浆,可以再次与抗原结合,从而改善抗体的药代动力学,实现用一个pH依赖性抗原结合抗体重复与多个抗原结合(尤其参见说明书第1页、第63-67页、第70-72页、第74-75页)。然而,对于所述抗体变体,权利要求1对变体的抗原结合结构域仅进行了功能性限定,即抗原结合结构域在高钙离子浓度和pH中性范围条件下的结合活性高于在低钙离子浓度和pH酸性范围的结合活性,以及KD值比例范围;对于Fcγ受体结合结构域虽然限定了含有选自以下的至少一个以上的氨基酸的Fc区域:237位的氨基酸为Asp、Phe、Trp或Tyr中任一个,以及239位的氨基酸为Asp,但是说明书实施例9表14和图25仅示出了上述位点的单独改变如G237F具有更高的结合活性,并没有给出上述237和239位点氨基酸组合的结合活性,而根据实施例9表14、图25以及第1831段的描述可知,不同位点、不同氨基酸类型、不同位点组合对变体结合活性的影响是不同的,即使对于同一IL6R抗体作出改变,其活性改变的方向和大小也是不固定的,因此即使经过上述修改,在本申请说明书仅提供了对特定抗体进行了特定改变的情况下,也是得不到说明书的支持的。综上,由于上述限定方式包含了大量氨基酸序列和功能不确定的抗原结合分子变体,而本领域技术人员又难以预料上述抗原结合分子变体中哪些变体仍然具有原有的活性,并更加适应生物体内钙离子浓度和pH的变化,以及更强地更多地与抗原结合诱导出更强的免疫应答。本申请说明书第0985段-1099段以及第80-84页表5-1至表5-3,说明书第1133段-1151段和说明书第93-99页表6-1至表6-7仅仅罗列了大量本申请认为可以用于增强在pH中性范围条件下Fcγ受体结合活性的氨基酸改变,在实施例1-25中仅提供了特定的变体片段如Fv4-IgG1-F1022具有增强了Fcγ受体结合的活性,可使血浆中的抗原浓度低于抗体给予前浓度的实验数据(参见说明书第137页),本领域技术人员并不能由此预测出说明书中所罗列的或者权利要求1所要求保护的上述位置的氨基酸替换或组合的变体的结合活性以及是否具有进一步随FcRn循环到血浆消除血浆中抗原的能力。
此外,虽然说明书参考实施例1-参考实施例27以特定的抗体变体为例研究了抗原和抗体在不同钙离子浓度和不同pH下的结合能力,然而,对于不同抗原的抗体来说,其抗原结合结构域应当是各不相同的,本领域技术人员仅根据一些特定变体并不能直接预测出抗原的哪些位置的哪些氨基酸突变能够提高与抗原的结合活性,并能够在酸性pH环境下与FcRn结合并循环至血浆。
综上,本领域技术人员根据说明书的上述记载并不能对权利要求1所包含的大量突变后的变体进行合理的功能预测,权利要求1的概括包含了请求人推测的内容,且效果难以预先确定和评价,得不到说明书的支持,不符合专利法第26条第4款的规定。权利要求2-4作为权利要求1的从属权利要求,没有克服上述缺陷,也不符合专利法第26条第4款的规定
权利要求5、9要求保护采用具有权利要求1所述特性的抗原结合分子来增加抗原结合数目、消除血浆中抗原、改善抗原结合分子药代动力学、在细胞内解离抗原和抗原结合分子、促进抗原结合分子向细胞外释放、减少血浆抗原浓度等等的方法。基于与评述权利要求1相似的理由,本领域技术人员并不能预测哪些位置的哪些氨基酸突变能够实现上述功能,上述权利要求同样得不到说明书的支持,不符合专利法第26条第4款的规定。权利要求5的从属权利要求6-8、权利要求9的从属权利要求10-12仍然没有克服上述缺陷,同样不符合专利法第26条第4款的规定。
权利要求13要求保护获得具有所述特性的抗原结合分子的方法;权利要求14、15、16要求保护抗原结合分子的制备方法。基于与评述权利要求1相似的理由,本领域技术人员并不能预测哪些位置的哪些氨基酸突变具有上述权利要求所述的结合特性,并能够实现相应的功能,即使增加了筛选比较方法,本领域技术人员也不能直接预测,上述权利要求同样也得不到说明书的支持,不符合专利法第26条第4款的规定。权利要求17-19作为权利要求16的从属权利要求,仍然没有克服上述缺陷,也不符合专利法第26条第4款的规定。
3、关于复审请求人的意见
对于复审请求人的意见,合议组认为:
(1)对于Fcγ受体结合结构域的进一步限定,如前所述,说明书实施例9表14和图25仅示出了上述位点的单独改变如G237F具有更高的结合活性,并没有给出上述237和239位点氨基酸组合的结合活性,而根据实施例9表14、图25以及第1831段的描述可知,不同位点、不同氨基酸类型、不同位点组合的对变体结合活性的影响是不同的,即使对于同一IL6R抗体,其活性改变的方向和大小也是不固定的,因此即使经过上述修改,在本申请说明书仅提供了对特定抗体进行了特定改变的情况下,也是得不到说明书的支持的。
(2)虽然说明书参考实施例1-参考实施例27以特定的抗体变体为例研究了抗原和抗体在不同钙离子浓度和不同pH下的结合能力,然而,对于不同抗原的抗体来说,其抗原结合结构域应当是各不相同的,本领域技术人员仅根据一些特定变体的特定改变并不能直接预测出抗原的哪些位置的哪些氨基酸突变能够提高与抗原的结合活性,并能够在酸性pH环境下与FcRn结合并循环至血浆。另外,即使说明书中记载了测定结合活性、改变氨基酸结构域组成、或者筛选比较变体结合活性的方法,但是仅根据上述方法,本领域技术人员也是无法合理预期变体所具备的各种结合活性及其是否可以实现所述功能,因此修改后的权利要求仍然概括了过宽的保护范围,仍然得不到说明书的支持。
基于上述事实和理由,本案合议组作出如下复审决定。
三、决定
维持国家知识产权局于2017 年09 月25 日对本申请作出的驳回决定。
如对本复审请求审查决定不服,根据专利法第41条第2款的规定,请求人自收到本决定之日起三个月内向北京知识产权法院起诉。


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